Внука Ивана III Дмитрия короновали 14 февраля 1498 года в Успенском соборе Кремля. Показательно, что коронация Дмитрия была проведена в строгом соответствии с обрядом коронации византийских императоров. Это значит, что идея «Москва – новый Рим» укоренилась. Эту идею активно развивали книжники и духовные лица из окружения Елены Волошанки. Письменно эту идею зафиксировал пастырь Зосима, который был единомышленником Елены. Он составил «Изложение пасхалии», которое он представил московскому собору в 1492 году. Пастырь величает Ивана III «самодержцем». Подчеркивается верность Руси православию, Москва превращалась в Царьград, новый Царьград. В похвальном слове сказано, что Ивана III сам Бог поставил «нового царя Константина новому граду Константину-Москве и всея Русской земли и иным многим землям государя».
Новая идеология нашла отражение и в других сочинениях того времени. В связи с коронацией Дмитрия появилось «Сказание о князьях Владимирских». Сказание было включено в ранний Чудовский сборник, а также в другие сборники. Во всех этих сборниках следом за Сказанием следует сочинение, которое называлось «Чин венчания Дмитрия-внука». Проблема самодержавия в Сказаниях трактовалась следующим образом. Прежде всего, владимирские князья давно породнились с императорским византийским домом. Значит они могут считать себя наследниками византийских императоров. Из этого следовало, что причастность Василия ко двору византийских императоров не играет ни какой роли, она не дает ему никаких преимуществ. Наоборот, он с этой причастностью безнадежно опоздал. Немного подтасовав факты, автор Сказаний проводит следующую историческую параллель. Утверждается, что византийский император Константин Мономах вручил шапку Мономаха (царские регалии) своему внуку Владимиру Мономаху Киевскому. Подобно этому из рук Ивана III получал корону его внук Дмитрий. Правда, тут автор сильно погрешил (сознательно) против истины. Известно, что византийский император Константин Мономах добровольно не жаловал киевского Владимира «шапкой Мономаха». Это не могло произойти уже потому, что, когда император Византии скончался, киевскому Владимиру было всего два года. В таком возрасте шапка Мономаха для него была бы слишком тяжелой.
Дмитрия короновали, но покой не наступил. Иван III расправился со своими братьями, которые постоянно угрожали его престолу. Андрея Иван III бросил в темницу, где он через два года умер. Это было похоже на братоубийство, за которое Ивану III пришлось публично покаяться. Он публично признался, «что своим грехом, неосторожно, его уморил». Вскоре скончался и волоцкий князь Борис. Это не добавило авторитета Ивану III. Не складывались и отношения Ивана III с церковными лидерами. Но и это не всё. Главное разрушение шло от Софьи, которая так и не ответила за смерть Ивана Молодого и заговор против Ивана III. Византийка оказалась непотопляемой. И. Беклемишев считал, что как пришла сюда Софья «с вашими греки, то наша земля замешалася и пришли настроения великие, как и у вас в Царегороде при ваших царях». Так жаловался Беклемишев книжнику Максиму Греку, который прибыл на Русь с Афона. И действительно, византийка натворила много дел в стране, даже язык она не считала нужным изучить. Русь для неё была только средством.
Софья потянула за собой на Русь целую вереницу неустроенных отпрысков византийской императорской семьи. Все они жаждали мгновенно обогатиться. Когда это не получалось – они возвращались восвояси. В числе этой братии, стремящейся быстро разбогатеть, были брат Софьи Андрей и её племянница Мария Палеолог. Софья вызвала Марию в Москву и выдала её замуж за сына белоозерского князя Михаила Верейского. Но вскоре возникла очередная интрига, в результате которой новообразованная семья поспешно бежала в Литву.
Брат Софьи Андрей рассчитывал получить на Руси обширные владения. Этого не случилось, и его величество обиделись и покинули Москву.
Софья не унималась. Она убеждала Ивана III, чтобы он назначил сына Василия своим соправителем, требовала, чтобы Василию были переданы города Новгород и все Новгородские земли. Практически это означало раздел государства на удельные княжества. Наследнику и соправителю Дмитрию все это не нравилось. Противилась этому и Боярская дума. Опасались, не без оснований, что Василий одолеет племянника Дмитрия.
Практически Софья требовала отнять у законного коронованного наследника титул великого князя Новгородского и передать его удельному князю. Сам Иван III при коронации говорил: «Ныне благословляю при себе и опосле себя великим княжеством Владимирским и Московским и Новгородскими и Тверским» внука Дмитрия, которого мне «дал Бог в сына моего место».
Боярская дума воспротивилась этим изменениям. Но Иван III уже принял решение и не собирался считаться с мнением Думы. Он арестовал князя И.Ю. Патрикеева, который 40 лет возглавлял Думу и был ему двоюродным братом. Были арестованы два сына Патрикеева (Василий и Иван) и его зять Ряполовский. 31 января 1499 года самодержец Иван III велел их всех предать смертной казни. Митрополит отмолил у Ивана III жизни Патрикеевых. Их постригли и в кандалах отправили в монастыри, в заточение. Ряполовского обезглавили на льду Москвы-реки.
Но сопротивление разделу государства не было сломлено. Оно разрасталось вширь. Иван III шёл на крайние меры, чтобы сломить это сопротивление. Вначале он послал своих послов в Псков. Они должны были объявить волю государя: «де я князь великий Иван сына своего пожаловал великого князя Василия, дал ему Новгород и Псков». Однако вече и посадники единогласно воспротивились этому. Они послали в Москву к Ивану III и Дмитрию полномочное боярское посольство, которое должно было засвидетельствовать, что будут подчиняться только князю, который сидит на московском троне («а которой бы был великий князь на Москве, той бы и нам государь»). Только в централизации псковичи видели гарантии сохранения своей независимости. Послы требовали, чтобы Иван III с внуком «держали отчину свою по старине». Но Иван III не сдавался. Он бросил в тюремную башню двух посадников. Довод его был убедительным: «Чи не волен яз в своем внуке и оу своих детей? Ино кому хачу, тому дам княжество». В Псков Иван III направил новгородского архиепископа Геннадия. Он должен был отслужить в Троицком соборе службу «за князя великого Василия». Но псковичи не дали служить службу в соборе. Они не имели «тому веры, что быти князю Василью великим князем новгородским и псковским». Конфликт был улажен только после того, как Иван III обязался держать «отчину» свою «в старине». Арестованные были освобождены и отпущены домой.
В конце концов Василий водворился в Новгороде. Новгородские бояре и другие знатные люди, которые присягали на верность Дмитрию и служили в Москве, были выдворены из новгородского княжества. Это значит, что их земли были конфискованы. Крупные землевладельцы были основой, на которой строилась община Новгорода. Земля – это люди, крестьяне, а значит и воины, защитники. Крупные землевладельцы были ликвидированы, а точнее, у них были отобраны земли. Оставшиеся «при земле» 180 новых земледельцев продолжали нести службу при московском дворе. Выход был найден в том, что небольшие участки земли стали раздавать средним и мелким московским землевладельцам. Это были служилые люди. Им выдавали 20 – 30 обеж. Одна обжа – это земельный участок зажиточного крестьянина, который пахал землю одной лошадью. Укажем для сравнения, что бояре владели от 500 до 1000 обеж. Например, братья Захарьины имели около 800 обеж, а князь И.Ю. Патрикеев и его сын имели более 500 обеж.
Новые владельцы земли должны были взять на себя оборону новгородской земли. Новыми владельцами земли были дети бояр. Им давали земельные участки, они считались на службе у князя. Безземельные дворяне не могли обеспечивать военную машину государства. Поэтому власти и создавали фонд государственной земельной собственности. Это должно было обеспечить службу всего сословия дворян-землевладельцев, а также и детей дворянских. Понятие «дети дворянские» прямо не связано с возрастом. Оно связано с материальным (земельным) положением. Их родители-бояре выделяли им земли мало (детей было много) или вообще не выделяли. Таких детей боярских было много. Власти и рассчитывали на них, имея в виду оборону государства. У боярских детей, получивших от государства землю, которые не могли или не хотели нести службу, государственную землю отбирали.