Был оставлен и полуостров Виртсу, имевший важное значение для обороны Моонзундских островов. На Виртсу проходила железная дорога, по которой шло снабжение Моонзундских островов и кораблей. Между Виртсу и островом Муху расположен рейд Куйвасту и проходит фарватер пролива Вире-Курк, связывающий Моонзунд с Рижским заливом Командующий Прибалтийской ВМБ ПА Трайнин со своим штабом перешел на эсминец «Грозящий».

8 июля ценное имущество с Виртсу было эвакуировано на Муху, а железнодорожные линии и подвижной состав были уничтожены. В тот же день основные силы 217-й пехотной дивизии противника, захватив Пярну, продолжали наступление вдоль железной дороги Пярну — Таллин. Отдельные отряды моторизованной пехоты противника вели наступление вдоль побережья в направлении Виртсу и Хапсалу. 10 июля немцам удалось прорваться в район Виртсу и обстрелять остров Муху и наши катера и буксиры, стоявшие на рейде.

После оставления Рохукюля Прибалтийская военно-морская база решением Военного совета от 10 июля, просуществовав на новом месте всего 8 суток, была расформирована.

Военный совет флота приказал коменданту БОБР генералу Л.Б. Елисееву и командиру ОЛС В.П. Дрозду организовать высадку десанта, поддержать его артиллерией с берега и кораблей, авиацией, выбить противника с Виртсу и удерживать пристань. На рассвете 18 июля после небольшой артиллерийской подготовки с эсминцев и береговой батареи № 43 десант был высажен, разбил противника и отбросил его на 50 км к Пярну.

Во второй половине июля был восстановлен военный порт Рохукюля, который снабжал базировавшиеся в Моонзунде корабли и части, располагавшиеся на островах.

Вся ответственность за оборону Моонзундских островов и Рижского залива возлагалась на коменданта БОБР генерал-майора А.Б. Елисеева, в распоряжении которого были переданы силы, ранее входившие в состав Прибалтийской базы. Два сторожевых корабля и три эсминца отряда легких сил, ранее только взаимодействовавшие с Прибалтийской базой, перешли в полное подчинение коменданта БОБР.

На силы, объединенные решением Военного совета под командованием коменданта БОБР, возлагались следующие задачи:

оборонять Моонзундские острова;

периодическими действиями нарушать морские сообщения противника в Рижском заливе и Ирбенском проливе;

обеспечить траление, противолодочную оборону и другие виды обороны в своем районе;

обеспечивать выход в Балтийское море и возвращение подводных лодок, которые могли выходить в Балтийское море и возвращаться в свои базы только через Моонзунд и Соэла-Вяйн.

В начале августа на остров Сарема был перебазирован 1-й минно-торпедный полк ВВС КБФ, который нанес ряд ударов по Берлину.

До середины июля противник не предпринимал активных действий против островов и кораблей, базировавшихся в Моонзунде. Немецкое командование ограничивалось постановкой минных заграждений севернее острова Хиума, в Соэла-Вяйи и в Ирбенском проливе, блокированием подводными лодками выходов из Финского и Рижского заливов, и отдельными бомбардировочными ударами по батареям, аэродрому и кораблям

Для того чтобы вовремя обнаруживать корабли противника и не допускать их в Моонзунд и Рижский залив, в зоне БОБР была организована дозорная служба: к западу от Ирбенского пролива находилась на позиции подводная лодка, а восточнее, в самом проливе, в начале войны несли дозор эскадренные миноносцы. Они имели также задачу препятствовать противнику тралить наши минные заграждения. В поддержке дозора находились торпедные катера, эсминцы и 180-мм батарея мыса Сырве.

Дозорные надводные корабли систематически подвергались атакам авиации и нуждались в постоянном прикрытии истребителями, которых катастрофически не хватало. После того как эсминец «Сметливый» был поврежден авиацией, командование флотом решило надводные корабли в дозор в Ирбенский пролив не посылать. Вместо них на позиции между мысом Колкасрагс и островом Рухну была выставлена подводная лодка.

Круглосуточные дозоры в проливах Соэла-Вяйн, Хари-Курк и Вире-Курк несли малые охотники, тральщики и вооруженные буксиры. Торпедные катера оказались малопригодными для несения дозорной службы, так как имели недостаточную мореходность.

Управление дозорами в первое время было неудовлетворительным, корабли уходили в дозор, не зная обстановки. Так, командир эсминца «Грозящий», будучи в дозоре, запрашивал: «Есть ли в Ирбене наши корабли и самолеты?» Связь между кораблями дозора, их поддержкой и командованием не была отработана. Донесения дозорных кораблей запаздывали и приходили в штаб через час и более (до 6 часов), поэтому силы поддержки выходили с большим опозданием.

Действия кораблей по нарушению морских сообщений противника в Рижском заливе заставили его активизировать действия против островов и кораблей. С конца июля немецкая авиация начала минирование рейдов и фарватеров Моонзунда и стала наносить систематические бомбо-штурмовые удары по батареям, аэродромам и кораблям. Особенно интенсивным ударам подвергались эскадренные миноносцы. Так, эсминец «Стерегущий» с 12 по 31 июля отразил 54 атаки самолетов, во время которых на него было сброшено 130 бомб.

Мины ставились преимущественно в темное время суток одновременно в нескольких местах. Так, 1 и 2 августа немцы сбросили с самолетов мины в проливе Хари-Курк, на рейде Рохукюля, в проливе Вире-Курк и на рейде Триги, причем на рейде Триги четыре мины упали между стоявшими там кораблями. Наблюдение за постановкой мин самолетами на подходах к островам было затруднено, не хватало дозорных кораблей и постов СНиС.

Командиру бригады траления 25 июля комфлота была поставлена задача протралить фарватер вокруг островов Сарема и Хиума, чтобы обеспечить выход эскадренных миноносцев в Рижский залив и Балтийское море. К началу августа фарватеры были протралены. Траление производилось против контактных (якорных) мин в светлое время суток, неконтактные мины тралить было нечем. Действия тральщиков прикрывали береговые батареи, звено истребителей и эсминцы, находившиеся в Моонзунде.

Большие потери, вызванные активной обороной наших войск на рубеже Пярну — Мустала — Тарту, резко снизили темпы наступления фашистских армий. Уже в начале июля немцы начали испытывать недостаток в войсках и технике.

В этих условиях немецкое командование решило использовать порты Рижского залива для снабжения своей группы войск «Север», действовавшей против Ленинграда. Для прикрытия коммуникаций между портами Германии и Рижским заливом противник перебазировал в порты Вентспилс и Либава легкие силы и установил на побережье от Овиши до мыса Колкасаргс несколько береговых батарей.

КБФ была поставлена важная задача — нарушать морские сообщения противника и тем самым воспрепятствовать усилению немецких войск под Ленинградом и в Прибалтике.

В связи с этим командующий флотом решил продолжить постановку минных заграждений в Ирбенском проливе, изменив ранее принятый план минных заграждений. Было решено поставить несколько минных заграждений на сообщениях противника вдоль южного берега Ирбенского пролива, прижимаясь к которому, немцы могли организовать плавание своих кораблей.

В ночь на 30 июня сторожевые корабли «Туча» и «Снег» под прикрытием катеров МО поставили 60 мин в южной части Ирбенского пролива.

После отхода наших войск с рубежа Западной Двины на северо-восток командующий флотом решил поставить минное заграждение, прикрывающее Моонзунд с юга, и «закупорить» Пярну, с тем чтобы противник не мог использовать его как порт для снабжения своих войск. 2 июля два транспорта и две шхуны были загружены камнями и затоплены на входном фарватере. Кроме того, на фарватере были поставлены три минные банки по 10 мин в каждой. Однако эти заграждения не достигли своей цели. Противник сравнительно быстро смог использовать Пярну как порт для высадки войск и выгрузки снаряжения. В тот же день, 2 июля, в сопровождении двух малых охотников сторожевой корабль «Туча» поставил 30 мин на южном подходе к Муху-Вейн, в пр-ве Виире-Курк. Во время постановки авиация противника безуспешно атаковала корабли. Однако постановка этого минного заграждения была преждевременной, опередившей события почти на два месяца. Оно должно было создать препятствие кораблям противника при их попытке проникнуть из Рижского залива в Моонзунд. Но противник таких попыток не предпринимал, и это заграждение в дальнейшем мешало выходу наших кораблей из Моонзунда в Рижский залив. Им приходилось форсировать свое же минное поле, а затем протралить в нем фарватер.