В 1821 году по приглашению епископа Калужского Филарета (Амфитеатрова) братья Моисей и Антоний (Путиловы) с монахами Иларием (Дранкиным) и Савватием прибыли в Оптину пустынь для постройки там Иоанно-Предтеченского скита и основания в нем монашеской жизни. В 1822 году святитель Филарет рукоположил отца Моисея в сан иеродиакона, а затем — иеромонаха и вскоре назначил общим духовником Оптиной пустыни. С 1826 года и до своей кончины он был настоятелем монастыря.

В 1837 году иеромонах Моисей был возведен в сан игумена, а в 1853 году — архимандрита. Настоятельство преподобного Моисея отмечено активным строительством на принадлежавших монастырю землях. Построены два придела Введенского храма, выстроена новая трапезная и семь братских корпусов. В 1858 году в старой трапезной устроена и освящена церковь во имя преподобной Марии Египетской и святой праведной Анны. В 1861–1864 годах построена кладбищенская церковь во имя Всех святых. Возведены каменная ограда с семью башнями, библиотека, гостиницы (восемь корпусов с тремя флигелями). Построены два конных двора, скотный двор, кирпичный и черепичный заводы, мельница. Устроен хутор для лугового хозяйства и рыбной ловли на реке Жиздре, приобретены и подготовлены под огороды болотные земли, разбиты фруктовые сады.

Но главной настоятельской заботой архимандрита Моисея было попечение о братии, ее преуспеянии в деле спасения души. В годы его настоятельства в Оптиной пустыни зарождается старчество: он приглашает в обитель преподобного Льва, он же возлагает бремя духовного окормления братии на его последователя — преподобного Макария. При нем приходит в Оптину послушником будущий великий светильник земли Русской преподобный Амвросий. Благодаря тому, что отец Моисей прошел тот же духовный путь внутреннего делания, что и отец Лев, между обоими строгими подвижниками возникло глубокое взаимопонимание и полное единодушие. И если епархиальное начальство не понимало сущности старчества и преследовало старца Льва, то отец Моисей, который был с ним на одном духовном уровне, понимал великое значение старчества, и между старцем и настоятелем никогда не возникало ни малейшего трения.

Большое значение придавал преподобный Моисей и делу книгоиздания. За время его настоятельства в Оптиной было издано 16 томов святоотеческой литературы.

Привыкнув еще смолоду вставать в полночь на молитву, отец Моисей и в бытность свою настоятелем едва ли не каждую ночь повторял это. По крайней мере двое из братий, бывших при нем будильщиками, говорили, что, приходя брать благословение будить братию к утрени, они часто заставали преподобного уже бодрствующим, иногда же молящимся на коленях перед образом Спасителя, а иногда еще лежащим в подряснике. Впрочем, отец Моисей и всегда, ложась спать, не раздевался. Об этом своем подвиге он нечаянно проговорился одному монаху в какой-то поездке. Приехав к вечеру на постоялый двор, они остановились кормить лошадей. Напились чаю и расположились отдыхать в разных комнатах. Не успел монах раздеться, улечься и хорошенько заснуть, как отец Моисей вошел к нему одетый и говорит: "Ну, пора нам собираться ехать. Что же ты это, брат, и разделся? Я двадцать пять лет и в своей келлии не раздевался во время сна, а ты в дороге разделся, спать ложась; в дороге какое спанье?! Поедем!".

К утрени отец Моисей старался ходить неопустительно и говорил другим, что это наилучшее время для молитвы: "К утрени надобно ходить, потому что во время литургии за нас приносится Бескровная Жертва Богу, а ходя к утрени, мы сами себя приносим в жертву Господу, жертвуем для Него своим покоем". И не только к утрени, но и к литургии, преимущественно ранней, и к вечерне старец старался ходить неопустительно, если не задерживали какие-либо особые дела.

Сам строгий постник и подвижник, отец Моисей был преисполнен самой нежной любви к людям и сострадателен к их погрешностям. Вот один из множества примеров: в обители работал печник, плутовавший и неисправно работавший. Отец Моисей решил его рассчитать, но печник просил прощения и обещал исправиться. Преподобный Моисей простил его и снова нанял. Эконом, узнав об этом, сказал отцу Моисею: "Батюшка! Вы опять того печника наняли, ведь он плут, как и вам хорошо известно!". — "Да ведь он бедный человек, я видел, что на нем и рубашки-то нет, а только кафтан, надобно ему помочь, притом он обещал исправиться". — "Батюшка, когда же он исправится? Он известный негодяй!" — "Как! Человек хочет исправиться, а ты говоришь, что он негодяй! Это ты негодяй! Ступай!". Так эконом и ушел.

Неподражаемо было искусство отца архимандрита говорить с каждым в его тоне: с образованными — на их языке, а с остальными — сообразно с их понятиями и их образом речи. Он хорошо понимал потребность каждого. С удивительным искусством старался он всегда избегать среди бесед разговора о людях в смысле их осуждения. "Да кто же может это одобрить", — бывало, скажет он мягко, уклоняясь от осуждения.

"Слово его было сладко, встреча радовала, приветствие его было драгоценно, так всегда было обдуманно и нежно. Эта прекрасная душа ни перед кем не оставалась в долгу", — писал о старце игумен Антоний (Бочков). Сострадание к бедным отца Моисея не имело предела. Разорившийся торговец привез продавать негодную сбрую. Отец Моисей ее купил и на упрек эконома: "Все гнилье, на что Вы это купили?" — ответил: "Экой ты, брат, какой, ведь продавал-то человек бедный, и у него пятеро детей, все равно надобно ему и так помочь". Таких случаев множество. Не отказывая бедным в помощи, питая множество странников и в трапезной, и в гостинице, и все бесплатно, когда монастырь сам нуждался в средствах, отец Моисей нередко предпринимал и новые постройки только с одной целью — прокормить бедных людей и окрестных жителей. Он построил огромную ограду вокруг монастыря. "Ничего нет, хлеба даже у братии нет, а он этакую огромную постройку ведет. И повел, и повел, да так без перерыва и довел ее до конца, а ограда-то какая, несколько домов каменных можно из нее выстроить…" — роптали на него.

Однажды был пожар, нанесший убыток на две тысячи. Вынесли на пожар чудотворную икону Казанской Бoжиeй Матери. Стали с ней против ветра, и последний изменил свое направление, обратился в лес, и пожар был потушен. Отец Моисей после выразился о пожаре так:

Всю жизнь преподобного Моисея можно охарактеризовать такими словами: он жил сокровенно в Боге. Среди непрестанных забот и попечений внешних в нем был сокровенный сердца человек в нетленной красоте кроткого и молчаливого духа (1 Петр. 3, 4).

Стяжавший великую веру, безгневие, кротость и другие добродетели, отец Моисей был великим делателем молитвы — царицы добродетелей, и пребывал всегда в молитвенном соединении с Господом, ради Которого и нес многие труды благочестия. Стоя в храме и внимательно слушая Божественную службу, он нередко так углублялся в молитву, что не замечал, когда кто из братии подходил к нему и кланялся, испрашивая благословения или прощения.

Одна игуменья, окруженная сестрами, встретила отца Моисея на дороге. Все они ему поклонились, прося благословения, но он, всегда приветливый, шел, не замечая никого. Игуменья громко назвала его имя, он очнулся, удивился, что около него целая толпа людей, стал извиняться. Но выражение лица его, орошенное слезами, свидетельствовало, в каком состоянии его застали. Он настолько углубился в молитву, что просто не заметил монахинь.

"Сам-то я хуже всех, — часто повторял отец архимандрит, — другие, может быть, только думают, что они хуже всех, а я на самом деле дознался, что я хуже всех". На отце Моисее сбывались слова преподобного аввы Дорофея: "Как деревья, когда на них бывает много плодов, то самые плоды преклоняют ветви книзу и нагибают их… Так и душа, когда смиряется, тогда приносит плод, и чем более приносит плода, тем более смиряется. Так и святые, чем более приближаются к Богу, тем более видят себя грешными" [11]. На вопрос одного иеромонаха о келейном правиле отец Моисей сказал: