Отдавая официальную дань имени Ломоносова, Екатерина II и ее приближенные сделали все, чтобы истребить в Академии наук ломоносовский дух и ломоносовские традиции.
Старость Ломоносова была тягостна и беспокойна.
Пухли ноги с болезненно раздувшимися венами.
Ломоносов ходил теперь с палочкой. Он стал грузен и одутловат. Лицо, смолоду румяное и толстощекое, осунулось и отдавало желтизной. Толст — губы складывались в страдальческую усмешку. Эту застывшую полупрезрительную улыбку оскорбленного человека запечатлел на мраморном бюсте Ломоносова Федот Шубин. Ломоносов проболел почти весь 1762 год. Но когда, несколько поправившись, 28 января 1763 года он приехал в первый раз в Академию, его встретил Тауберт и с язвительной вежливостью «словесно» объявил ему, что по распоряжению Разумовского он отстранен от заведования Географическим департаментом. А когда Ломоносов потребовал объяснений, ему было предъявлено повеление президента, в котором говорилось, что «от Географического Департамента уже несколько лет почти ничего нового к поправлению Российской географии на свет не произведено», а происходит это оттого, что работающие в нем «один другому только всякие препятствия делает, и время единственно в спорах препровождают». А посему президент поручает «до усмотрения впредь» начальствовать над делами департамента Герарду Миллеру, «яко историографу».
В этом распоряжении Разумовского не упоминается даже имени Ломоносова. На свет было извлечено старое положение, по которому историограф Академии наук ведал и Географическим департаментом. Ломоносов, таким образом, как бы был упразднен.
О том, как угнетен был Ломоносов этой черной несправедливостью, свидетельствует его письмо к графу М. И. Воронцову, которого он был вынужден просить о заступничестве. «Претерпеваю гонение от иноплеменников в своем Отечестве, о коего пользе и славе ревностное мое старание довольно известно», — писал Ломоносов.
Распоряжение Разумовского было подписано 31 августа прошедшего года. Ломоносов был возмущен до глубины души. Он отказался подчиниться приказу, который «уже полгода просрочен», из чего видно, что ордер «потребован хитростию для некоторых приватных намерений».
Ломоносов отлично понимал, что это проделки Тауберта, искушенного в канцелярских интригах. Впоследствии в составленной им «Истории Академической канцелярии» Ломоносов объяснил эту темную махинацию. Во время его тяжкой болезни Тауберт «выпросил у президента такой ордер в запас, что, ежели Ломоносов не умрет, то оной ордер произвести, чтоб Миллер мог в географическом деле Ломоносову быть соперник; ежели умрет, то бы оно уничтожить, дабы Миллеру не дать случая себя рекомендовать географическими делами. Оба они тогда друзья, когда надобно нападать на Ломоносова, в протчем крайние между собой неприятели».
Ломоносов горячо протестует против взведенной на него напраслины. Он пишет подробное объяснение в Академическую канцелярию и подробную докладную записку Разумовскому. Он сообщает, что за время его управления Географическим департаментом «сочинено девять российских ландкарт» к новому атласу, что именно его «хождением» выхлопотаны сенатские указы о присылке необходимых сведений и запросы разосланы по всем городам так, что «четыре тома ответов собрано, и уже на половину государства имеет обстоятельную топографию». При этом Ломоносов не забывает указать на различные «оттяжки» и препятствия, которые ему чинили в Академии, так что «остановка к печатанию давно уже сочиненных карт» происходила отнюдь не по его вине. А «в рассуждении обучения российских геодезистов столько было отговорок и отволочек, того перечесть нельзя». В заключение Ломоносов с болью пишет: «вместо награждения за неусыпное мое о Географическом Департаменте старание… вижу себе горестное наказание».
«Представление» Ломоносова подействовало. Разумовский сознавал значение Ломоносова. Вероятно, он поддался на намеки и уговоры Теплова, чувствуя, что Ломоносов неугоден при дворе Екатерины. Получив послание Ломоносова, он заколебался. Он не отменил, но и не подтвердил свое прежнее распоряжение. Ломоносов остался по-прежнему руководить работой Географического департамента, но окружающая его обстановка с каждым днем становилась все более невыносимой. Все враги Ломоносова с нетерпением и злорадством ждут его окончательного падения. Они не прочь приблизить этот вожделенный час. Еще 31 января 1762 года Миллер сообщал Адодурову, что Ломоносова решено перевести «куда либо в другое место». «Тогда узнают, так же как и все, — писал Миллер, — что мы вынесли за эти пятнадцать лет от этого буяна» (дословно «возмутителя спокойствия»). «Не будет его, и я уверен, что Академия опять придет в цветущее состояние». Миллер уговаривает Адодурова согласиться занять место вице-президента Академии, которое откроется, как только не станет Ломоносова.
Тогда эти мечты не сбылись, вероятно, потому, что царствование Петра III оказалось столь недолговременным. Но теперь положение Ломоносова было еще хуже. Екатерина ясно и недвусмысленно показала ему свое нерасположение, обойдя его своими «милостями», довольно щедро раздававшимися ею по случаю вступления на престол. Даже ничтожный Тауберт вскоре же после переворота был произведен (указом от 19 июля 1762 года) в статские советники и сделался чином выше Ломоносова.
Тауберта выводил в люди Теплов, который оказался одним из самых деятельных участников переворота, произведенного Екатериной. Это именно он за один присест сочинил в надлежащих выражениях манифесты об отречении Петра III и воцарении Екатерины, которые тайно печатались ночью в академической типографии с ведома Тауберта. Это он вместе с Алексеем Орловым очутился 6 июля 1762 года в Ропшинском дворце и присутствовал при убийстве низложенного императора. И даже, несмотря на то, что вскоре обнаружились плутни и предательство самого Теплова, доносившего о переписке Екатерины с Разумовским накануне переворота, и это не остановило его возвышения.
Враги Ломоносова смелеют день ото дня. Вскоре Ломоносов лишается почти всех своих покровителей при дворе. Один за другим сходят со сцены деятели елизаветинского царствования.
Со смертью Елизаветы И. И. Шувалов потерял всякое значение. 4 января 1762 года умер Петр Шувалов, задолжавший в конце своей жизни почти миллион государственной казне. Его похоронили с презрительной рассеянностью, под насмешливые возгласы толпы, вспомнившей его откупы и монополии, так что когда замешкались с выносом, в народе кричали, что покойника «солью осыпают» и «кладут в моржовое сало». И хотя во время переворота 28 июня И. И. Шувалов один из первых явился в собор к присяжному листу и даже был замечен Екатериной, которая сочла нужным громко сказать ему: «Иван Иванович, я рада, что ты с нами», он поспешил удалиться от двора. В марте 1763 года он получил, наконец, от царицы «дозволение отъехать на некоторое время в чужие края», где и пробыл ни много, ни мало четырнадцать лет, не показываясь на родину. Еще в январе того же года Екатерина II, «снисходя» на прошение генерал-фельдмаршала графа Александра Шувалова, соизволила в рассуждении его «слабого здоровья» уволить его в вечную отставку. А вслед за ним и канцлер М. И. Воронцов почувствовал необходимость в заграничном лечении.
Вокруг Ломоносова образовалась пустота. Вскоре дошел черед и до него. 2 мая 1763 года Екатерина, находясь в Москве, подписала указ сенату: «Коллежского советника Ломоносова всемилостивейше пожаловали мы в статские советники и вечною от службы отставкою с половинным по смерть его жалованьем».
15 мая указ был получен в Петербурге. В тот же день Ломоносов отказался подписать журнал и протоколы Академической канцелярии и уехал в свое поместье. А на другой день Миллер поспешил написать своим знакомым за границу: «Наконец-то Академия освобождена от господина Ломоносова». Немного поразмыслив, он вычеркнул слово «наконец», но сохранившийся черновик выдает его злорадство. Миллера лишь одно беспокоит: что «о том еще ничего неизвестно из Ведомостей». «Ведомости», отмечавшие каждое крупное назначение или отставку, почему-то молчали.