В конце концов троп достался боярину Василию Шуйскому. Инициаторами его избрания, по словам А. Палицына, выступили «малые некии от царских палат» — младшие члены думы, не посчитавшиеся с мнением вельмож. По свидетельству И. Тимофеева, более всех других успеху В. Шуйского способствовал окольничий Михаил Татищев: боярин Василий Иванович воцарился так «спешне, елико возможе того (Татищева. — Р.С.) скорость». Трое братьев Шуйских, их племянник Скопин, Крюк Колычев, Головин, Татищев, купцы Мыльниковы, крутицкий митрополит Пафнутий собрались на подворье Шуйских, составили грамоту об избрании на царство князя Василия и отвели его на Лобное место для представления народу. Среди столичного торгового населения у Шуйских было много сторонников. Это обстоятельство помогло им и в дни мятежа, и в дни царского избрания. На вопрос, достоин ли Шуйский — известный страдалец за православие — царствовать, москвичи ответили возгласами одобрения. Как записал в своей Хронике К. Буссов, Шуйский утвердился на троне «только волею жителей Москвы: всех этих купцов, пирожников и сапожников и немногих находившихся там (на площади. — Р.С.) князей и бояр». Планы созыва избирательного Земского собора не были осуществлены. При царе Федоре бояре и князья церкви судили князя Василия за измену и отправили его в ссылку. При царе Борисе Шуйский подвергся новым преследованиям, а Игнатий Татищев (будущий приспешник князя Василия) даже рукоприкладствовал, бил его при народе. При Лжедмитрии I дума и церковные иерархии приговорили Шуйского к смертной казни. Князь Василий не стал созывать Земский собор, потому что руководство любым собором осуществляли дума и священный собор, где преобладали противники нового царя. Князь Василий, подобно Борису Годунову, вынужден был апеллировать к народу, чтобы преодолеть сопротивление бояр и князей церкви. К тому же Шуйский считал себя государем по праву рождения. В тексте присяги князю Василию подчеркивалось, что все его прародители — от Рюрика до Александра Невского — испокон века «сидели на Российском государстве». В действительности Шуйские вели свой род от младшего брата Александра Невского, но царю нужно было имя самого популярного из древнерусских князей.
При восшествии на трон Шуйский обещал никому не мстить за старые обиды, но своей клятвы не выполнил. Самые видные из приверженцев и друзей Отрепьева лишились чинов и были высланы из столицы в провинцию.
В день избрания царь Василий велел убрать Лжедмитрия с площади. Труп привязали к лошади, выволокли в поле и там закопали у обочины дороги. Князь Иван Голицын испросил у думы особой милости: разрешения похоронить брата, Петра Басманова, в церковной ограде на дворе Басмановых.
Настроения народа были переменчивыми. В день переворота боярам удалось использовать выступления посадских людей в своих целях. Народ был устрашен жестоким убийством царя. Но вскоре положение стало меняться. Прошло несколько дней после мятежа, отметил Я. Маржарет, а в городе слышен был лишь ропот; одни плакали, горевали, а другие, наоборот, радовались. Перемена в народных настроениях привела к тому, что столицу захлестнули слухи о зловещих знамениях. Когда труп «Дмитрия» везли через крепостные ворота, налетевшая буря сорвала с них верх. Потом грянули холода, и вся зелень в городе пожухла. Подле ямы, ставшей последним прибежищем Отрепьева, люди видели голубые огни, поднявшиеся прямо из земли.
Духовенство было встревожено этими толками и долго совещалось, как бы вернее покончить с мертвым колдуном и чародеем. По совету монахов труп Лжедмитрия выкопали из ямы, в последний раз протащили по улицам города, после чего доставили в село Котлы к югу от Москвы и там сожгли. Новый царь желал убедить народ, будто Лжедмитрий намеревался истребить бояр во время военных потех у подвижной крепости, на стенах которой были намалеваны черти, и потому названной москвичами «адом». По этой причине тело самозванца было сожжено вместе с «адом».
Каким бы посмертным унижениям не подвергали Отрепьева власть предержащие, народ не желал верить в смерть «доброго» законного царя. Толки о том, что он спасся от «лихих» бояр не прекращались ни на один день. Через неделю после переворота на улицах столицы появились подметные письма, якобы составленные самим Дмитрием. «Прелестные листы» были прибиты на воротах многих боярских дворов. Поистине «бессмертный» царевич объявлял своим подданным, что ушел от убийства и сам «бог его от изменников спас».
В воскресный день 25 мая в Москве произошли волнения. Народ требовал от бояр ответа, почему умерщвлен государь. Приверженцы «Дмитрия» собрали на Красной площади огромную толпу. Капитан дворцовой стражи Я. Маржарет свидетельствует, что Шуйскому грозила смертельная опасность: если бы он, ничего не ведая, вышел на площадь, он «подвергся бы такой же опасности, как и Дмитрий». Однако верные люди предупредили царя Василия, и он затворился в Кремле. Собрав оказавшихся под рукой бояр и приказав привести вожаков толпы, Василий дал волю слезам и пригрозил думе, что отречется от трона. В подтверждение своих слов он снял царскую шапку и сложил посох. Угроза произвела впечатление. Собравшиеся выразили покорность. Тогда Шуйский проворно подхватил посох и объявил, что намерен примерно наказать виновных.
Власти использовали розыск, чтобы скомпрометировать соперников Шуйского в борьбе за трон. Было официально объявлено, что зачинщики мятежа намеревались передать корону Мстиславскому. М. Ф. Нагой, родня Мстиславского, лишился высшего боярского титула конюшего, пятеро других «сообщников» подверглись торговой казни. Их вывели на рыночную площадь и наказали кнутом.
Филарета Романова после переворота нарекли патриархом. Следствие о мятеже дало Шуйскому повод пересмотреть решение об избрании Романова на пост главы церкви. Филарета обвинили в том, что он был якобы причастен к составлению подметных писем от имени Дмитрия.
В дни розыска Романова не было в столице. Царь Василий предусмотрительно удалил его из Москвы, отправив за мощами царевича Дмитрия в Углич. Первоначально власти предполагали провести царскую коронацию после посвящения в сан патриарха Филарета и торжественного захоронения в Архангельском соборе останков подлинного сына Грозного. Напуганный волнениями, Шуйский велел короновать себя за три дня до возвращения Романова из Углича. Коронация прошла без особой пышности, «в присутствии более черни, чем благородных». Многие знатные дворяне не успели прибыть из провинции в столицу.
Отрепьев замыслил извлечь из земли прах Дмитрия Угличского, что ускорило его гибель. Шуйский осуществил замысел самозванца, но придал ему совсем иное значение. На третий день после коронации Романов доставил из Углича останки Дмитрия. Государь и бояре отправились пешком в поле, чтобы встретить за городом мощи истинного сына Грозного. Царя сопровождало духовенство и внушительная толпа москвичей. Марфе Нагой довелось в последний раз увидеть сына, вернее то, что осталось от него. Потрясенная вдова Грозного не могла произнести слов, которых от нее ждали. Чтобы спасти положение, царь Василий сам возгласил, что привезенное тело и есть мощи истинного Дмитрия. Ни молчание царицы, ни речь Шуйского не тронули народ. Москвичи не забыли о трогательной встрече Марии Нагой с «живым сыном». И князь Василий и Нагая слишком много лгали и лицедействовали, чтобы можно было поверить им снова.
Едва Шуйский произнес нужные слова, носилки с трупом поспешно закрыли. Процессия после некоторой заминки развернулась и проследовала на Красную площадь. Гроб с покойным Дмитрием некоторое время стоял на Лобном месте, а затем его перенесли в Архангельский собор, куда были допущены одни бояре и епископы.
Церковь надеялась заглушить слухи о знамениях над трупом Отрепьева чудесами нового великомученика. Гроб Дмитрия был выставлен на всеобщее обозрение. Некогда Шуйский клялся, что Дмитрий зарезал себя нечаянно, играя ножичком. Самоубийца не мог быть святым, и власти выдвинули новую версию. На мощи царевича положили свежие орешки, испачканные кровью. Всяк мог видеть своими глазами, что будущий мученик в момент смерти играл орешками, а не ножичком.