В начале ноября 1558 г. королева Мария почувствовала себя плохо. Совет настаивал, чтобы она официально назначила наследницей сестру, но королева сопротивлялась. Только под давлением Филиппа Мария уступила требованию своих советников, понимая что в противном случае страна может погрузиться в хаос гражданской войны.
Королева скончалась 17 ноября 1558 г., оставшись в истории как Мария Кровавая. Елизавета, получив известие о смерти сестры, сказала: «Господь так решил. Чудны дела его в наших глазах».
В 1558 г. Елизавета унаследовала престол после смерти Марии.
День ее воцарения — 17 ноября — со временем превратился в национальный праздник, отмечавшийся вплоть до XVIII века как «День рождения нации». Коронация новой королевы состоялась в Вестминстерском аббатстве 16 января 1559 г.
25 января 1559 г. открылся первый парламент Елизаветы. Страна (как и вся Европа) была расколота на два непримиримых лагеря — католиков и протестантов. Елизавета не изгнала и не подвергла репрессиям никого из приверженцев покойной Марии. Она издала «Акт о единообразии», согласно которому католикам в Англии не было запрещено служить мессу. Это решение позволило королеве избежать гражданской войны.
10 февраля 1559 г. парламент обратился к королеве с призывом обеспечить английский трон наследником: ей было предписано выбрать себе супруга. Было много претендентов. Среди них был и царь всея Руси Иоанн Васильевич Грозный.
Но Елизавета не намеревалась делить власть с мужчиной. Она не могла в открытую спорить с парламентом: ему был дан уклончивый ответ. Многолетним фаворитом королевы был Роберт Дадли, граф Лестер. Их дружба зародилась еще в раннем возрасте. После смерти жены Роберта Дадли Эми Робсарт, как будто покончившей жизнь самоубийством, у него стало еще меньше шансов приблизиться к королеве: власть и расположение народа она ценила гораздо больше, чем самую пылкую страсть. Королева была вынуждена провести тщательное расследование всех обстоятельств дела, связанных со смертью Эми Робсарт. Невиновность Дадли была доказана, однако еще долго ходили слухи об убийстве. Роман королевы с лордом Дадли длился не одно десятилетие до самой его смерти в 1588 г. На протяжении всего своего царствования Елизавета многократно заявляла, что их связь была исключительно платонической. Так, в конце 1562 г., когда королева заболела оспой, то, назначив в случае своей смерти Роберта Дадли лордом-протектором королевства, она заявила придворным, что между нею и сэром Робертом «никогда не было ничего вульгарного». Даже в конце жизни Елизавета неуклонно твердила о своей девственности.
Тем не менее в истории существует один достаточно загадочный факт. В бумагах испанского министра Фрэнсиса Энгелфилда (долгие годы он являлся шпионом при английском дворе, однако в конечном итоге был выслан за пределы Англии) были найдены три письма, направленные им в 1587 г. испанскому королю. В них сообщалось, что на борту корабля, пришедшего в Испанию из Франции, был арестован англичанин, которого заподозрили в шпионаже. Во время допроса он признался, что его имя Артур Дадли и он является незаконным сыном Роберта Дадли и английской королевы Елизаветы I. По его словам, он родился в 1561 или 1562 г., и сразу же после рождения Кэтрин Эшли (няня королевы, которая была рядом с нею на протяжении всей жизни) отдала его на воспитание в семью Роберта Саузерна. Личным учителем Артура стал Джон Смит, близкий друг Саузерна. До самой смерти Саузерна Артур считал себя его сыном. На смертном одре Роберт Саузерн признался юноше в том, что он не являлся его отцом, и открыл ему тайну его рождения.
Эту версию поддерживает, доказывает и развивает английский ученый-историк Пол Дохерти. Косвенные доказательства данной теории действительно существуют. Так, во многих письмах иностранных послов, работавших при английском дворе, достаточно часто и регулярно встречаются упоминания о том, что приблизительно в 1561 г. королева заболела «скорей всего, водянкой», ибо ее «невероятно раздуло, особенно в области живота». В сохранившихся письменных молитвах Елизаветы после 1562 г. начинают появляться слова, которых до того времени никогда не было и которые не поддаются объяснению. Она просит Бога простить ей ее грех (без какого бы то ни было указания на сам характер греха). Что именно имелось в виду королевой — неизвестно, однако время появления данных слов совпадает с временем предположительного рождения Артура. Телекомпанией BBC (Великобритания) был снят документальный фильм «Тайная жизнь Елизаветы I», в котором подробно рассказывается об этой истории, но все пока остается загадкой.
В 1560 г. протестантские лорды Шотландии подняли восстание против ярой католички регентши Марии де Гиз, вдовы шотландского короля Якова V Стюарта. Ее дочь шотландская королева Мария Стюарт была замужем за французским королем Франциском II Валуа и жила во Франции. Кроме того, Мария Стюарт была прямым потомком Генриха VII Тюдора и формально могла претендовать на английскую корону.
Елизавета не преминула вмешаться во внутренние дела Шотландии на стороне кальвинистов. В это же время на родину, после скоропостижной смерти Франциска II, вернулась Мария Стюарт. Конфликт был улажен заключением выгодного для Англии Эдинбургского договора 1560 г. Но Елизавете не удалось добиться от шотландской королевы отказа от прав на английский престол. С этого начался многолетний конфликт двух королев. В 1567 г. новое восстание кальвинистов вынудило Марию Стюарт искать убежища в Англии, где она провела более двадцати лет: сначала — в качестве нежеланной гостьи, а затем — пленницы, заключенной под стражу. Ее интриги и участие в заговорах против Елизаветы привели к тому, что в 1587 г. королева Англии с одобрения парламента подписала ей смертный приговор.
Своим подданным Елизавета многократно повторяла: «У вас может быть более выдающийся государь, но никогда не будет более любящего». Сознательно отказываясь от замужества, Елизавета заявляла, что «обручена с нацией». К концу 1580-х гг. сформировался культ государыни: в народном сознании королева-девственница уподоблялась Деве Марии и считалась покровительницей протестантской Англии.
При Елизавете I была значительно усилена королевская администрация, упорядочено финансовое ведомство. Англиканская церковь утвердилась в качестве государственной религии. Елизавета поощряла развитие новых производств, привлекала в страну искусных мастеров-эмигрантов, покровительствовала торговым компаниям. При ее поддержке Московская компания утвердилась на русском рынке, Эстляндская — на Балтике, Берберийская — в Африке, Левантийская — на Ближнем Востоке, Ост-Индская — в Индии; были основаны первые английские колонии в Америке: поселение на острове Роанок и Виргиния, названное так в честь королевы-девственницы. При Елизавете I были приняты новые жестокие законы против бродяг и нищих.
Во время правления Елизаветы в Англии расцвело драматическое искусство. Этому способствовала сама королева, которая покровительствовала театру. Она сама участвовала в любительских спектаклях. В 1582 году была создана Королевская труппа.
В период правления Елизаветы Англия превратилась в могущественную морскую державу.
Именно тогда наметилась причина будущих конфликтов с Испанией: английские мореходы регулярно грабили испанские суда и совершали набеги на побережья испанских колоний. В 1570-е годы развернулась не объявленная ни одной из сторон война на морях. В целом при Елизавете I Англия перешла к торговой и колониальной экспансии по всему свету.
Англия постепенно отвоевывала у Испании авторитет «главной морской державы». Чувствительные удары были нанесены испанцам Фрэнсисом Дрейком. После его кругосветного рейда в 1577–1580 гг. Елизавета лично посетила его корабль и произвела Дрейка в рыцари. Она была пайщицей многих пиратских антииспанских экспедиций, значительно увеличила численность королевского флота.
Елизавета лично спонсировала все эти мероприятия. В исторической литературе ее часто осуждают за тайное и явное покровительство разбойникам, однако стоит отметить, что подобное поведение королей было тогда скорее нормой, чем исключением. В политике главенствовал принцип: «кто сильнее, тот и прав». Морское Гравелинское сражение (1588 г.) между британским и испанским флотами к северу от Кале закончилось поражением испанской Великой армады.