К началу 1943 года союзному командованию стало ясно, что эпоха рейдов уходит в прошлое. Как на Средиземном море, так и на северо-западе Европы англичане и американцы давно и прочно овладели стратегической инициативой и перешли в решительное наступление. От сил специальных операций в этих условиях требовалось выполнения задач иного рода — проведение диверсий постепенно перешло в функции формирований SOE. Надобность в коммандос в том виде, в каком они существовали с 1940 года, отпала, однако их отряды прошли реорганизацию и впредь стали использоваться в качестве отборной легкой штурмовой пехоты (так, 41-й отряд морской пехоты в сентябре 1943 года осуществлял обеспечение высадки войск 8-й английской армии на юге Италии).
В рамках этой деятельности все наличные силы коммандос — 16 отрядов, как армейских, так и морской пехоты, в конце 1943 года свели в четыре бригады особого назначения (S. S. Brigade). Высшей оперативной единицей, объединившей бригады, стала группа особого назначения (Special Service Group), которую возглавил генерал-майор Р. Дж. Стерджес (Sturges). Согласно штатному расписанию, боевой состав частей группы был следующим:
— 1-я бригада (дислоцирована в Южной Англии), бригадир лорд Ловат: 3, 4, 6-й отряды, 45-й отряд морской пехоты;
— 2-я бригада (дислоцирована в Южной Италии), бригадир Т. Д. Л. Ч. Черчилль: 2-й, 9-й отряды,. 40-й и 43-й отряды морской пехоты;
— 3-я бригада (дислоцирована в Индии), бригадир Д. И. Нонуэйлер (Nonweiler): 1-й, 5-й отряды, 42-й и 44-й отряды морской пехоты;
— 4-я бригада (дислоцирована в Южной Англии), бригадир Б. У. Лейстер (Leicester): 41,46 и 47-й отряды морской пехоты, 10-й межсоюзнический отряд.
Кроме того, группа Стерджеса насчитывала в своем составе отряд кораблей особого назначения (Special Boat Unit) и инженерно-саперный отряд морской пехоты (R. M. EngineerCommando). К числу вспомогательных подразделений относились: отряд обеспечения (Holding Commando), центр общей подготовки (Commando Basic Training Centre), центр обучения ведению боев в условиях высокогорья (Commando Mountain Warfare Centre) и так называемая «группа второго эшелона» (Group 2nd Echelon), также относившаяся к морской пехоте. Как и прежде, штурмовые отряды коммандос высаживались в первых рядах десанта, но дальше им приходилось сражаться в качестве пехоты. Соответственно были изменены организационная структура каждого отряда, его вооружение и оснащение.
В 1943 году в состав каждого отряда входили штаб (командир в звании подполковника, его заместитель — майор, адъютант, полковой сержант-майор, личный состав штаба и группа связи), 5 боевых групп (с 1-й по 5-ю) и группа тяжелого оружия.
В группу (Troop) входили управление (командир в звании капитана, сержант-майор, санинструктор и вестовой) и две секции. В каждой секции, кроме командира, сержанта и вестового, по штату насчитывался 31 солдат. В свою очередь, секции подразделялись на два отделения (подсекции) в следующем составе: ланс-сержант, капрал, два ланс-капрала и 10 рядовых. Группа тяжелого оружия насчитывала 39 военнослужащих и имела в своем составе две секции: 3-дюймовых минометов и станковых пулеметов Vickers Mk I.
В это же время произошли перемены в руководстве частями коммандос: Маунтбэттен отбыл на Дальний Восток координировать боевую работу спецчастей на Тихоокеанском театре. Пост начальника Управления объединенных операций занял бывший командир Бригады особого назначения генерал-майор Роберт Лэйкок. Наконец, в конце 1944 года нелюбимое коммандос название «Special Service» было отменено: отныне все бригады именовались «бригадами коммандос».
1-я и 4-я бригады особого назначения в ходе боев за овладение плацдармом соединились с высадившейся в Нормандии еще до рассвета 6-й воздушно-десантной дивизией и в дальнейшем действовали совместно. Бригады Ловата и Лестера прикрывали восточный фланг английского участка. Высаживавшиеся на берег части 1-й бригады сопровождали волынщики, подбадривавшие солдат шотландским маршем «Battle on the Tyne».
Высадка в английских секторах началась примерно через час позже американцев. 41-й отряд коммандос, понесший большие потери во время высадки, двинулся в направлении Лион-сюр-Мер (крайний западный фланг участка «Суорд»), который и взял после ожесточенного штурма, прикрыв десантирование линейных частей. Важная роль в высадке в английских секторах была возложена на королевскую морскую пехоту. Ее подразделения, участвовавшие во вторжении, были оснащены устаревшими крейсерскими танками «Centaur», вооруженными 95-мм короткоствольной гаубицей. Эти машины должны были обеспечить непосредственную огневую поддержку всех выбравшихся на берег частей. Однако вскоре выяснилось, что эти танки были совершенно не приспособлены для транспортировки на десантных баржах: при перегрузке танков на эти суденышки с транспортов опрокинулось и утонуло несколько десятков «Центавров». Таким образом, 2-й канадский армейский корпус, высаживавшийся на участке «Джуно», из 40 танков сумел доставить на берег только шесть, причем возня с перегрузкой позволила высадить машины уже после того, как в них отпала надобность, — боевые порядки пехоты уже прошли передовую линию укреплений немцев. Аналогичная картина наблюдалась и на участке «Голд», где с большим опозданием на берег выгрузили лишь несколько танков.
В летних боях 1944-го обе бригады понесли серьезные потери. 1-я бригада после 83 дней непрерывных боев отведена в тыл, 4-я продержалась на фронте два месяца, после чего в конце августа участвовала в форсировании Сены. Бригада лорда Ловата вернулась на фронт в январе 1945 года, где участвовала в отражении немецкого наступления в Арденнском выступе. После начала общего контрнаступления союзных войск 1-я бригада привлекалась к форсированию Рейна в районе Везеля (март), в апреле участвовала во взятии Оснабрюка и преодолении немецкой обороны по Везеру. 29 апреля 1945-го коммандос бригады форсировали нижнее течение Эльбы и взяли Лауенбург, а затем вышли к побережью Балтики, где несли оккупационную службу вплоть до момента своего расформирования в 1946 году.
4-я бригада в ноябре 1944 года привлекалась к проведению фантастической по смелости операции на острове Вальхерен, прикрывавшем устье Шельды и не дававшем союзникам с толком использовать жизненно важный для них грузовой порт Антверпен: 500 коммандос сумели сломить сопротивление полуторатысячного немецкого гарнизона. Детальная подготовка операций началась в октябре, а в следующем месяце остров был взят комбинированной высадкой с нескольких направлений. При этом 4-я бригада коммандос прикрывала действия морской пехоты. С декабря 1944 года вплоть до капитуляции рейха 4-я бригада занимала оборону вдоль реки Маас к северу от Шельды. После окончания войны ее части ввели в Германию для поддержания оккупационного режима, а затем перебросили в Англию, где расформировали в 1946-м.
2-я бригада «Бешеного Джека» Черчилля с момента своего образования в конце 1943 года сражалась на Средиземноморье. Бригада участвовала в боях в Италии, на островах в Адриатике, в десанте под Анцио и в рейдах на побережье Албании (в том числе известный рейд на албанский порт Саранде с острова Корфу) и Югославии. В начале 1945-го ее подразделения были переброшены на север Италии и совместно с силами SBS приняли участие в форсировании озера Комаккьо. Вскоре после этого группировка Кессельринга капитулировала: бригада несла оккупационную службу в северной части страны до своего расформирования в 1946 году.
9-й отряд тем временем участвовал в высадке в Анцио (22 января 1944.года) на итальянском побережье, так же как и 43-й отряд морской пехоты.
На протяжении 1942 — 1944 годов отряды коммандос совместно со своими коллегами вели ожесточенную «малую войну» в тылу японцев в Малайе и Бирме. 3-я бригада особого назначения в конце 1943 года по морю была переброшена на Дальний Восток и организовала несколько рейдов на территории Бирмы (в том числе на побережье Аракана). Заместителем ее командира с конца 1944 года назначен полковник Питер Янг, герой Дьеппа, служивший в коммандос с первого дня их формирования. В январе 1945-го части 3-й бригады высадились на полуостров Мьебон (район Каньгау) и долго обороняли его, отражая отчаянные атаки врага. После этого понесшая довольно большие потери бригада отведена в Индию, где начала подготовку к планируемому десанту в Британскую Малайю. Однако операция не состоялась: после августовских атомных бомбардировок вооруженные силы Японии фактически прекратили сопротивление. Сразу после подписания капитуляции 3-ю бригаду перебросили в Гонконг, где она несла гарнизонную службу. В 1946 году после расформирования армейских частей коммандос бригада официально зачислена в ряды Корпуса морской пехоты.