Право государевой опалы фактически уничтожило договорные основы взаимоотношений между монархом и его знатью, резко ограничивая ее права. При Иване III одним из лучших воевод был князь Данила Холмский. Он руководил московскими полками при разгроме новгородского ополчения в 1471 году и при отражении Ахмат-хана на Угре в 1480 году. Сын Данилы Василий, женившись на дочери Ивана III, рано получил боярский чин и стал одним из главных воевод при Василии III. Однако в 1508 году последний был схвачен по приказу государя и отправлен в тюрьму на Белоозеро, где и скончался.
Угроза опалы постоянно висела над головой не только «смердов» — дворян, подобных Беклемишеву, но и первых вельмож государства. Сохранилось известие, что по поводу рождения у Василия III сына из опалы вышли сразу многие видные лица — бояре М. Д. Щенятев, Ф. И. Мстиславский, Б. И. Горбатый, окольничий И. В. Ляцкий-Захарьин и др. Видный воевода князь Семен Курбский, возглавивший один из первых походов в Сибирь, имел большие заслуги, тем не менее Василий III подверг его опале и, по словам племянника А. Курбского, «ото очей своих отогнал даже до смерти его».
Герберштейн описал внешне лишь некоторые средства, употребленные Василием III против знати. Великий князь, писал он, отнял у всех князей и прочей знати все крепости. Беклемишев более точно описал средства, с помощью которых государь стремился отнять власть у аристократии. «Ныне, деи, — говорил он Максиму, — государь наш запершыся сам-третей у постели всякие дела делает». Берсень имел в виду старинное право бояр участвовать в думе государя и обсуждать с ним дела. Дворянин сам пытался использовать такое право и высказал Василию III свое мнение относительно Смоленска, за что попал в немилость. К XVI веку давние порядки были забыты и правом «совета» государю пользовались кроме служилых князей лишь члены Боярской думы. Однако и этот порядок оказался, по словам Беклемишева, «переставлен». Если Василий III решал государственные дела не в Грановитой палате с великими боярами, а в спальне с двумя (сам-третей) фаворитами, значит, он не желал делить власть с думой и считаться с «правдой», законами и традицией. Беклемишев не был идеологом реакционного боярства, но отстаивал традиционные порядки ограниченной монархии, поскольку самодержавные устремления государя обрекали его вассалов на полное бесправие. Беседу с Максимом опальный придворный заключил словами: «Однако лутче старых обычаев держатися и людей жаловати и старых почитати».
Беклемишев осуждал как внутренние порядки России, так и ее внешнюю политику. Бесконечные войны, считал он, ставят страну в тяжелые условия: «Ныне отвсюды брани, ни с кем нам миру нет, ни с Литовским, ни с Крымским, ни с Казанью, все нам недруги, а за наше нестроенье».
Максим Грек охотно беседовал с сыном боярским и слушал его резкие суждения, но не мог согласиться со всем, что говорил опальный. Не обладая ученостью философа и его кругозором, Берсень объяснял неблагоприятные перемены в Русском государстве вмешательством зловредных соотечественников Максима: «Как пришли сюда грекове, ино и земля наша замешалася, а дотоле земля наша Русская жила в тишине и миру». Подобное мнение имело самое широкое распространение в московском обществе. Но Максим не разделял его. Когда Берсень добивался от Максима советов насчет земского и церковного устроения в России, тот отвечал с большой осторожностью: «У вас, господине, книги и правила есть, можете устроитися».
Определяя ближайшее окружение Максима Грека, исследователи ссылаются обычно на показания его келейника (сожителя по келье) Афанасия. Последний показал на суде, что «прихожи были к Максиму Иван Берсень, князь Иван Токмак, Василей Михайлов сын Тучков, Иван Данилов сын Сабуров, князь Андрей Холмский, Юшко Тютин». Из приведенного перечня следует, что собеседниками философа были немногие лица — исключительно дети боярские. Но такой вывод ошибочен, так как не учитывает особенностей чиновного строя русского общества. Посещение старшими по чину младших могло нанести поруху их чести. В келью Максима могли прийти сыновья окольничих князь Токмак и Тучков, члены Боярской думы — никогда.
Максим Грек поддерживал близкие отношения с Вассианом Патрикеевым, что открывало перед ним двери таких боярских домов, как дом Щенятева, Голицына, Куракина. Казначей Ю. Траханиотов проявлял большой интерес к переводу русских богослужебных книг и не мог избежать знакомства со своим просвещенным земляком. Но келью философа посетил не он, а грек Юшка Тютин. Как и Траханиотов, Тютин по роду деятельности был связан с государевой казной. Однако он не имел думного чина. Крупный дипломат и образованный писатель Федор Карпов обменивался посланиями с Максимом Греком, но среди посетителей чудовской кельи его также не было.
Суд над собеседниками Максима завершился тем, что монарх велел обезглавить Ивана Беклемишева. Сын боярский Петр Муха-Карпов (его допросы не сохранились) угодил в тюрьму. Дьяку Федору Жареному урезали язык.
Максиму довелось предстать перед судом дважды. В первый раз собор на Максима и Савву рассматривал дело об измене «у великого князя на дворе в полате». Затем дело передали в церковный суд, и «соборы многие были у митрополита в полате его лета 7033 (1525) на того Максима в тех хулех о иных, которые прибыли, взыскивавшееся месяца апреля и месяца майя». К ранее предъявленным политическим обвинениям добавились обвинения в ереси. После суда на митрополичьем дворе Максим пропал из Чудова монастыря. С ним решили разделаться без лишнего шума. С. Герберштейн, будучи в Москве в 1526 году, интересовался его судьбой, но узнал немногое. Максимилиан, записал он, как говорят, исчез, а по мнению многих, его утопили. В действительности по приговору церковного суда Грека втайне отправили в ссылку в Иосифо-Волоколамский монастырь. Заточение философа имело главной своей целью пресечение его деятельности как переводчика и писателя. В послании волоцким монахам Даниил подробно и точно изложил приговор церковного суда: «И заключену ему быти в некоей келии молчательне… да не беседует ни с кем же, ни с церковными, ни с простыми, ни монастыря того, ниже иного монастыря мнихи, но ниже писанием глаголати или учити кого или каково мудрования имети… точию в молчании сидети и каятись в своем безумии и еретичестве. Юза ему соборная наложена есть, яко во отлучении и необщении быти ему свершене». Иосиф Санин охотно подписался бы под таким приговором. Узнику его монастыря запрещено было не только писать или общаться с кем бы то ни было — ему запрещено был иметь «мудрствование», иначе говоря, думать. Разрешили же ему лишь вечное покаяние. Участь Максима разделил Савва, в недобрый час принявший от митрополита пост Новоспасского архимандрита. Его сослали в Возмицкий монастырь в Волоколамске.
В конце 1525 года Василий III решил ускорить свой развод с Соломонидой. Митрополит Даниил, добившийся расправы с еретиками-греками, готов был выполнить волю великого князя. 23 ноября власти начали розыск о колдовстве великой княгини Соломониды Сабуровой. Родной брат Соломониды Иван Сабуров дал показания о том, что она держала у себя ворожею Стефаниду и вместе с ней прыскала волшебной заговоренной водой «сорочку, и порты, и чехол, и иное которое платье белое» своего супруга, очевидно, чтобы вернуть его любовь. Василий III имел основание предать жену церковному суду как волхову, но не сделал этого, а 29 ноября приказал увезти ее в девичий Рождественский монастырь на Трубе (на Рву), где ее принудительно постригли в монахини. Сабурова сопротивлялась до последнего момента, и когда ей надели монашеский куколь, она бросила его на землю и растоптала. Чтобы добиться послушания, Шигона Поджогин ударил ее плетью. Не смирившись со своей участью, княгиня-инокиня распустила слух о своей беременности. В распространении этого слуха заподозрили вдову Юрия Траханиотова и жену постельничего Якова Мансурова. Женщины, если верить С. Герберштейну, подтвердили, будто слышали о беременности из уст самой монахини. В гневе Василий III подверг Траханиотову побоям, а старицу Софию поспешили удалить из столицы. Предание о пятилетней ссылке Софии в Каргополь легендарно. Местом заточения ее стал Покровский девичий монастырь в Суздале. В мае 1526 года Василий III пожаловал этому монастырю одно село, а в сентябре — другое. В сентябрьской грамоте значится: «Пожаловал старицу Софию в Суздале своим селом Вышеславским… до ее живота».