Владимир Алексеев родился 16 апреля 1900 года на станции Ляховичи Барановичиского уезда Минской губернии в семье рядового железнодорожного служащего. Затем вместе с родителями жил в городе Вильно, где окончил церковно-приходскую школу и поступил в местную гимназию. В 1915 году семья эвакуировалась в Гомель. Летом 1918 года Владимир окончил гомельскую городскую гимназию и в том же году поступил в Харьковский технологический институт.

Молодой человек мечтал после окончания института заняться серьезной научной деятельностью. Но суровое революционное время распорядилось его судьбой иначе. Находясь в Харькове, Алексеев стал свидетелем немецкой оккупации, разгула гетмановщины и петлюровщины. Под влиянием революционных событий, захвативших Харьков, сформировалось его пролетарское мировозрение. В ту грозную пору молодой студент не смог остаться в стороне от жесточайшей классовой битвы. В январе 1919 года Владимир вступил в РКП(б). По заданию партии он вернулся в Гомель, который был занят Красной Армией, организовал там комсомольскую ячейку и стал ее секретарем. Одновременно Владимир активно участвовал в создании сельскохозяйственных коммун в Гомельском уезде.

Первым серьезным испытанием для только что созданной комсомольской организации города явилось участие в подавлении белогвардейского мятежа, поднятого в Гомеле в марте 1919 года бывшим царским офицером Стрекопытовым, являвшимся в то время начальником хозяйственной части 20-й бригады 8-й стрелковой дивизии Красной Армии. Обманутые белогвардейцами красноармейцы бригады покинули окопы и в ночь на 24 марта прибыли на станцию Гомель-Полесский, где присоединились к мятежникам, возглавляемым «Полесским повстанческим комитетом». Со станции они начали наступление на город, захватили тюрьму и освободили около 400 уголовников. Вскоре в руках мятежников оказалась большая часть Гомеля. Лишь гостиница «Савой», превращенная в штаб сопротивления, здание ЧК и телефонная станция оставались в руках защитников советской власти. Вместе со старшими товарищами обороняла город и группа комсомольцев во главе с Владимиром Алексеевым. На помощь Гомелю пришли рабочие дружины из Могилева и Бобруйска, курсанты Могилевских командных курсов, крестьянские отряды из Смоленска и Почена, части Брянской дивизии. Уже в ночь на 29 марта мятежники вынуждены были оставить город.

В апреле 1919 года Владимир Алексеев добровольно вступил в Красную Армию и в сотаве 1-го Гомельского пролетарского батальона участвовал в боях на польском фронте: вначале рядовым красноармейцем, затем комиссаром батальона, заместителем комиссара полка. В одном из сражений он был тяжело ранен. Продолжительное время находился на излечении в различных госпиталях. Товарищи по комсомолу потеряли его след, посчитали, что он умер от ран и поместили некролог в гомельской газете «Набат молодежи».

В январе 1920 года еще не оправившегося от ран, передвигавшегося с помощью костылей Алексеева направили на долечивание к родителям. Сразу же по приезду его рекомендовали на работу в Гомельскую Губчека. Судьба Алексеева была схожа с судьбами многих солдат революции. Сам Владимир Павлович в одном из интервью в декабре 1967 года отмечал, что «путь в органы ЧК из Красной Армии был характерным для многих». Сначала он был рядовым сотрудником, а затем начальником секретно-оперативной части, заместителем председателя — членом Коллегии. В 20 лет Владимир прилично владел немецким и французским языками.

Нелегко приходилось в то время гомельским чекистам, не имевшим достаточного опыта оперативной работы. Гомель, будучи по сути дела прифронтовым городом, постоянно подвергался нападениям самых разношерстных врагов Советской власти — от белополяков до анархистов. В губернии активно действовали контрреволюционные элементы и иностранные шпионы, по уездам свирепствовали кулацкие банды. Алексеев участвовал, в частности, в раскрытии мятежа на Днепровской военной флотилии, стоявшей тогда в Гомеле. Однако наибольшую опасность в тот период представляла крупная боевая террористическая организация эсера Бориса Савинкова «Союз защиты родины и свободы», отделения которой действовали на территории западных губерний РСФСР. Центр организации — так называемый «Западный областной комитет» — находился как раз в Гомеле. Оттуда нити савинковского заговора тянулись к Москве, Петрограду, Минску и другим крупным городам. Всеми операциями «комитета» Б. Савинков руководил из своей варшавской резиденции.

Савинковцам удалось вовлечь в заговор представителей старой интеллигенции, а также ряд специалистов, занимавших ответственные посты в советских военных учреждениях и воинских частях. В гомельскую группу заговорщиков входили, в частности, руководители губернского и уездного военкоматов, командир учебного батальона, комендант города и некоторые другие военные работники. Из-за границы к ним поступали контрреволюционная литература, оружие и деньги.

Гомельские чекисты во главе с Алексеевым успешно применили метод внедрения в антисоветское подполье своего сотрудника, для которого изготовили документ, свидетельствовавший о принадлежности этого человека к организации. Документ был заверен печатью «комитета», изъятой при негласном задержании одного из его руководителей. Чекистам также удалось захватите нескольких савинковских курьеров.

В результате чекистской операции были арестованы ведущие функционеры «Западного областного комитета», профилактировано свыше 300 рядовых его членов. По своевременной наводке группы Алексеева регулярными частями Красной Армии был наголову разбит сформированный на территории буржуазной Польши и вторгшийся в пределы РСФСР диверсионный отряд под командованием полковника Павловского, действия которого на советской земле отличались особой жестокостью.

В этот период Владимир Алексеев часто встречался в Гомеле с такими видными чекистами, как Сосновский, Пузицкий, Брауде, которые были направлены из Москвы Ф. Э. Дзержинским в помощь Губчека, и учился у них.

Оперативная работа группы Алексеева по ликвидации в Гомеле антисоветского подполья получили высокую оценку Ф. Э. Дзержинского. Невольно высокую оценку проведенной операции дал и сам Савинков, который позже, на судебном процессе над ним в Москве в августе 1924 года заявил, что он возлагал большие надежды на «Западный областной комитет», но ликвидация последнего чекистами «поколебала его веру в возможность свержения советской власти путем заговора».

После разгрома второго савинковского заговора (первый был в Ярославле) Владимир Алексеев, которому только исполнился 21 год, был назначен начальником секретно-оперативной части и заместителем председателя губернской ЧК.

В те годы органы ВЧК много делали для решения такой важной для страны проблемы, как национальный вопрос. Приходилось бороться с проявлениями шовинизма и национализма, унаследованными от царского режима, и являвшимися серьезной помехой к достижению единства наций и народностей. Чекисты тех далеких времен во многом способствовали образованию и укреплению единого Советского государства.

В конце 1921 года возникла критическая ситуация в Башкирии, где сложились ненормальные отношения между местной ЧК и национальным башкирским руководством. В Башкирии уже была установлена Советская власть, но некоторые местные советские работники, не разобравшись в обстановке, а иногда и отдавая дань пережиткам прошлого, проявляли открытое недоверие к башкирским руководителям. Ответной реакцией стали вспышки буржуазного национализма среди башкир. Обострилась национальная рознь между башкирами и татарами. Тяжело сказались на настроениях людей неурожай и голод. В целях исправления создавшегося положения ЦК РКП(б) принял решение сменить руководство ЧК автономной республики. В. П. Алексеев был назначен заместителем председателя Башкирской ЧК. Его непосредственным начальником стал Николай Львович Волленберг — будущий видный разведчик, который позже являлся руководителем тегеранской резидентуры и резидентом советской внешней разведки в Польше (город Данциг).