Следует отметить, что в высокоширотных экспедициях 1937 и 1941 годов были разработаны два метода исследований Северного Ледовитого океана, которые затем успешно применялись во всех последующих экспедициях «Север» вплоть до наших дней: во-первых, создание на дрейфующей льдине долговременной научной станции и, во-вторых, выполнение цикла кратковременных научных исследований так называемыми прыгающими группами, базирующимися на самолетах, оборудованных как летающие обсерватории и совершающих посадки на лед в заранее намеченных точках. В разработке обоих методов непосредственное участие принимал П. П. Ширшов. В дни подготовки к очередной экспедиции «Север» частым гостем на квартире Ширшова был начальник будущей станции «СП-2» М. М. Сомов, и они долгими часами обсуждали все детали предстоящих работ и кандидатуры персонала дрейфующей станции.

— Как я завидую вам, Михаил Михайлович, — говорил Ширшов Сомову, — как мне хочется быть там вместе с вами. Готов пойти даже лаборантом, но, увы, я крепко привязан к Москве важными государственными делами…

А когда уже шел дрейф станции «СП-2», в кабинете начальника Главсевморпути А. А. Кузнецова часто раздавались звонки от Ширшова, который просил сообщить ему об известиях, полученных с дрейфующей льдины.

Весной 1941 года П. П. Ширшов работал «на два фронта»: руководил подготовками к очередной арктической навигации и воздушной экспедицией в высокие широты. Над обоими планами работали коллективы специалистов, и дело продвигалось успешно. К началу июня план морских операций был обсужден на коллегии Главсевморпути и затем на совещании актива и получил одобрение. Петр Петрович до самой ночи засиживался в своем кабинете, обсуждая с руководителями штабов морских операций Запада и Востока Арктики Н. А. Еремеевым и Л. В. Розановым и начальником морского управления М. К. Петровым практические мероприятия по претворению их в жизнь. Начавшаяся Великая Отечественная война внесла коренные изменения в эти планы, так же как и во всю деятельность Главсевморпути и в жизнь Петра Петровича Ширшова. Приходилось на ходу перестраивать все планы. Часть судов арктического флота была передана военно-морскому флоту, в их числе были ледокольные и транспортные суда, многие опытные моряки тоже ушли на фронт. Если в плане операций основной грузопоток в Арктику намечался из Мурманска, то в связи с военными действиями на этом фланге пришлось срочно переадресовывать грузы в новый базовый порт отправки — в Архангельск и планировать начало перевозок через Белое море.

Большую тревогу в Главсевморпути вызывала в те дни судьба линейных ледоколов «Ленин» и «Сталин», что находились на Мурманском судоремонтном заводе. Если они не выйдут на трассу Северного морского пути, то транспортные перевозки в западном районе Арктики будут сорваны — пароходам с грузами не пробиться без ледоколов через ледовые преграды. Гитлеровцы хорошо понимали это и заблокировали оба ледокола в Кольском заливе, вели за ними непрерывные наблюдения с самолетов — был разгар лета и в Мурманске круглосуточно стоял светлый полярный день. Несколько раз немцы пытались разбомбить ледоколы, но советские зенитчики и летчики-защитники Мурманска успешно отбили эти атаки. Ширшов вылетел в Мурманск. Там он организовал быстрое вооружение обоих ледоколов пушками и пулеметами, а в штабе Северного военно-морского флота участвовал в разработке планов вывода ледоколов в Карское море. Выждав благоприятную погоду, ледоколы скрытно покинули Кольский залив и под охраной военных кораблей были выведены на трассу, где у кромки льда их уже несколько дней ожидали транспортные суда.

Затем Ширшов вылетает на трассу, посещает западные порты Арктики, проверяет их готовность к приемке кораблей с грузами, посещает штаб морских операций Запада, базирующийся на борту ледокола «Сталин». Вспоминаю, как в один августовский день (я находился тогда на ледоколе в составе штаба морских операций), когда ледокол стоял у кромки льда в ожидании подхода судов с грузами, в широкое разводье опустился легкий гидросамолет, подрулил к ледоколу и из самолета поднялся к нам по трапу Петр Петрович Ширшов. С этим посещением связан один забавный эпизод, доставивший позже Ширшову много веселых минут, когда ему о нем рассказали. Вслед за Ширшовым летчики подняли на ледокол тушу оленя и отнесли на камбуз. В те военные дни снабжение кораблей продуктами питания резко сократилось, и, чтобы пополнить судовые запасы, моряки ледокола застрелили трех белых медведей, а повара стали подкармливать нас бифштексами из медвежьего мяса. На ледоколе находилась военная команда из артиллеристов, обслуживающих пушки и пулеметы. Это были в большинстве своем молодые ребята из центральных районов, впервые попавшие на море, да еще в Арктику. Они категорически отказались есть медвежатину, считая ее поганой. Тогда шеф-повар пошел на хитрость: каждый раз, когда подавалось к столу жареное мясо, он громко объявлял, что это мясо оленя, привезенного Ширшовым. И наши артиллеристы ели его с удовольствием. Так под видом одной туши оленя шеф-повар скормил морякам три туши белых медведей.

Ширшов вернулся в Москву, когда из столицы началась эвакуация предприятий, учреждений, культурных ценностей. Враги с боями приближались к Москве, участились бомбардировки города вражеской авиацией. Многие сотрудники Главсевморпути ушли на фронт и в народное ополчение, аппарат Главсевморпути во главе с Э. Т. Кренкелем был эвакуирован в Красноярск. В Москве осталась небольшая оперативная группа. Москва все больше и больше принимала вид прифронтового города.

В те дни Ширшовым владело единственное страстное желание: скорее на фронт. Он пишет одно заявление за другим народному комиссару обороны СССР, но получает решительные отказы. Он не понимает причин отказов и все осенние дни 1941 года проводит в сильном волнении.

В письме своему помощнику А. А. Кирпичникову в Красноярск он делится своими тревогами и замыслами: «…пытаюсь пробиться в армию, но пока ничего не выходит из этого. А ведь сплю и вижу предмет моих вожделений — танки, танки и еще раз танки. Комиссар танковой дивизии — это вещь, о которой я только и думаю…»

Но этому желанию Ширшова не суждено было сбыться. В один из октябрьских дней его вызвали в Кремль, где сообщили о том, что он назначен уполномоченным Государственного Комитета Обороны СССР по Горьковской и еще четырем железным дорогам восточного направления. Ширшов меньше всего ожидал этого. Вся его сознательная жизнь была связана с морем, с океаном, а тут вдруг такой сугубо сухопутный объект, как железные дороги. Ведь он бывал на них раньше как пассажир, не больше, а сейчас такой ответственный пост… Он не имел права отказаться: идет война, от каждого требуется железная дисциплина. Он только высказал сомнение: сможет ли справиться с таким незнакомым делом? Ему ответили:

— Это задание вам по плечу. Мы знаем вас как хорошего организатора и руководителя государственного масштаба. Уверены, что оправдаете оказанное доверие…

Ширшову для его штаба выделили два номера в гостинице «Москва» и служебный вагон. Потекли дни напряженной и беспокойной работы. Петр Петрович обосновался в служебном вагоне — он считал, что более оперативно сможет выполнять задания ГКО, находясь в самых «горячих» точках. Он следил за движением поездов с востока на запад с воинскими частями и военной техникой, а с запада на восток — с эвакуированными жителями Москвы и соседних областей, заводским оборудованием и научным оснащением институтов, музейными ценностями. Он также координировал продвижение особо срочных эшелонов, помогал расшивать «пробки» из поездных составов, скопившихся на отдельных станциях на подведомственных ему пяти восточных дорогах и срочно ликвидировать последствия вражеских бомбардировок станций и железнодорожных путей. Его вагон видели и в Горьком, и в Перми, и на других железнодорожных станциях. Он срочно выезжал туда по первому же тревожному сигналу, чтобы скорее разобраться на месте в причинах огромного скопления составов и скорее отправить их по назначению. В ноябре — декабре, когда шли решающие бои на подступах к Москве, день и ночь слились воедино.