Проект Наполеона оказался, однако, слишком грандиозным для того, чтобы его можно было применить при тогдашних условиях. Моро не соглашался играть второстепенную роль, а Бонапарт как нельзя лучше сознавал свое политическое положение недостаточно упроченным для того, чтобы ссориться с таким влиятельным соперником. Этот проект Наполеона будет блестяще исполнен им самим несколько лет спустя. Теперь же Моро, считая себя лучшим полководцем республики, не желал пользоваться советами первого консула, даже относительно организации переправы через Рейн.
«Ответственность за неисполнение первоначального плана кампании почти полностью ложится на генерала Моро, — пишет Д. Чандлер. — Несмотря на все свои способности и хладнокровие, он был слишком осторожен по темпераменту и выучке, чтобы провести такую мощную и, по его мнению, опасную серию операций. Безусловно, часть его возражений продиктована и чувством личного соперничества. Он был старше и ему совсем не улыбалось подчиняться приказам молодого корсиканского ловкача”. Вот что вспоминал по этому поводу сам Наполеон: “Было невозможно преодолеть упрямство Моро, желавшего играть какую-нибудь блестящую роль от своего имени. Вначале он отказался быть моим заместителем, если бы я прибыл в его армию, затем он стал возражать против моих планов, утверждая, что переправа у Шаффхаузена опасна”. Моро считал, что маневрировать и прокормить армию на столь ограниченном пространстве невозможно, и, нарушив план Бонапарта, нанеся этот удар по ключевой идее его стратегии, спокойно предложил, чтобы тот “следовал принципам прежних кампаний” и переправился бы через Рейн в четырех удаленных друг от друга пунктах. Этим предложением он хотел перечеркнуть концепцию первого консула — мощного удара по рейнскому выступу, — заменив ее на стратегию широкого фронта с некоторым усилением правого фланга, так как два корпуса он все-таки согласился переправить у Шаффхаузена. Удивительно, что Бонапарт как бы сквозь пальцы посмотрел на такое неповиновение Моро; во всяком случае, тон его писем оставался вполне дружелюбным».
Согласно Жомини, в последующие годы Наполеон более не скрывал своих мотивов и объяснял, почему он не снял Моро с должности командующего Рейнской армии: «Мое положение тогда было еще недостаточно прочным, чтобы идти на открытый разрыв с человеком, имевшим многочисленных сторонников в армии и которому только не хватало энергии, чтобы попытаться занять мое место. С ним необходимо было обходиться как с самостоятельной силой, какую он, собственно, и представлял в то время».
Однако в разговоре с генералом Дессолем, начальником штаба упорствующего Моро, Наполеон дал волю подавленному негодованию, заметив: «Я выполню этот план, который он не может понять, в другом месте театра войны. То, что он не осмеливается сделать на Рейне, я сделаю там, за Альпами». Бонапарт в какой-то мере был отмщен пятью годами позже, в 1805 г., когда блестяще провел Ульмскую операцию.
При таких обстоятельствах пришлось предоставить Рейнской армии полную свободу действий и ограничиться лишь присылкой ей из Парижа инструкций относительно немедленного перехода в наступление с задачей отбросить неприятеля в Баварию, за р. Лех, и прервать прямое его сообщение с Миланом через озеро Констанц и Гризон (Граубюнден). Генерал Лекурб с двадцатитысячным отрядом должен был наблюдать за горными проходами, расположенными в северной части Альпийского хребта.
В связи с необходимостью предоставить Моро полную свободу действий, Бонапарт решил перенести стратегический акцент предстоящей операции в Италию, использовав для этой цели Резервную армию. Он полагал опасным поручить командование этой армией такому талантливому генералу, как Моро, потому что одержанные с ее помощью успехи могли бы, пожалуй, пошатнуть политическое положение самого Бонапарта. Первому консулу не хотелось, чтобы единственный его соперник на военном поприще мог восстановить свою репутацию, пострадавшую, с одной стороны, вследствие подозрений в том, что Моро был причастен к заговору Пишегрю, а с другой — вследствие неожиданно принятого этим генералом участия в государственном перевороте 18 брюмера, не согласовывавшимся со всеми его прежними принципами.
В течение двух недель Бонапарт детально разработал второй план, согласно которому главным театром военных действий должна была стать Италия, а генералу Моро отводилась второстепенная роль. Во многих отношениях этот альтернативный план менее удачен, и он был совершенно не типичен для обычной наполеоновской стратегии фронтального удара, но и он отражает гибкость гения Бонапарта. По новому плану, утвержденному 25 марта 1800 года, все бремя завоевания победы больше не возлагалось на Рейнскую армию — «наилучшую армию, какую Франция не видела долгое время». Моро было поручено начать второстепенное наступление между 10-м и 20-м апреля с целью оттеснить генерала Края обратно к Ульму, чтобы обеспечить прикрытие коммуникаций Резервной армии, идущих через швейцарские перевалы. В ходе этих предварительных операций Резервная армия будет вначале прикрывать передислокации Моро тремя дивизиями, прибывшими из Дижона в Женеву и дислоцированными на расстоянии равного удара как от Шаффхаузена, так и от Сен-Готардского перевала. Остальные 30 000 солдат этой армии двинутся к Цюриху в последних числах апреля. Когда Моро оттеснит Края на расстояние десятидневного перехода и перережет австрийские коммуникации, идущие к Милану через Гризон и озеру Констанц (Боденское озеро), половина Резервной армии направится в Италию, используя Сен-Готард или Симплон, и оставит Швейцарию на остальную часть своей армии. Более опытные войска генерала Лекурба, состоящие в основном из ветеранов и выделенные из Рейнской армии, будут двигаться ускоренным маршем для соединения с Бонапартом в долине р. По. Расстояние от Цюриха до Бергамо составляет 192 мили, что при благоприятном стечении обстоятельств означает двенадцатидневный марш. Когда Лекурб преодолеет это расстояние, французы смогут обрушиться значительными силами на коммуникации Мел аса и зажать его меж двух огней: Массена — перед ним и Резервная армия — у него в тылу.
Однако представляется маловероятным, чтобы разгром Меласа был бы достаточным сам по себе для завершения войны. Ему мешали те же географические причины, что и в 1797 году: долина р. По слишком удалена от Вены, и Альпы служат защитной преградой. Так же маловероятно, чтобы Моро добился решительного разгрома Края на Дунае, и в результате этого война почти безусловно должна была бы затянуться. Другими недостатками плана было то, что новая кампания основывалась на использовании двух операционных направлений, тогда как первая схема требовала только одной оси; отрицательно сказалось на результате кампании то, что австрийская армия, выбранная для разгрома, не являлась главной силой противника; и, наконец, успех плана сильно зависел от полного взаимодействия с Моро, который должен был выделить отряд Лекурба в критический момент. Тем не менее новый план был реалистичен, смело задуман и обещал успех, даже если в нем не хватало блеска и молниеносности оригинального замысла Бонапарта. Даже Моро нехотя согласился с этим планом. Бонапарт, видя войну в целом, был намерен прорвать австрийский центр через Швейцарию, используя центральное положение резерва для того, чтобы разгромить одну из двух главных армий австрийцев.
Однако прежде чем Моро согласился на план Бонапарта, между двумя соперниками разразилась настоящая война депеш, в которых каждый настаивал на своем плане. 6 вентоза Моро представил первому консулу разработанный им план кампании в Германии, целью которого являлся полный разгром армии Края. Для выполнения поставленной задачи Моро предполагал серией маршей и контрмаршей, а также форсирования Рейна в различных пунктах, ввести Края в заблуждение относительно истинных своих намерений и заставить его оттянуть силы на тот участок Рейна, где его форсирование не предполагалось, а только имитировалось. Подобную операцию проводили многие военачальники. Не был исключением и сам Наполеон, если вспомнить переход Великой армии через Березину в 1812 году.