Узнав о разрешении бессарабского вопроса, уроженцы края из других районов Румынии устремились домой, но румынские власти постарались затруднить их возвращение. 30 июня в Галаце румынские полицейские устроили расправу с желающими вернуться в Бессарабию. Согласно сообщениям румынской прессы, в городе якобы произошло еврейско-коммунистическое вооруженное восстание, подавленное войсками. В 10 часов утра на Траянской улице была организована с участием большого количества евреев коммунистическая демонстрация, около 10 руководителей которой было тотчас же застрелено. Во второй половине дня на железнодорожную станцию прибыло до 2 тыс. человек, на 90 % евреев, под конвоем румынских солдат. На площади у вокзала один еврей из револьвера убил полицейского. Солдаты открыли огонь из пулеметов, толпа была рассеяна. Румынские войска принялись преследовать убегавших и оцепили центр города. Конные патрули разъезжали по городу в поисках евреев и арестовывали всех, кто был не в состоянии доказать свое происхождение. Произошедшие вечером другие коммунистические демонстрации были также подавлены. По данным румынских властей, погибло 2 солдата и 1 полицейский, а из бунтовщиков 500–600 человек было убито и 400–500 человек ранено. Еврейские погромы произошли также в Дорохов, Сирете и Яссах[1045]. В конце концов, желая добиться возвращения офицеров и чиновников, оставшихся на отошедших к СССР территориях, румынская сторона 3 июля согласилась на возвращение всех желающих в Бессарабию.

Со своей стороны, нарком внутренних дел СССР Л.П. Берия 3 июля направил в СНК СССР докладную записку № 2716/б/сс:

«Для приема населения, эвакуированного Румынским правительством из Бессарабии и Северной Буковины, изъявившего желание вернуться на родину — НКВД СССР считает необходимым провести следующие мероприятия:

1. Организовать следующие контрольно-пропускные пункты:

а) на станции Василелупу (против гор. Яссы), в составе 15-ти оперативных работников, во главе с капитаном Лебедевым В.П.;

б) на станции Рени (против Галацы), в составе 15-ти оперативных работников, во главе с майором Решетовым Н.А.;

в) в гор. Измаиле, в составе 15-ти оперативных работников, во главе с капитаном Некрасовым Ф.П.;

г) на станции Вахойнештие (в районе Черновицы) в составе 15-ти оперативных работников, во главе с капитаном Тарасенко В.А.

2. Пропуск в Бессарабию и Северную Буковину производить на основании документов правительственных органов Румынии, удостоверяющих личность их предъявителей, с указанием места постоянного жительства до эвакуации.

3. Всех возвращающихся из Румынии в Бессарабию и Северную Буковину граждан брать на учет НКВД, сомнительных обязать еженедельной явкой в органы НКВД — по территориальности, а подозрительных и антисоветских элементов арестовывать.

4. Возвращающихся в Бессарабию и Северную Буковину граждан направлять для расселения в места постоянного жительства.

Работа контрольно-пропускных пунктов будет проводиться на основании разработанной НКВД СССР инструкции.

5. Обязать НКПС предоставлять необходимое количество подвижного состава для перевозки возвращающегося населения по требованиям нач[альника] Управления Пограничных Войск Украинской ССР тов. Осокина»[1046].

В тот же день эти предложения были утверждены Политбюро ЦК ВКП(б) и оформлены постановлением СНК СССР № 1144—445сс «О мерах по приему населения, возвращающегося из Румынии в Бессарабию и Северную Буковину»[1047]. Соответственно, в 19.15 5 июля войска Южного фронта получили указание Сталина и Тимошенко о немедленной организации приема беженцев из Румынии. Войска должны были обеспечить беженцев питанием и транспортом, на основании их опроса составлять списки возвращавшихся в Бессарабию и направлять их по месту жительства или в те районы, где необходимы переселенцы. Возвращаемый румынами скот следовало сортировать и после ветеринарного осмотра раздавать беженцам[1048]. Выполняя приказ наркома обороны, войска организовали прием беженцев из Румынии и их транспортировку до места жительства на подводах или по железной дороге. Больным оказывали медицинскую помощь в госпиталях, детям выдавали молоко.

Беженцы сообщали о грабежах, гонениях и притеснениях со стороны румынских властей, что подтверждалось при их врачебном осмотре[1049]. Советское правительство 13 и 15 июля заявляло протесты против фактов препятствий и издевательств, чинимых румынскими властями желающим вернуться в родной край. Советская сторона настаивала на том, чтобы «румынское правительство приняло все необходимые меры к неповторению указанных случаев издевательств и обеспечило нормальные условия выезда на родину бессарабцев»[1050]. Уже к вечеру 10 июля советской стороной было принято 45 749 человек, к вечеру 15 июля — 71 789 человек, к вечеру 19 июля — 99 700 человек, к вечеру 25 июля — 149 974 человека (из них арестован 121 (0,08 %) человек), к вечеру 31 июля — 165 402 человека, а на 13 августа — 204 130 человек. Прием беженцев продолжался до 16 декабря 1940 г., когда общее количество вернувшихся из Румынии на родину уроженцев Бессарабии и Северной Буковины достигло 221 110 человек, а около 200 тыс. человек покинули эти территории вместе с румынскими войсками[1051]. Со своей стороны, советское правительство 20 июля согласилось разрешить эвакуацию румынских чиновников, военнослужащих и гражданского населения, желающего выехать в Румынию, куда репатриировалось 13 750 человек[1052]. Кроме того, 5 сентября после непродолжительных переговоров было заключено советско-германское соглашение об эвакуации в Германию из Бессарабии и Северной Буковины проживавших там немцев. В ходе начавшейся репатриации с 23 сентября по 13 ноября 1940 г. в Германию выехало 133 138 человек[1053].

Тем временем 3 июля на очередном заседании Смешанной комиссии в Одессе румынская делегация согласилась обсудить предложенный советской стороной вопрос о возвращении железнодорожного подвижного состава в обмен на государственные склады и учреждения, чиновников и других лиц, желающих уехать в Румынию. В связи с дождями румынская делегация просила продлить эвакуацию в средней и южной Бессарабии. Однако эта просьба была отклонена советской стороной. 4 июля была достигнута договоренность о создании двух смешанных комиссий из специалистов-железнодорожников для обсуждения вопроса о подвижном составе, уведенном с территории Северной Буковины и Бессарабии. Комиссии должны были начать свою работу с 10 часов утра 6 июля в Унгенах и Багриновке. 5 июля было получено согласие румынского правительства на организацию трех железнодорожных комиссий в Багриновке, Унгенах и Рени[1054].

7 июля в Кишиневе начались переговоры о возвращении подвижного состава железных дорог Бессарабии и Северной Буковины. Румынские представители предлагали вернуть 74 паровоза, 125 классных и 1345 товарных вагонов, 10 автомотрис и 8 прицепов к ним. Советская сторона требовала передачи 419 паровозов, 726 классных и 2334 товарных вагонов, 3531 платформы, 1897 цистерн, 1481 почтово-багажного вагона и 35 автомотрис[1055]. После возвращения в Одессу ездивших в Бухарест за инструкциями румынских представителей Смешанная комиссия 13 июля продолжила обсуждение вопроса о подвижном железнодорожном составе. Румыния выразила готовность вернуть 137 паровозов, 238 классных и 2371 товарный вагон, 19 автомотрис и 25 прицепов. СССР настаивал на возвращении 274 паровозов, 551 классного и 6976 товарных вагонов, 35 автомотрис и 23 прицепов. По территориям предложения сторон распределялись, как показано в таблице 10.