Главный пастырь русской церкви в царствование Феодора переменил звание митрополита на звание патриарха. Мы видели, вследствие каких причин северо-восточная русская церковь получила на деле самостоятельность от церкви константинопольской, хотя самое название главного пастыря ее: митрополит, обличало номинальную зависимость ее от патриарха. Взятие Константинополя турками, зависимость восточных патриархов от султана должны были возбудить в Москве желание приобресть самостоятельность совершенную, а в патриархах уничтожить противоборство исполнению этого желания; возвышение северо-восточной русской церкви, как самостоятельной и цветущей, требовало по крайней мере уравнения ее с старшими церквами, которые страдали под игом неверных, нуждались в ее помощи; в Москве возникло даже мнение, что опасно иметь единение с людьми, рабствующими неверным, мнение, против которого должен был вооружиться Максим Грек. Желание полной самостоятельности должно было еще более усилиться, когда обнаружились враждебные движения католические, когда иезуиты главною укорою русской церкви ставили зависимость ее от раба султанова. Необходимо было, следовательно, для русской церкви иметь своего патриарха; выгодно было иметь его для Москвы, ибо этим наносился удар делу Витовтову: Москва брала неоспоримое преимущество пред Киевом, и глаза православных в Литве не могли не обращаться к патриарху всероссийскому.

Посланник Благов, отправленный к султану, повез патриарху константинопольскому на помин души царя Иоанна милостыни 1000 рублей; у патриарха, по обычаю, учились греческому языку два русских паробка, Ушаков и Внуков; к ним Благов отвез шубы и деньги по 10 рублей; посланник должен был им сказать, чтоб они учились греческому языку и грамоте радетельно, пристально, а не гуляли, патриарха во всем слушались бы, а патриарху должен был сказать, чтоб велел учить паробков радетельно, держал бы их у себя в наказанье, а воли бы им не давал. Посланы были богатые милостыни и другим православным церквам, греческим и славянским. Летом 1586 года приехал в Москву за милостынею антиохийский патриарх Иоаким. Любопытны подробности свидания его с митрополитом Дионисием: когда он вошел в Успенский собор, то митрополит стоял в святительском сане на устроенном месте, окруженный знатным духовенством; приложившись к образам, патриарх пошел к митрополиту, тот сошел к нему навстречу с сажень от своего места и благословил его наперед и потом уже принял благословение от патриарха; Иоаким поговорил слегка, что пригоже было митрополиту от него принять благословение наперед, да и перестал. Здесь, при этом столкновении значения действительного с значением номинальным, всего яснее высказалась несообразность отношений московского митрополита к патриархам, и очень может быть, что именно прибытие патриарха Иоакима в Москву и это столкновение его с митрополитом Дионисием, показавши на деле несообразность отношений между значением действительным и значением номинальным, и побудили к решительному шагу. Как бы то ни было, предложение об учреждении патриаршества было сделано царем Думе во время пребывания Иоакима в Москве, и побуждением к этому делу царь именно выставил бедственное состояние церкви греческой и возвеличение церкви русской: «По воле божией, в наказание наше, восточные патриархи и прочие святители только имя святителей носят, власти же едва ли не всякой лишены; наша же страна, благодатию божиею, во многорасширение приходит, и потому я хочу, если богу угодно и писания божественные не запрещают, устроить в Москве превысочайший престол патриаршеский; если вам это угодно, объявите; по-моему, тут нет повреждения благочестию, но еще больше преуспеяния вере Христовой». Духовенство и вельможи похвалили мысль царскую, но прибавили, что надобно приступить к делу с согласия всей церкви восточной, «да не скажут пишущие на святую нашу веру латыны и прочие еретики, что в Москве патриарший престол устроился одною царскою властию». Эти слова показывают, что в Москве знали о враждебных движениях на православие в Западной России и принимали их в соображение. Иоакиму дали знать о желании царя, и он обещал предложить об этом деле собору греческой церкви.

Летом 1587 года приехал в Москву грек Николай с объявлением, что патриархи цареградский и антиохийский уже созывали собор, послали за двумя другими патриархами, иерусалимским и александрийским, будут советоваться с ними и пришлют в Москву патриарха иерусалимского с наказом об учреждении патриаршества. Но через год, летом 1588, государю дали знать, что в Смоленск нечаянно приехал старший из патриархов, византийский Иеремия. В ответ на это извещение смоленские воеводы получили выговор, зачем патриарх пришел к ним к пристани безвестно? «Вперед так просто не делайте, чтоб на рубеж никакой посланник и никакой человек под посад безвестно не приезжал». Епископу смоленскому царь писал: «Если патриарх станет проситься у воевод в церковь Пречистой богородицы помолиться, то мы ему в церковь идти позволили: и у тебя в церкви в то время было бы устроено чинно и людно, архимандритов, игуменов и попов было бы много, встречал бы ты патриарха и чтил его честно, точно так же как митрополита нашего чтите». Пристав, отправленный встречать и провожать патриарха, получил наказ: «Разведать, каким обычаем патриарх к государю поехал, и теперь он патриаршество цареградское держит ли и нет ли кого другого на его месте? И кроме его нужды, что едет за милостынею, есть ли с ним от всех патриархов с соборного приговора к государю приказ? Честь к патриарху держать великую, такую же, как к здешнему митрополиту».

В Москве Иеремию поместили на дворе рязанского владыки; самого его велено было поместить в больших хоромах в горнице с комнатою; провожатых его, митрополита мальвазийского и архиепископа элассонского, в Столовой избе и в комнате, архимандриту дать подклет особый, а старцев и слуг устроить по подклетам. Греков, турок и других иноземцев не велено было пускать на двор, слуг патриарших со двора, если от митрополита Иова, от знатного духовенства и бояр станут приходить с кормом, таких людей пускать было позволено; если же какой иноземец станет проситься к патриарху или сам патриарх захочет видеться с каким-нибудь иноземцем, то приставы должны были ему отвечать, что скажут об этом боярам и посольскому дьяку Андрею Щелкалову. Купцов, приехавших с Иеремиею, поставили на литовском гостином дворе.

Неделю спустя по приезде государь велел патриарху быть у себя и принял его, как принимал обыкновенно послов, с тем только различием, что навстречу ему переступил с полсажени от трона. После этого представления, не выходя из дворца, Иеремия имел разговор с Годуновым, рассказал ему о своих несчастиях, как он был обнесен султану, свергнут с патриаршего престола, потом опять возведен; рассказал о бедственном состоянии своей церкви, о грабеже турок; рассказал о делах литовских, что мог узнать дорогою, наконец, говорил тайные речи. После этого разговора государь, подумав с царицею, говорил боярам: «Велел нам бог видеть к себе пришествие патриарха цареградского, и мы о том размыслили, чтоб в нашем государстве учинить патриарха, кого господь бог благоволит: если захочет быть в нашем государстве цареградский патриарх Иеремия, то ему быть патриархом в начальном месте Владимире, а на Москве быть митрополиту по-прежнему; если же не захочет цареградский патриарх быть во Владимире, то на Москве поставить патриарха из московского собора». Годунову поручено было ехать к Иеремии и советовать с ним, возможно ли тому статься, чтоб ему быть в Российском царстве в стольнейшем городе Владимире. Иеремия отвечал: «Будет на то воля великого государя, чтоб мне быть в его государстве, – я не отрекаюсь: только мне во Владимире быть невозможно, потому что патриархи бывают всегда при государе: а то что за патриаршество, что жить не при государе?» Тогда царь опять созвал бояр и говорил им: «Патриарх Иеремия вселенский на владимирском и всея Руси патриаршестве быть не хочет, а если мы позволим ему быть в своем государстве на Москве на патриаршестве, где теперь отец наш и богомолец Иов митрополит, то он согласен. Но это дело не статочное: как нам такого сопрестольника великих чудотворцев и достохвального жития мужа, святого и преподобного отца нашего и богомольца Иова митрополита от пречистой богородицы и от великих чудотворцев изгнать, а сделать греческого закона патриарха, а он здешнего обычая и русского языка не знает, и ни о каких делах духовных нам с ним говорить без толмача нельзя». Годунов вместе с Щелкаловым отправился опять к Иеремии и говорил ему, чтоб благословил и поставил в патриархи из российского собора митрополита Иова. При этом свидании было решено, что Иеремия на патриаршество владимирское, московское и всея Руси благословит и поставит кого государю будет угодно и благословение дает, что вперед патриархам поставляться в Российском царстве от митрополитов, архиепископов и епископов.