Подали доносы и другие члены Синода. Тверской архиепископ Феофилакт Лопатинский писал, что Феодосий постоянно бранился, всякого чина русских людей называл безумными, нехристями, хуже турок и всяких варваров, атеистами, идолопоклонниками. Синодский обер-прокурор Болтин показал, что Феодосий особенно сердит был на сенаторов, называл их гонителями духовенства; сравнивал, по выражению Болтина, «злато с блатом», Петра Великого с царем Иваном Грозным, а расстриженного монаха Варлаама Овсянникова, бывшего синодского обер-секретаря, с Филиппом митрополитом, говорил, что Петра умертвил бог за расстри-жение этого Варлаама. В разные времена то защищал Петра, обвиняя во всем сенаторов, то делал выходки против покойного императора; говорил: «Его величество желал все делать доброе, да не допускают сенатори; ей-ей, святая христианская душа, да наговорщики не допускают за злобу от сенаторей на Синод за отнятие попов и что у них церкви (домовые) запечатаны и тем всю их гордыню пресекли. Доколе будет тиранство над церковию, дотоле добра надеяться невозможно и суеверие не искоренится, понеже пастыри ни в чем не могут иметь воли, а в церкви монархии нет и никакой не бывало; какие мы управители? никто нас не слушает». В другой раз говорил о Петре: «За воинские дела не для чего его хвалить: воевал он от младенческой своей охоты и из тщеславия, а не для государственной пользы. Излишняя его охота к следованию тайных дел показует мучительское его сердце, жаждущее крови человеческой. Он делает указы и переделывает, как человек непостоянный или неблагорассудный, без всякого резона. Бывало, Филипп Пальчиков придет к государю и наговорит ему того, что он всю ночь уснуть не может; также наговорщики его и уморили. Был государь великой амбиции, глубоких и беспокойных замыслов: новые одни за другими дела заводил, сего дня задумал великое дело, завтра еще больше затеет; с наговоров бездушных людей и доносителей о всех духовных и светских особах начал иметь, как о неверных себе, худое мнение и подозрительство и обо мне также, никому не верил, только молодым своим придворным и злосовестным людям, для чего и тайных имел шпионов, которые над всеми надзирали и так иногда смущали его, что ночью спать не мог; для того подозрения всех боялся, за не очень важные слова повелевал казнить смертью, а можно было и без такого кровопролития в словах подлых людей и во всем положиться на промысл божий. Я по се время всегда думал, что мне от его рук кончина жития будет; это размышление во мне родилось от того, как я еще в молодых летах приехал в Москву с шляхтою смоленскою, приведены были в палату и пожалованы к руке; кланялся я царю Ивану Алексеевичу, и ничего; а как пришел к руке царя Петра Алексеевича, тогда такой напал на меня страх, что едва не упал и колена затряслись; с этого времени всегда рассуждал, что мне от той руки и смерть будет». Говорил: «Иерусалим и прочие святые места отдал бог варварам-туркам, отняв у христиан за их суеверие, что они поклоняются гробу господню: того ж надеяться и Русскому государству, идолопоклонствующему суевериям. Кабинет – раскольщикам прибежище и заступление. Сколько людей переказнено, а воровство не убывает, совесть в людях незавязанная, надобно обучать чрез школы, и от того познают бога и что есть грех, только без денег сего сделать нельзя, а инструмент железный невелика диковинка, дать две гривны».

Феодосий винился в одном, отвергал другое, клялся, что забыл, говорил ли третье; обвинял своих сочленов, на него доносивших, писал императрице: «Никогда в доме вашего величества и нигде слов, касающихся до высокой чести вашего величества и до целости государственной, не говорил, и если говорил, то для чего архиепископ псковский не засвидетельствовал в то время обретающимся людям, которых была полна палата? А что сенатские члены на святой неделе трактованы, а синодские нет, то и сам его преосвященство говорил. В Синоде по разным временам говорил я с пререканием, что Синоду много противников и труд духовных персон тщетный; а других слов истинно не помню, и если б неумеренные мои в св. Синоде какие слова были, для чего св. Синода слышавшие члены тех слов в протокол не велели записать, но, когда увидали за преступление мое о негодовании на меня вашего величества, тогда изволили доносить».

Но Феодосий сам хорошо знал, сколько он нажил себе врагов и как ему трудно оправдаться. Он обратился к герцогу голштинскому, через него послал просьбу императрице: «Хотя великая моя пред вашим величеством вина недостойна меня сотворила всякого прощения и помилования, однако, уповая на великое вашего величества всем виноватым изливаемое милосердие, сим моим всенижайшим доношением паки без извинения, ради вручителя вашему величеству сего доношения, вседражайшего зятя вашего и всей государской высокой фамилии и ради вечного поминовения блаженные и вечнодостойные памяти императорского величества всенижайше прошу милостивейшего прощения и помилования. А ежели вашему величеству сумнительна прежняя моя и нынешняя к вашему величеству убогая верность и услуга рабская, то сим моим доношением подтверждаю тако, что по кончине императорского величества добрым и согласным советом всевышний сделал и все верные подданные вашего величества присягою утвердили, в которой по чистой моей к вашему величеству и к отечеству верности не остался и я, убогой, но прежде всех оную учинил и подписал, то и содержать ту мою присягу до кончины жизни моей тщуся непременно. Вашего императорского величества всеподданный и всенижайший молитвенник, всеблагожелательный виноватый Феодосий, архиепископ новгородский. 30 апреля 1725 года».

Но открылись другие вины: гонитель суеверий забирал иконы из церкви, обдирал с них оклады и сливал в слитки; отбирал церковную серебряную утварь, колокола и прочее церковное имение и употреблял на свои домашние нужды; распилил образ Николая Чудотворца в Никольском монастыре, что на Столпе. 11 мая состоялся приговор: «Императрица, слушав поданных на новгородского архиерея Феодосия в церковных его противных поступках доношений и подлинных доказательств синодальных членов о непотребных его предерзостных и непристойных словах и его архиерейских двух повинных руки его писем (в которых приносил вину свою точию в некоторых малых продерзостях, а в самых важных делах запирался), и его, Феодосиевых, на вопросные пункты подписанных ответов, которыми себя признал и рукою своею под каждым пунктом вину свою подписал, указала: понеже он, Феодосий, за те учиненные его к церкви божией и указам их величеств противности и непристойные слова довелся смерти; но ее величество для поминовения его величества во всем государстве к винным показанной высокой своей милости и его, Феодосия, лишить и смертию казнить не указала, а повелела от синодского правления, Новгородской епархии и архимандрии монастыря Александровского его отрешить и сослать его в дальний монастырь, а именно в Корельский на устье Двины, и содержать его там под караулом неисходно, и давать ему на одежду и на пищу по 200 рублей на год. Бывшего синодского обер-прокурора Ивана Болтина послать к делам в Сибирь, а старца Варлаама Овсянникова сослать в Соловецкий монастырь в братство». Болтин был наказан за то, что не доносил на Феодосия по должности своей и в допросах не объявил того, что после засвидетельствовано всеми синодальными членами. Потом нашлось еще несмотрение по должности, не означенное в указе, за которое его велено немедленно отправить в Сибирь и к делам не употреблять. Приговор «бывшему новгородскому архиерею Федо. су» был обнародован торжественно, с барабанным боем; иностранцы удивлялись, что никто не жалел об осужденном, напротив, все знатные и незнатные говорили, что с ним поступлено слишком милостиво. В октябре 1725 года объявлено было во всенародное известие, что Синод узнал о новой вине плута Федоса: в 1724 году он приказал синодскому секретарю Герасиму Семенову написать форму присяги императору и прибавил, чтоб и ему духовные присягали по такой форме: «Также и собственной моей правильной власти, великому господину, св. правительствующего Синода вице-президенту, преосвященному Феодосию обязуюся во всем по должности моей верен и весьма покорен быть и все до его архиерейской чести принадлежащее по последней моей силе умножать и охранять». В августе 1726 года Екатерина дала указ графу Толстому с товарищами, следовавшими дело Феодосия: «Имеющиеся в Новгороде, в архиерейском доме, у чашника да в С. – Петербурге у казначея Феодосия серебро, жемчуг, каменья, облачения, церковные книги, колокола, посуду медную и оловянную, лошадей и рогатую скотину, что отбирал в новгородский архиерейский дом без указу нашего бывший архиерей Федос и судья Андроник из соборной Софийской церкви и из монастырей, что ныне из тех вещей по исследованию дела за продажами и за расходами имеется налицо, велите отдать все, что откуда было взято по росписям именно с росписками; а из серебра, которое в слитках, велите сделать, как вы заблагорассудите, церковные сосуды и раздать в те монастыри или церкви, откуда то серебро взято и слито, или в другие бедные церкви и монастыри, где серебряных сосудов не имеется, с совету новгородского архиепископа Феофана. Саккос старинный, шитый по атласу белому золотом, с которого бывший архиерей Федос с оплечья, с рукавов и с подолу жемчуг снял, велите по-прежнему возобновить и сделать на память так, как был, и которые каменья и жемчуг и прочие украшения с него сняты были, то все по-прежнему положить и сделать на нем, где прилично, надпись, что сей саккос испорчен был бывшим архиереем Федосом, а по указу нашему паки возобновлен». Мы видели, что и прежде сенаторы, на которых так был сердит Феодосий, противодействовали некоторым нововведениям, шедшим преимущественно от новгородского архиепископа; теперь члены Верховного тайного совета продолжают это противодействие после падения Феодосия: в сентябре 1726 года они имели рассуждение, что при прежнем новгородском архиерее Федосе выданы указы, чтоб в городах и уездах священникам со святынею и с иконами в дома к обывателям не ходить; но, быть может, это как городские жители, так и крестьяне ставят себе в озлобление, и потому рассудили взять об этих указах ведомости и, рассмотря их, доложить ее величеству с представлением мнения, чтобы в том поступаемо было по древнему христианскому обыкновению.