В Принстоне ученый стал профессором недавно созданного Института фундаментальных исследований. Здесь он продолжил заниматься разработкой общей теории поля. Этой проблемой Эйнштейн интересовался до самой смерти. К 1949 году он создал относительно целостный вариант этой теории, который, впрочем, не был признан его коллегами. Надо сказать, что и сам Эйнштейн говорил о своей теории как о незавершенной.

В 1936 году умерла Эльза. Потрясенный горем ученый отказался прервать работу в институте, утверждая, что сейчас нуждается в ней как никогда. В 1938 году в соавторстве со своим сотрудником Леопольдом Инфельдом Эйнштейн написал научно-популярную книгу «Эволюция физики». В 1939 году, незадолго до начала Второй мировой войны, он участвовал в составлении письма Рузвельту, в котором предупреждал о возможности создания фашистской Германией сверхмощных бомб, основанных на энергии урана. Несколько поступившись своими пацифистскими принципами, Эйнштейн советовал начать подобные разработки и в США. Вскоре началась бешеная гонка за военное ядерное первенство.

Многие европейские ученые бежали из Германии и оккупированных ею стран. В 1943 году Нильс Бор был вынужден тайно покинуть территорию захваченной немецкими войсками Дании. Ученого везли в бомболюке самолета, пилоту которого был отдан приказ избавиться от «груза», если немецкие перехватчики попытаются посадить самолет на оккупированной территории. Усилиями американских ученых и ученых-иммигрантов военная ядерная программа США вскоре вышла на финишную прямую, оставив преследователей далеко позади. Стало понятно, что никакой ядерной угрозы со стороны Германии и ее союзников нет. Эйнштейн и его коллеги предпринимали попытки предотвратить применение нового оружия невиданной силы. Так, для того чтобы собрать деньги на антивоенные нужды, Эйнштейн согласился подарить две свои статьи. Но рукописи ученый не хранил, и пришлось заново переписать статью под диктовку. В тяжелый даже для США 1944 год одна из рукописей была продана с аукциона за 6 миллионов долларов.

Но, к сожалению, ученым, которые смогли создать бомбу, не удалось убедить американских военных в том, что нет смысла ее применять. 6 и 9 августа бомбы «Малыш» и «Толстяк» упали на японские города Хиросиму и Нагасаки. Эйнштейн узнал о первой сброшенной бомбе от своего секретаря. «Ой вей» — крик отчаяния вырвался из груди убежденного пацифиста, ставшего одним из невольных виновников трагедии. Хотя сейчас совершенно очевидно, что письмо Эйнштейна Рузвельту не стало непосредственной причиной создания атомной бомбы, да и едва ли сильно ускорило его, ученый глубоко сожалел о том, что в свое время написал его. До конца своих дней он в меру сил занимался антивоенной деятельностью и, в частности, активно выступал против изготовления и применения атомного оружия, против разворачивания холодной войны.

В 1948 году на карте появилось новое самостоятельное государство Израиль. В 1952 году Эйнштейн получил неожиданное предложение занять пост президента Израиля. Конечно же, ученый ответил на него вежливым отказом.

В последние годы жизни Эйнштейн много болел. В апреле 1955 года состояние ученого резко ухудшилось. Его поместили в больницу. Как только наступило улучшение, Эйнштейн потребовал бумагу и очки и продолжил работу над неоконченной рукописью. Но улучшение оказалось временным. Ночью 18 апреля Эйнштейн умер от аневризмы аорты. Незадолго до смерти он писал: «Думать со страхом о конце жизни, в общем-то, свойственно человеку. Это одно их тех средств, которое использует природа для сохранения жизни видов. Если подойти к этому рационально, то страх перед смертью оказывается наиболее иррациональным изо всех страхов, ибо тот, кто умер, или тот, кто еще не родился, ничем не рискует. Короче, страх перед смертью — глупость, но он существует, и с этим ничего не поделаешь».

Но сам Эйнштейн в последние часы жизни не испытывал страха. Его приемная дочь Марго писала: «Он говорил с глубоким спокойствием — даже с легким юмором — о лечивших его врачах и ждал своего конца как неизбежного естественного события. Насколько бесстрашным он был в жизни, настолько тихо и смиренно встретил смерть. Этот мир он покинул без сентиментальностей и без сожалений».

По воле Эйнштейна никаких погребальных церемоний не было. В присутствии близких родственников и друзей его тело было сожжено, а место захоронения праха оставлено в тайне (по другим сведениям, прах был развеян по ветру). Ученому была неприятна мысль о том, что его могила может стать местом поклонения или достопримечательностью.