Остановившись в Серпухове, Лжедмитрий I не решался войти в Москву до той поры, пока были живы молодой Федор Годунов и его мать-царица. Послав в столицу бояр с приказанием умертвить сына и жену Бориса Годунова, самозванец, наслышанный о необычайной красоте Ксении, «дщерь повелел в живых оставити, дабы ему лепоты ея насладитися». 10 июня 1605 года князья-убийцы Василий Голицын, Василий Мосальский, Михаил Молчанов и Андрей Шерефетдинов в сопровождении отряда стрельцов ворвались на подворье Годуновых, захватили царицу Марию Григорьевну и ее детей и развели «по храминам порознь». Царица от неожиданности потеряла дар речи и не оказала никакого сопротивления. Федор Годунов, «поистине юный витязь и писаный красавец», мужественно сопротивлялся, так что палачи долго не могли с ним справиться. Отчаянно вырывавшуюся Ксению Годунову увезли в дом к одному из губителей ее матери и брата, князю В. Мосальскому. Позже она узнала, что задушившие Федора и Марию Годуновых бояре-убийцы объявили народу, что царь и царица покончили жизнь самоубийством — «испиша зелья», а «царевна едва оживе». Хотя этому никто не поверил, так как тысячи людей, в том числе историк той эпохи Петр Петрей, собственными глазами видели следы от веревок, которыми были задушены царь Федор и царица Мария Григорьевна, бояре запретили традиционный обряд погребения. Федора и его мать закопали, как самоубийц, возле ограды бедного Варсонофьевского монастыря на Сретенке. В одну яму с ними были брошены останки Бориса Годунова, которые родовитые бояре извлекли из Архангельского собора. Так пресмыкавшиеся перед тираном-самозванцем знатные бояре-изменники решили посмертно лишить почестей законно избранного, но «худородного» царя Бориса Годунова.
Все это время в один час осиротевшую Ксению Годунову удерживали в доме князя В. Мосальского. Догадывалась ли несчастная царевна, что очень скоро настанет день, когда ее поведут на поругание к тирану-самозванцу? Ждала ли она чудесного избавления?
20 июня 1605 года Лжедмитрий вступил в Москву. Накануне П. Басманов низложил и проклял как прислужника Годуновых престарелого патриарха Иова. С позором изгнанный из Москвы патриарх мог обличить самозванца, который в бытность свою дьяконом служил Иову и хорошо был ему знаком. Попытка Василия Шуйского в первые дни пребывания расстриги-самозванца в Москве «не дать ему сесть на царство» не удалась и едва не стоила ему жизни. 18 июля возвратилась из ссылки в Москву вдова Ивана Грозного Мария Федоровна Нагая (в иночестве Марфа) и всенародно признала Лжедмитрия I своим сыном. Признание мнимой матери покончило с колебаниями тех, кто все еще сомневался в его царском происхождении. В обстановке всеобщего ликования народа по поводу обретения истинного государя и наступления счастливого царства изменник-расстрига Гришка Отрепьев был коронован. Обряд царского венчания, призванный подчеркнуть возрождение законной династии, совершался дважды: сначала — в Успенском соборе, а затем — у гробов «предков» в Архангельском соборе.
Вот тогда-то и наступил самый злосчастный день в жизни Ксении Годуновой. По приказанию Лжедмитрия I князь В. Мосальский привел к нему во дворец бедную царевну. Это мгновение изобразил талантливый русский художник Н. Неврев на своей картине «Ксения Борисовна Годунова, приведенная к самозванцу». Прекрасная царевна рыдает, закрыв лицо рукою. В самом деле, трудно себе вообразить что-либо ужаснее положения женщины, отдаваемой на поругание похотливому самозванцу, которого она считала убийцей своих дорогих родных. И какой женщины? Той, которая три года назад могла стать женой благородного Иоанна Датского!
Теперь перед Ксенией был человек, внушавший ей омерзение и своими деяниями, и своей внешностью. По словесным портретам современников, в том числе уже упоминаемого русского писателя И. М. Катырева-Ростовского, Лжедмитрий I имел телосложение и лицо «не царсково достояния». Приземистый, небольшого роста, он был широк в плечах, почти без талии, с короткой шеей и огромными руками разной длины. На грубом желтом лице Лжедмитрия-Отрепьева не было ни усов, ни бороды, толстый нос напоминал по форме башмак, возле него росли две большие синие бородавки, взгляд колючих маленьких глаз довершал гнетущее впечатление.
Все русские и иностранные современники утверждают, что Лжедмитрий, приказав доставить к себе во дворец Ксению Годунову, против ее воли продержал ее у себя наложницей полгода. Как он обращался с ней все это время, неизвестно. Живший в те дни в Москве голландец Исаак Масса, у которого не было оснований чернить Лжедмитрия I, сообщает о том, что самозванец предавался в Москве безудержному разврату. Его клевреты-угодники П. Басманов и М. Молчанов тайно приводили во дворец к царю-распутнику пригожих девиц и красивых монахинь, приглянувшихся ему. Когда уговоры и деньги не помогали, в ход пускали угрозы и насилие. Рассказывая о распутстве и извращенных наклонностях Лжедмитрия I, которые очень повредили его репутации, Исаак Масса писал: «Он был распутником, ибо всякую ночь растлевал новую девицу, не почитал святых инокинь и множество их обесчестил по монастырям, оскверняя таким образом святыни, он также растлил одного благородного юношу из дома Хворостининых, которые принадлежат к знатному роду, и держал этого молокососа в большой чести, чем тот весьма величался и все себе дозволял».
Тем не менее будущего тестя Лжедмитрия I, Юрия Мнишека, более всего тревожило присутствие при дворе самозванца дочери Бориса Годунова — Ксении. Нетрудно догадаться почему. Польская невеста Лжедмитрия, Марина Мнишек, не знала себе равных в страсти к роскоши, власти и авантюрам, но в отличие от признанной красавицы Ксении Годуновой не обладала ни женской привлекательностью, ни женским обаянием. Даже на парадном портрете, идеализирующем внешность претендентки на роль русской царицы, Марина Мнишек выглядит малопривлекательной. Тонкие губи, изобличавшие высокомерие, тщеславие и мстительность, вытянутое лицо, слишком длинный нос, жидкие черные волосы, низкорослое, тщедушное тело — все это мало отвечало тогдашнему идеалу женской красоты. Прошло полгода, как Лжедмитрий занял русский трон, но он не спешил приглашать из Польши панну Марину, на которой обещал жениться под страхом проклятия. 25 декабря 1605 года Юрий Мнишек, жаждавший вместе с мотовкой-дочерью скорее добраться до русских богатств и царской казны, обратился к будущему зятю с письменным выговором: «Так как известная царевна, дочь Бориса Годунова живет вблизи вас, то по моему и благоразумных людей совету благоволите ее удалить и отослать подалее».
Получив письмо Юрия Мнишека, самозванец не стал перечить своему будущему тестю. В начале 1606 года Ксения Годунова была насильно отвезена в глухой Горицкий монастырь на Белоозере. Здесь она была пострижена в монахини под именем Ольги и отныне должна была оставаться до самой своей смерти. Не надеясь когда-либо вернуться в Москву, чтобы оплакать могилы своих родителей и брата, Ксения Годунова мысленно возвращалась к своему прошлому, к тем бедам, которые постигли ее семью и всю Русскую землю. На далеком Белоозере сочинила Ксения Годунова несколько песен, которые позже обнаружили в записной книжке англичанина Ричарда Джеймса. Вот одна из них: