23 мая 1967 года в экипажи для полетов на «Союзах» были введены новые космонавты на замену выбывшим – погибшему Владимиру Комарову и отстраненному от полетов Юрию Гагарину, которого было решено «поберечь и больше в космос не пускать».

Командование оценило испытательский опыт Георгия Берегового, он из третьего экипажа был переведен в первый. Георгий Тимофеевич впервые стал командиром в основном экипаже космического корабля.

28 августа 1968 года был запущен еще один космический корабль 7К-ОК «Союз» под названием «Космос-238», благополучно вернувшийся на Землю. Все пять беспилотных полетов кораблей серии «Союз», выполненные после гибели В. М. Комарова, прошли успешно. Государственная комиссия приняла решение о подготовке нового пилотируемого полета. В новом полете предполагалось сделать то, что не удалось сделать в апреле 1967 года – осуществить стыковку двух космических кораблей, что позволило бы начать подготовку к запуску долговременных орбитальных станций.

Казалось бы, уже можно было посылать «Союзы» в полет и выполнять стыковку космических кораблей, а затем и переход двух космонавтов из корабля в корабль. Но после гибели Владимира Комарова в апреле 1967 года авантюрный подход сменился трезвым расчетом, который, впрочем, иногда граничил просто с перестраховкой. 10 июня 1968 года состоялось заседание Государственной комиссии по «Союзам», на котором был принят ряд «очень осторожных решений».

Руководители советской космонавтики решили подстраховаться и перед стыковкой двух пилотируемых кораблей с четырьмя космонавтами выполнить предварительно еще один испытательный полет с одним космонавтом на борту. Этот испытательный полет получил название «вариант "0+1"». А сама экспедиция со стыковкой двух кораблей и переходом космонавтов из корабля в корабль стала именоваться «вариант "1+3"».

Теперь планы на предстоящие полеты выглядели следующим образом:

Вариант «0+1». В сентябре 1968 года на орбиту выводится беспилотный космический корабль «Союз-2» с пассивным стыковочным узлом. Через сутки к нему стартует пилотируемый космический корабль «Союз-3» с активным стыковочным узлом и с одним космонавтом на борту. В тот же день космические корабли состыковываются и два-три дня летают вместе. Затем поочередно возвращаются на Землю – сначала беспилотный «Союз-2», а затем пилотируемый «Союз-3».

Вариант «1+3». В ноябре-декабре поочередно стартуют «Союз-4» (космический корабль с активным стыковочным узлом и с одним космонавтом на борту) и «Союз-5» (корабль с пассивным стыковочным узлом и тремя космонавтами) с задачей их стыковки и осуществления перехода двух космонавтов из пассивного в активный корабль.

Генерал Каманин предложил утвердить экипажи космических кораблей в следующем составе: вариант «0+1» (корабли «Союз-2» и «Союз-3»), командир корабля – Георгий Береговой (дублеры – Борис Волынов и Владимир Шаталов); вариант «1+3» (корабли «Союз-4» и «Союз-5»), командир активного корабля – Борис Волынов, командир пассивного корабля – Георгий Шонин, выходящие космонавты – Евгений Хрунов и Алексей Елисеев (дублеры – Владимир Шаталов, Анатолий Филипченко, Виктор Горбатко, Валерий Кубасов).

22 июля 1968 года экипажи для предстоящих полетов «0+1» и «1+3» были утверждены на заседании Военно-промышленной комиссии при Совете Министров СССР. В начале августа космонавты приступили к непосредственной подготовке к полетам. По вечерам, в свое свободное время, Георгий Береговой часто приходил на тренажер «Волга», на котором отрабатывались ручное маневрирование и стыковка космических кораблей «Союз», и устраивал себе дополнительные, не предусмотренные распорядком тренировки.

27 сентября состоялась последняя тренировка космонавтов. Экзамены для Георгия Берегового, Бориса Волынова и Владимира Шаталова были назначены на десять часов утра. Береговой держался безукоризненно и отвечал на вопросы четко и немногословно. Чувствовалось, что он отлично знает корабль «Союз», все его системы и оборудование, хорошо представляет условия полета и сумеет применить на практике свои знания и опыт летчика-испытателя. Борис Волынов и Владимир Шаталов тоже получили отличные оценки.

Теперь Георгий Тимофеевич вышел на финишную прямую. Вопрос о его полете в космос должен был окончательно решиться после заседания Государственной комиссии, которая и определяет, кто из космонавтов полетит. Но Береговой уже поверил в свою счастливую звезду, в то, что не пройдет и месяца, как он окажется на космической орбите. Вера Георгия Тимофеевича в то, что его полет в космос обязательно состоится уже в ближайшие недели, крепла с каждым днем. Осознание этого факта заметно изменило его настроение в лучшую сторону. Он стал и более оживленным, и более сосредоточенным. Эмоционально он был уже почти в космическом полете.

14 октября 1968 года состоялось заседание Военно-промышленной комиссии под председательством Л. В. Смирнова. После доклада генерала Н. П. Каманина было единогласно принято решение готовить пуск двух кораблей «Союз» в период 24–26 октября 1968 года. Командиром активного корабля «Союз» утвердили полковника Георгия Тимофеевича Берегового, а его дублерами – подполковников Бориса Валентиновича Волынова и Владимира Александровича Шаталова.

Кандидаты на предстоящий космический полет Георгий Береговой, Борис Волынов и Владимир Шаталов 15 октября 1968 года прибыли на космодром Байконур для заключительной предстартовой подготовки. Космонавтов поселили на «семнадцатой площадке» – так в целях секретности иногда именовалась гостиница «Космонавт», расположенная в Ленинске.

На все десять предстартовых дней был установлен такой общий распорядок: ровно в 7 часов 30 минут подъем, потом зарядка в парке при гостинице, завтрак в столовой, обязательный ежедневный врачебный осмотр. Около девяти часов утра Береговой, Волынов и Шаталов уезжали на специальном автобусе в монтажно-испытательный корпус на второй площадке космодрома Байконур. В МИКе готовили к старту их космический корабль. Космонавты вместе с методистами приступили к окончательной отработке бортжурналов – очень трудоемкой, но крайне важной работе. Каждый космонавт должен был своей рукой записать в бортжурнал весь порядок работы в космосе по программе полета и предусмотреть свои действия в различных нештатных ситуациях.

16 октября 1968 года состоялось заседание Государственной комиссии. Главные конструкторы космического корабля, ракеты-носителя, руководители организаций, обслуживающих все системы стартового комплекса, доложили: ракеты-носители, корабли «Союз» (активный и пассивный), оборудование старта к пускам готовы. Было принято решение: осуществить запуск беспилотного пассивного корабля «Союз-2» 24 октября, а активного корабля «Союз-3» с космонавтом на борту – 25 октября.

Генерал Н. П. Каманин доложил о готовности к полету космонавтов: «Государственной комиссии представляются кандидаты на очередной космический полет: Георгий Тимофеевич Береговой, Борис Валентинович Волынов и Владимир Александрович Шаталов. Все они успешно прошли программу подготовки к полету и на экзаменах получили отличные отметки. Командиром космического корабля «Союз» предлагается утвердить полковника Берегового Георгия Тимофеевича. Его первым и вторым дублерами – подполковников Волынова Бориса Валентиновича и Шаталова Владимира Александровича».

Государственная комиссия проголосовала. Единогласно решено было назначить командиром корабля «Союз» Г. Т. Берегового, а его дублерами – Б. В. Волынова и В. А. Шаталова.

Далее слово было предоставлено будущему пилоту «Союза-3». Георгий Тимофеевич Береговой был краток: «Товарищ председатель Государственной комиссии, члены Государственной комиссии! Принятое вами решение ко многому меня обязывает. Я прошел подготовку по специальной программе. Врачи дали заключение о годности к полету. Приложу все старания и умение, чтобы успешно выполнить задание Родины. Благодарю за оказанное доверие».

24 октября по сложившейся на космодроме традиции Георгий Тимофеевич Береговой и его дублеры приехали на вторую площадку Байконура, где посетили домик С. П. Королева и домик космонавтов, в котором перед своими стартами ночевали все первые советские космонавты. Потом переехали на 31-ю площадку, на которой в 16 часов состоялась встреча космонавтов с военными и гражданскими испытателями, с теми, кто готовил ракету-носитель и космический корабль «Союз-3» к полету. На встречу пришло свыше 500 человек, в том числе присутствовали и все члены Государственной комиссии. Георгию Береговому предстояло первым из советских космонавтов стартовать в космос с 31-й площадки космодрома Байконур – до этого все пилотируемые запуски «Востоков», «Восходов» и «Союзов» осуществлялись с первой, «гагаринской» площадки.