Существенные претензии имелись и к силовой установке. Основных было две: 950 кг окислителя «Т» и топлива «Z» «вылетали в трубу» двигателя HWK R II-203b в течение всего 4,5 минут. Невысокой была и надёжность силовой установки. Одной из причин этого было то, что в случае неправильной регулировки подачи окислителя, топливо могло попросту «забить» двигатель, поскольку горение при «сбросе газа» в камере сгорания проходило неустойчиво. Более того, недостаточная точность регулировки подачи топлива и окислителя в камеру сгорания могли привести к взрыву. Причём надо отметить, что два таких инцидента имели место. Один из них произошёл в Кумерсдорфе, где в результате взрыва HWK R II-203b практически полностью было разрушено здание, а второй – в испытательной станции в Траэне. В обоих случаях не обошлось без жертв.
В результате топливо «Z» заменили на состав «С», представлявший собой трёхкомпонентную смесь, 30% которой составлял гидразингидрат, 58% – метанол, а остальные 12% – вода. Бесцветная жидкость с запахом аммиака была чрезвычайно токсична, при попадании на кожу вызывала ожоги, а в присутствии окислов железа мог произойти самопроизвольный взрыв. Окислитель – состав «Т», впрочем, тоже был «отнюдь не компотом». Причина заключалась в том, что 80% перекись водорода (в отличие от более слабых концентраций этого вещества применяемых в косметике и медицине) является нестабильной и в присутствии тех же самых окислов железа бурно разлагается вплоть до взрыва. При попадании на кожу также вызывает ожоги, а её пары, попавшие в кабину, заставляли слезиться глаза пилотов. Достоинств у этой «сладкой парочки» было два: соединившись, они образовывали самовоспламеняющееся топливо, а емкости для хранения топлива и баки Ме163 можно было промывать обычной водой.
В ходе длительных и чрезвычайно опасных опытов двигателисты и химики выяснили, что наибольший эффект достигается при соединении 100 весовых частей состава «Т» и 36 частей состава «С». В ходе химической реакции, сопровождаемой колоссальным выделением тепла, компонентами выхлопа был азот, двуокись углерода и вода. При этом скорость истечения газов из камеры сгорания составляла 1700 м/с. На малой тяге выхлопные газы имели ярко-красный цвет, а на режиме «максимал» – почти бесцветный жёлто-зелёный.
Основным элементом будущего серийного самолёта был, конечно, новый ракетный двигатель Вальтера R II-211, получивший серийное обозначение HWK 109-509А. Двигатель работал по «горячему циклу» и, как тогда предполагалось, должен был иметь регулируемую тягу в диапазоне от 100 до 1500 кг. Согласно расчётам предполагалось, что расход топлива на форсаже не будет превышать 3 кг в секунду. Практически полностью изменив внутреннюю компоновку, Липпиш разместил во внутренних баках самолёта, сохранившего свои основные размеры, свыше 1660 литров топлива и окислителя, что теоретически обеспечивало 12 минут моторного полёта. Предполагалось, что на взлёт и набор высоты 12.000 м уйдёт три минуты, после чего тягу предполагалось уменьшить, переведя двигатель на маршевый режим, что обеспечивало 30-минутный полёт на скорости около 950 км/ч. В результате боевой радиус действия ракетного перехватчика на бумаге получался 240 км, что практически соответствовало аналогичному параметру Bf109, но при почти вдвое большей крейсерской скорости!
Правда, когда началась разработка серийного варианта Ме163, которому даже присвоили обозначение Lil63S, в распоряжении Липпиша не имелось даже макета двигателя HWK 109-509А. Единственно на что могли рассчитывать его сотрудники, так это на то, что конструкторское бюро Вальтера не выйдет за пределы геометрических и весовых ограничений, согласованных в последней декаде декабря 1941 г. Впрочем, такая «мелочь», как отсутствие силовой установки, конечно, не смутила Липпиша, и постройка серийных образцов продолжалась довольно высокими темпами, хотя и не такими, как планировалось вначале, что и привело к сокращению финансирования программы.
Последний факт обычно связывают с самоубийством Эрнста Удета, которое произошло 17 ноября 1941 г. Сменивший его Эрхард Мильх имел куда более высокий уровень технического образования, и уже поэтому многие научно-технические достижения рассматривал с точки зрения экономики государства, ввязавшегося в войну на истощение. Однако отказываться от перспективных разработок (а то, что реактивные двигатели являются недалёким будущим авиации, понимали уже многие) Мильх не собирался, он лишь с большей эффективностью старался использовать имеющиеся в его распоряжении средства.
Проверка ряда технических решений, заложенных в конструкцию Ме163В, осуществлась на десяти прототипах Ме163А-0, которые строил завод Вольфганга Хирта. Два из них были использованы для безмоторных тренировок. Как и ранее вместо топлива в баки заливали воду, и планер с балластом поднимался на буксире в воздух. Позже восемь машин были оснащены ЖРД HWK R II- 203Ь. Наращивавшая интенсивность испытательная программа потребовала привлечения новых сотрудников в «подразделение Липпиша». Одним из них был лётчик-испытатель, опытный планерист Рудольф Опиц, до этого длительное время работавший в Институте планерной техники (DFS). Однако в начале 1940 г. в связи с необходимость наращивания численности лётного состава строевых частей Опица перевели в 4-й лётную школу Люфтваффе. Теперь же осенью-зимой 1941 г. его опыт безмоторных полётов снова оказался востребован, и Опиц получил назначение на фирму Мессершмитта, где он вместе с Хайни Дитмаром приступил к испытаниям Ме163. Как выяснилось, это решение было принято весьма вовремя, так как в конце ноября 1941 г., проверяя эффективность посадочных щитков Ме163А-0 на малой высоте, Дитмар попал в серьёзна аварию и надолго обосновался в госпитале.
Произошло это на глазах у Липпиша, который хотел посмотреть на работу новых закрылков. Конструктор стоял возле одного из ангаров, мимо которого пронёсся в заходящем на посадку Ме163А-0 Диттмар. В тот день было ветрено, и Диттмар пилотировал с учётом силы и направления бокового воздушного потока. Однако, напротив ангара на малой высоте находилась «непродуваемая» спокойная зона, попав в которую ракетный «мессер» с отклонённым вертикальным рулём направления и элевонами буквально выбросило с траектории посадочной глиссады в сторону. Пытаясь парировать эту внезапно возникшую нештатную ситуацию, Диттмар отработал рулями, но выйдя из «мёртвой зоны» самолёт снова попал под воздействие бокового ветра. В результате, прочертив короткую «змейку» на предельно малой высоте, ракетоплан врезался в крышу следующего бетонного ангара. Смонтированная на самолёте подфюзеляжная опускаемая лыжа имела гидравлические амортизаторы, которые погасили лишь часть энергии вертикального удара, значительная доля которой всё же передалась на жёсткую бронированную чашку пилотского кресла…
К счастью, испытания проводились на безмоторном прототипе, а в ангаре не было заправленных самолётов, в противном случае знаменитый лётчик-испытатель попросту сгорел бы. Впрочем, последствия аварии и так оказались существенными – серьёзная травма позвоночника вывела из строя Диттмара на два года. В результате вся тяжесть испытаний Ме163 легла на плечи Опица. Правда, как вскоре выяснилось, необходимость внесения различных доработок заметно снизили темп испытательных полётов и Опиц смог сравнительно спокойно вести программу тестирования опытных образцов.
Первоначально предполагалось, что готовый к установке на летательный аппарат двигатель HWK 109-509А будет готов весной 1942 г., но при проектировании столь мощного ЖРД конструкторское бюро Вальтера столкнулось со значительными трудностями. В результате сроки готовности были сдвинуты на осень 1942 г. И всё же отсутствие двигателей было отнюдь не единственной проблемой. Конструкторы прекрасно сознавали, что в различных перипетиях воздушного боя пилоты строевых частей далеко не всегда смогут приземлиться на своей авиабазе, а посадочные характеристики Ме163 были таковы, что сесть «в чистом поле», как это часто делали пилоты «мессеров» и «фокеров», на нём было практически невозможно. В то же время гарантировано покинуть в воздухе самолёт обычным образом можно было только на приборной скорости не более 450 км/ч.