В следующем году императрица сочла нужным изъясниться обстоятельнее насчет Верховного тайного совета: «В начале прошлого года изобрели мы запотребно при нас учредить Верховный тайный совет, состоящий из таких членов, которые все еще при его императорском величестве ближеннейшие памяти в важнейших государственных делах употреблены были и на которых верность и ревностное радение к интересам нашим и к нашему и государства нашего благополучию мы совершенную надежду имеем; и понеже мы сей Совет учинили Верховным и при боку нашем не для чего иного, только дабы оной в сем тяжком бремени правительства во всех государственных делах верными своими советами и бесстрастным объявлением мнений своих нам споможение и облегчение учинил, и тако все дела по довольном зрелом и совестном уважении и рассуждении от нас решены и потому отправлены быть могли. Того ради и наше всемилостивейшее соизволение есть, чтоб не токмо о делах, по учиненному от нас регламенту в сей Верховный тайный совет вносимых, но и обо всех других до нашей и государства нашего пользы касающихся в оном наперед зрелое рассуждение и верные, совестные и бесстрастные советы отправлены, общие мнения записаны и со оными потом нам для получения нашего всемилостивейшего решения предложены были. И дабы сие впредь вящим порядком к пользе нашей и государства нашего учинено быть могло, того ради изобрели за благо следующие определения учинить: 1) понеже любезнейший наш зять, его королевское высочество герцог голштинский, по нашему милостивому требованию в сем Верховном тайном совете присутствует и мы на его верное радение к нам и к интересам нашим совершенно положиться можем, того ради и его королевское высочество, яко наш любезнейший зять и по достоинству своему не токмо над прочими членами первенство и во всех приключающихся делах первый голос имеет, но и мы его королевскому высочеству позволяем из других Верховному тайному совету подчиненных мест все такие ведомости требовать, которые к делам, в Верховном тайном совете предложенным, для лучшего оных изъяснения ему потребны могут быть. 2) Повелеваем, чтоб никто никакие дела, до нашего решения и до рассуждения сего нашего Верховного совета принадлежащие, собою и партикулярно отнюдь не отправлял, но обо всем наперед во оном Верховном тайном совете предлагал, дабы с зрелого рассуждения и общего совета обо всем определение учинено быть могло, разве от нас кому партикулярно и особливо что учинить повелено будет. 3) Повелеваем, дабы такожде из каких партикулярных канцелярий никакие дела, до другого суда или коллегии касающиеся, отправлены не были, но для отправления и исполнения отосланы были, куда оные по званию своему принадлежат. 4) И понеже наше всемилостивейшее соизволение есть, дабы обо всех делах, до наших и государства нашего интересов касающихся, наперед в Верховном тайном совете для общего зрелого рассуждения предложено было, того ради и мы впредь никаких таких партикулярных доношений о делах, о которых в Верховном тайном совете предложено и общее мнение записано не было, ни от кого принимать не будем, разве кто имеет доносить о таких делах, которые никому иному, кроме нам самим, поверены быть могут. 5) Ежели случится, что в наших важных государственных делах между членами сего нашего Верховного совета разные мнения будут и по общем совестном и беспристрастном уважении всех тех мнений, однако ж между теми членами об одном мнении соглашено быть не может, то в таком случае те дела отнюдь в действо не произвесть, несмотря на то, хотя б с которой стороны и больше голосов было, но должны тогда каждый свое мнение с обстоятельным изображением всех резонов на письме во оном Совете подать и потом нам для решения об оных доложить. 6) И также дела в Верховном тайном совете лучшим и основательным порядком отправлены быть могут, ежели по примеру других государств дела между членами по особливым департаментам разделены будут, и для того такожде при учинении регламента Верховного тайного совета от нас всемилостивейше повелено было, дабы о таких департаментах особливое мнение написано и нам всеподданнейше предложено было; но сие до сего времени еще не учинено: того ради надлежит немедленно тому учинить проект и нам об оном для всемилостивейшей апробации доложить».

Императрица объявила, что сама будет присутствовать в Верховном тайном совете; но 12 февраля Меншиков, как президент Военной коллегии, получил указ: «Хотя мы определили в Верховном тайном совете иметь консилии, или тайные советы, о всех важных делах, однако ж в которые дни не будем мы сами там присутствовать, то о важных воинских делах, а именно о состоянии армии и о движении оной, или которой дивизии, или нескольких полков, также и о приготовлении магазинов и о прочем, что к соблюдению секрета надлежит, доносить нам самим, яко президенту от Воинской коллегии, а кроме нас самих, рапортов и ведомостей никому не сообщать».

Нужно было прежде всего определить отношения нового учреждения к старому Сенату. 12 февраля Сенат слушал указ, присланный из Верховного тайного совета: в указе говорилось, что Сенат должен писать в Совет доношения, а Совет будет присылать Сенату указы; что с коллегиями – Иностранною, Военною и Адмиралтейскою – Сенат должен сноситься промемориями. Оскорбленные сенаторы определили, что так как в указе императрицы, объявленном им 9 февраля, повелено исправлять дела по указам, регламентам и сенатской должности, а не написано, чтобы Сенат подчинен был Верховному тайному совету, то указ, присланный из Верховного совета, возвратить туда с объявлением, что Сенат без указа за собственною рукою императрицы вопреки должности своей подчинить себя опасается. В силу этого решения сенатский экзекутор Елагин отправился к правителю канцелярии Верховного тайного совета Степанову с тем, чтобы возвратить ему указ. Степанов отвечал ему, что он не смеет принять от него указа и чтоб он ехал к членам Верховного тайного совета. Елагин возражал, что ему ни к кому ехать не велено, велено отдать указ ему, Степанову; а если он указа не примет, то он его положит. Степанов отвечал, что если он, Елагин, будет указ оставлять, то он ему его за пазуху положит. Тогда экзекутор повез указ назад, а на другой день Макаров приехал в Сенат с объявлением, что ее величество повелела исполнять указ, и в тот же день императрица словесно повторила сенаторам это повеление исполнять указ временно, пока дана будет подробная инструкция. Прежнее название Сената правительствующий заменено словом высокий. Определено, что «Сенат избирает собственных членов и представляет в Верховный тайный совет для утверждения; в штатские коллегии президентов и вице-президентов и советников Сенату выбирать, сперва кандидатов и оных для определения нам в Верховный тайный совет представить, а в другие коллежские члены и в прочие нижние чины выбирать по указу, как и прежде было, достойных. Сенату ж выбирать и объявлять в провинции воевод, асессоров, камериоров, рентмейстеров и земских и судных комиссаров; в губерниях – президентов в надворные суды и земских секретарей; а губернаторов, вице-губернаторов, обер-комендантов и комендантов, которые из воинских чинов, таких выбирать, снесшись с Воинскою коллегиею, и нам в Верховном тайном совете для определения представлять».

28 марта в Верховный тайный совет допущены были сенаторы и обер-прокурор с доношениями и слушан реестр этим доношениям; повелено: доношения принять и доложить в другое собрание. Но еще до впущения сенаторов герцог голштинский объявил свое мнение, что когда в Верховный тайный совет приходить будут сенаторы с делами, то при них этих дел не читать и об них не рассуждать, дабы они того, что Верховный тайный совет рассуждать станут, прежде времени не ведали, и, принимая у них доношения о делах, отпускать их и дела слушать без них, и потом, когда будет надобно, их призывать. С этим мнением все согласились и определили поступить по сему. Герцог не понимал по-русски; чтоб помочь беде, 18 апреля допущен был в Верховный тайный совет молодой князь Иван Алексеевич Долгорукий (внук Григория Федоровича), сказан ему чин в камер-юнкеры и велено быть при герцоге голштинском для перевода с русского языка на немецкий. Герцог продолжал заниматься отношениями Сената к Верховному тайному совету: так, в июле он спрашивал, на все ли посланные в Сенат указы репортуют, исполнено или не исполнено и почему не исполнено? Ему отвечали, что на некоторые указы есть ответы, а на некоторые нет, и на какие именно указы нет ответа, тем представлена роспись. Все члены согласно приказали послать в Сенат указ, чтоб немедленно исполняли те указы, на которые не отвечали, и дали бы ответ, почему так долго не репортовали.