Блюмкин вместе с другими ранеными попал в городскую больницу, где он назвался красноармейцем Беловым. Через три дня авантюрист сбежал через окно. Сначала скрывался в Москве, потом перебрался в Рыбинск, в Кимры. Здесь он даже поработал под фамилией Вишневского в уездном Комиссариате земледелия. Потом установил связь с резервным подпольным ЦК левых эсеров. Блюмкину велели ехать в Петроград и ждать. Он сидел в Гатчине и «занимался исключительно литературной работой, собиранием материалов о июльских событиях и писанием о них книги». В ноябре 1918 года ЦК партии левых эсеров направил его на Украину для организации убийства гетмана Скоропадского. Не без участия Блюмкина был убит немецкий главнокомандующий генерал Эйхгорн. И только революция в Германии спасла Блюмкина от нового суда. Потом совместно с коммунистами Блюмкин организовывал на Подолии ревкомы и повстанческие отряды, был членом нелегального Совета рабочих депутатов Киева.
«В марте по дороге в Кременчуг, — писал Блюмкин, — я попал в районе Кременчуга в плен к петлюровцам, подвергшим меня жесточайшим пыткам. У меня вырвали все передние зубы, полузадушили и выбросили, как мертвого, голым на полотно железной дороги Я очнулся, добежал до железнодорожной будки, откуда на следующий день 13/111 на дрезине был доставлен в Кременчуг в богоугодное заведение».
Когда в апреле 1919 года Киев стал советским, Блюмкин явился в Киевскую ЧК, которую возглавлял его бывший начальник М. Лацис, и стал возмущаться заочным приговором ревтрибунала и, главное, тем, что Ленин назвал его и Андреева «негодяями». А Блюмкин таковым себя не считал, наоборот, был уверен, что он один из лучших бойцов революции.
Блюмкина везут в Москву, где он снова повторяет всю свою историю. Особая следственная комиссия по его делу докладывает в Президиум ВЦИК. 16 мая 1919 года секретарь ВЦИК А. Енукидзе подписал постановление: «Ввиду добровольной явки Я. Г. Блюмкина и данного им подробного объяснения обстоятельств убийства германского посла графа Мирбаха Президиум постановляет: Я. Г. Блюмкина амнистировать».
Вскоре после освобождения Блюмкин вышел из партии левых эсеров и в 1921 году был даже принят в РКП(б). Хотя срок условного освобождения его еще не закончился! Просто он понял, что с левыми эсерами покончено и здесь больше нет никаких перспектив. А членство в РКП(б) сулило карьеру. Его снова взяли в ЧК. Он участвовал в знаменитой Энзелийской операции Каспийской флотилии. Тогда ее корабли под командованием Ф. Раскольникова совершили дерзкий рейд в иранский порт Энзели; разгромив его, взяли богатые трофеи.
В 1920–1921 годах Блюмкин был слушателем Военной академии РККА. Было там специальное отделение для недоучившихся героев гражданской войны.
«В 1920 году я после десанта в Энзели, — писал Блюмкин, — был командирован в Персию для связи с революционным правительством Кучук-хана. Там я принимал деятельное участие в партийной и военной работе в качестве военкома штаба Красной Армии, был председателем Комиссии по организации Персидского правительства на съезде народов Востока в Баку, захватил 31 июля 1920 года власть для более левой группы персидского национально-революционного движения, для группы Эсанулы, больной тифом, руководил обороной Энзелигуй».
В январе 1920 года Сергей Есенин эпатировал своими резкими высказываниями публику в кафе «Домино». Дело как будто пустяковое, но вмешательство в него группы чекистов насторожило поэта: он уехал сначала в Харьков, потом в родное село Константинове, затем на Кавказ.
«…Я из Москвы надолго убежал: с милицией я ладить не в сноровке…» Осенью поэт снова появился в Москве с циклом новых великолепных стихов и 18 октября 1920 года был арестован на квартире поэта Александра Кусикова в Большом Афанасьевском переулке. Привели его на Лубянку, посадили в камеру. Через неделю его выручил Блюмкин. Сохранился документ: «Подписка. О поручительстве за гр. Есенина Сергея Александровича, обвиняемого в контрреволюционной деятельности по делу гр. Кусиковых. 1920 года октября месяца 25-го дня, я, ниже подписавшийся Блюмкин Яков Григорьевич, проживающий по гостинице „Савой“ № 136, беру на поруки гр. Есенина и под личной ответственностью ручаюсь, что он от суда и следствия не скроется и явится по первому требованию следственных и судебных властей. Подпись поручителя Я. Блюмкин 25.Х.20 г. Москва. Партбилет ЦК Иранской коммунистической партии». Бланк отпечатан на пишущей машинке. Блюмкин — член ЦК Иранской компартии!
Непонятно, почему, говоря о своей деятельности в Иране, Блюмкин не упомянул о своем участии в создании Иранской компартии, членом ЦК которой он был и которая возникла на базе социал-демократической партии «Адалят».
В 1924 году Блюмкин, не расстававшийся с мечтой стать писателем, подрядился написать брошюру о Дзержинском в серии «Люди революции». Он тесно сотрудничает с Троцким, практически становится его секретарем.
По свидетельству И. Дойчера, биографа Троцкого, «Блюмкин безгранично верил в Троцкого. Он был привязан к наркому обороны всей силой своего пылкого сердца». Попав после амнистии в поезд Троцкого, а затем в его секретариат и охрану, Блюмкин исполнял множество работ разного рода. Он готовил материалы и статьи, редактировал тексты, собирал необходимые цифры, составлял собрание сочинений Троцкого, писал предисловия, вел переговоры по распоряжениям шефа, инструктировал боевиков, готовил листовки, проводил линию Троцкого в ВЧК и военной разведке. «Троцкий — образец совершенного человека», — твердил он. Наркомвоенмор, в свою очередь, высоко оценивал своего молодого сотрудника. «Я взял его к себе в свой военный секретариат, и всегда, когда я нуждался в храбром человеке, Блюмкин был в моем распоряжении».
«В апреле 1923 года, по инициативе тт. Зиновьева, Дзержинского, — писал Блюмкин в автобиографии, — я был привлечен к выполнению одного высокоответственного боевого предприятия». Сегодня можно достаточно уверенно предположить, что этим заданием были спецоперации в Германии, где, по планам Коминтерна, как раз в это время должна была произойти победоносная революция. Как известно, затея с германской революцией провалилась, и в 1925 году Яков Григорьевич появляется в… Наркомторге! Здесь он работает год на должностях начальника организации торговли, председателей ряда комиссий, консультанта при наркоме и т. д.
Превращение террориста в торгового работника могло бы вызвать удивление, если не знать, что Яков Григорьевич с 1923 по 1929 год работал в ОГПУ и ИНО за границей в качестве резидента. Ясно, что торговля была лишь прикрытием для особо важных тайных операций. Не исключено, что именно в этот период он разъезжал по Турции и Ближнему Востоку под именем купца Якуба Султан-заде, продавая древнееврейские хасидские рукописи и книги, полученные из фондов Библиотеки им. В. И. Ленина.
В 1925 году Блюмкин снова официально работает в ГПУ, связи с которым, надо полагать, никогда не терял. Когда Троцкий и Радек стали оппозиционерами, Блюмкин не делал секрета из солидарности с ними. Хотя по характеру своей работы он не мог принимать участия в деятельности оппозиции, Блюмкин счел своим долгом сообщить о своей позиции руководителю ГПУ Менжинскому. Однако, поскольку его искусство как контрразведчика ценилось высоко и он не принимал участия в деятельности оппозиции и никогда не нарушал дисциплины, ему разрешили придерживаться своих взглядов и оставаться на своем посту. Он остался в партии и на работе в ГПУ даже после исключения оппозиции из партии…
В 1926 году Блюмкин был представителем ОГПУ и Главным конструктором государственной внутренней безопасности Монгольской республики в Уфе — Улан-Баторе. Одновременно у него были резидентские задания в сопредельных с Монголией странах — Тибете, Внутренней Монголии, некоторых районах Китая. В частности, он состоял советником по разведке и контрразведке в гоминьдановской армии генерала Фын Юйсяна — того самого, которого Москва по радио просила оказать всяческое содействие экспедиции Николая Рериха, отправлявшейся из Угры через Гоби в Тибет…