Отъезд Курбского и переписка с ним дорого стоили Иоанну. Приверженцы падшей стороны Сильвестра и Адашева не захотели беспрекословно сносить гонения, воздвигнутого на них царем: один из самых знаменитых между ними, один из самых близких прежде людей к Иоанну отъехал к враждебному государю, мало этого, явился предводителем его полков в войне с Москвою, но, что всего хуже, осмелился прислать царю грамоту, наполненную укоризнами и воплями о мщении; потомок князя Федора Ростиславича Смоленского-Ярославского, срывая свое сердце в грамоте к Иоанну, укоряя его в убиении, заточении и разогнании сильных во Израили, позабыл, чему он подвергает людей, равных ему по происхождению и прежнему положению, которых он явился представителем, тех сильных во Израили, князей и воевод, которые не были казнены, заточены и прогнаны и продолжали наполнять двор царя московского! Курбский в глазах Иоанна не был простым отъезжиком, оставившим отечество из страха только личной опалы: Курбский был представителем целой стороны; он упрекал Иоанна не за одного себя, но за многих, грозил ему небесною местию за многих. Иоанн знал, как велика была сторона Сильвестра и Адашева, как многочислен был сонм людей, издавна считавших своим правом советовать и при первом неудовольствии отъезжать. Он затронул теперь эту враждебную сторону, этот сонм, и вот он высказал свои стремления в лице одного из главных представителей своих. К чему послужат теперь клятвенные записи, поручительства? Если еще можно удержать вельмож от отъезда в Москве, во внутренних областях государства, то как удержать их на границе? Кого послать с войском? Но и внутри если они уже так ожесточены и так их много, то где безопасность? Понятно, к каким чувствам такие мысли должны были повести человека страстного, восприимчивого, напуганного. Мысль: «Врагов много, я не в безопасности, нужно принять меры для спасения себя и своего семейства, в случае неудачи нужно приготовить убежище на чужбине», – эта мысль стала теперь господствующею в голове Иоанна.

Он стал готовиться к борьбе; прежде всего нужно было испытать силы противников, узнать, найдут ли они защиту в народе, или предаст их народ. 3 декабря 1564 года, в воскресенье царь со всем семейством своим выехал из Москвы в село Коломенское, где праздновал праздник Николая-чудотворца. Выезд этот был не похож на прежние, когда выезжал он на богомолье или на какие-нибудь потехи свои: теперь он взял с собою иконы и кресты, золотом и каменьями дорогими украшенные, сосуды золотые и серебряные, платье, деньги и всю свою казну; которым боярам, дворянам, ближним и приказным людям велел с собою ехать, тем велел взять с собою жен и детей; а дворянам и детям боярским, которых государь прибрал выбором изо всех городов, тем велел ехать с людьми, конями и со всем служебным порядком. Непогода и дурные дороги задержали его в Коломенском две недели. Как реки стали, он поехал в село Тайнинское, из Тайнинского – к Троице, от Троицы – в Александровскую слободу. В Москве митрополит Афанасий, новгородский архиепископ Пимен, ростовский – Никандр, бояре, окольничие и все приказные люди были в недоумении и унынии от такого государского великого, необычного подъема. Ровно через месяц, 3 генваря 1565 года, их недоумение разрешилось: царь прислал из слободы к митрополиту список, в котором исписаны были измены боярские, воеводские и всяких приказных людей, какие измены и убытки государству они делали до его совершеннолетия. Царь гнев свой положил на богомольцев своих – архиепископов, епископов и все духовенство, на бояр своих, на дворецкого и на конюшего, на окольничих, казначеев, дьяков, детей боярских и на всех приказных людей за то, что после отца его бояре и все приказные люди его государства людям много убытков делали и казны его государские расхитили, а прибытков казне его государской никакой не прибавляли. Бояре и воеводы земли его государские себе разобрали, друзьям своим и родственникам роздали; держа за собою поместья и вотчины великие, получая жалованья государские, кормления, собравши себе великие богатства, о государе, государстве и о всем православном христианстве не желая радеть и от недругов оборонять, вместо того христиан притесняли и сами от службы начали удаляться. А захочет государь бояр своих или приказных, или служивых людей понаказать, духовенство, сложась с боярами, дворянами и со всеми приказными людьми, государю по них же покрывает. И царь от великой жалости сердца, не могши их многих изменных дел терпеть, оставил свое государство и поехал где-нибудь поселиться, где его бог наставит. К гостям же, и к купцам, и ко всему православному христианству города Москвы царь прислал грамоту и велел ее перед ними прочесть; в ней царь писал, чтоб они себе никакого сомнения не держали, гнева на них и опалы никакой нет. Когда эти грамоты были прочтены, между боярами и народом раздались рыдания и вопли: «Увы, горе! Согрешили мы перед богом, прогневали государя своего многими перед ним согрешениями и милость его великую превратили на гнев и на ярость! Теперь к кому прибегнем, кто нас помилует и кто избавит от нашествия иноплеменных? Как могут быть овцы без пастырей? Увидавши овец без пастыря, волки расхитят их!» Все начали упрашивать митрополита, чтоб он с остальным духовенством умилостивил государя, упросил его не оставлять государства, владел бы им и правил, как ему угодно; а государских лиходеев, виноватых в измене, ведает бог да государь, в животе и в казни его государская воля, «а мы все своими головами идем за тобою, святителем, бить челом государю и плакаться». Гости и все горожане говорили то же: «Чтоб государь государства не оставлял и их на расхищение волкам не отдавал, особенно избавлял бы их от рук сильных людей; а за государских лиходеев и изменников они не стоят и сами их истребят».

Духовенство и бояре явились в Александровскую слободу и объявили Иоанну общее решение, общую мольбу: пусть правит, как ему угодно, только бы принял снова в руки правление. Иоанн челобитье их принял с тем, что ему на всех изменников и ослушников опалы класть, а иных казнить, имение их брать в казну и учредить себе на своем государстве опричнину: двор и весь свой обиход сделать особый; бояр, окольничих, дворецких, казначеев, дьяков, всяких приказных людей, дворян, детей боярских, стольников, стряпчих и жильцов назначить особых; во дворцах – Сытном, Кормовом и Хлебенном – назначить особых ключников, подключников, сытников, поваров, хлебников, всяких мастеров, конюхов, псарей и всяких дворовых людей на всякий обиход; наконец, стрельцов назначить себе особых же. Назначены были города и волости, с которых доходы шли на государский обиход, из этих же доходов шло жалованье боярам, дворянам и всяким дворовым людям, которые будут в опричнине; а если этих доходов недостанет, то брать другие города и волости; в опричнину собрать князей, дворян и детей боярских, дворовых и городовых 1000 человек; поместья им будут розданы в тех городах, которые взяты в опричнину, а вотчинников и помещиков, которым не быть в опричнине, из этих городов вывесть и дать им земли в других городах. Также в самой Москве взяты были в опричнину некоторые улицы и слободы, и в них ведено было жить только тем боярам, дворянам и приказным людям, которые были отобраны в опричнину, а прежние обыватели переведены на другие улицы. Государство Московское, воинство, суд, управу и всякие земские дела приказал государь ведать боярам своим, которым велел быть в земских; князю Ивану Дмитриевичу Бельскому, князю Ивану Федоровичу Мстиславскому и остальным, конюшему, дворецкому, казначеям, дьякам и всем приказным людям велел быть по своим приказам и чинить управу по старине, а с большими делами приходить к боярам; если же будут ратные вести или земские великие дела, то боярам с ними приходить к государю. За подъем свой приговорил государь взять из земского приказа 100000 рублей; а которые бояре, воеводы и приказные люди заслужили за великие измены смертную казнь, а иные опалу, у тех именье отобрать в казну; духовенству же, боярам и приказным людям все это положить на государской воле.