Смерть Сафа-Гирея, расстраивая крымскую сторону, усиливая внутренние волнения в Казани, была как нельзя более выгодна для предприятий московского царя. Крымцы и казанцы, их приверженцы, поспешили провозгласить ханом двухлетнего сына Сафа-Гиреева, Утемиша; но этим самым Казань теперь менялась своим положением с Москвою: долгое время она могла поддерживать свою независимость благодаря малолетству Иоаннову; теперь, когда Иоанн возмужал и обнаружил намерение решительно действовать против Казани, в последней явился царь-младенец. Казанцы понимали невыгоду своего положения и потому отправили послов в Крым просить помощи у взрослого царя, но московские козаки побили этих послов и ярлыки их переслали в Москву. В июле 1549 года казанцы прислали к Иоанну грамоту, писали от имени Утемиш-Гирея о мире; царь отвечал. чтоб прислали для переговоров добрых людей. Добрые люди не являлись, и 24 ноября сам Иоанн с родным братом Юрием выступил в поход, оставив оберегать Москву двоюродного, Владимира Андреевича; во Владимире сделаны были все распоряжения; любопытно, что при этих распоряжениях царь счел нужным присутствие митрополита; Макарий по его вызову ездил во Владимир, где увещевал воевод отложить на время похода местнические счеты и считаться по окончании войны. Под Казань пришел царь уже в феврале 1550 года; приступ к городу не удался, множество людей было побито с обеих сторон, а потом настала оттепель, подули сильные ветры, полился дождь, малые речки попортило, а иные прошли. Простоявши 11 дней под Казанью, Иоанн принужден был возвратиться назад. Это был уже второй поход, предпринятый им лично и кончившийся неудачно. На этот раз, впрочем, Иоанн не хотел возвратиться ни с чем в Москву: по примеру отца, основавшего Васильсурск, он заложил на устье Свияги Свияжск; дьяк Иван Выродков отправился с детьми боярскими на Волгу, в Углицкий уезд, в отчину князей Ушатых, рубить лес для церквей и стен городских и везти его на судах вниз по Волге; а для поставления города отправились весною на судах царь Шиг-Алей с двумя главными воеводами – князем Юрием Булгаковым (Голицыным-Патрикеевым) и Данилою Романовичем Юрьевым, братом царицыным; туда же поехали с войском и казанские выходцы, которых было тогда в Москве 500 человек. Князю Петру Серебряному из Нижнего велено было идти изгоном на казанский посад; козаки стали по всем перевозам по Каме, Волге и Вятке, чтоб воинские люди из Казани и в Казань не ездили. Серебряный в точности исполнил приказ: явился внезапно перед казанским посадом, побил много людей и живых побрал и полону русского много отполонил.

24 мая пришел Шиг-Алей с воеводами на Свиягу; тотчас начали очищать от лесу место, где быть городу; очистивши гору, пели молебен, освятили воду и обошли с крестами по стенному месту; потом обложили город и заложили церковь во имя Рождества богородицы и чудотворца Сергия. Леса, который привезли сверху по Волге, стало только на половину горы; другую половину сделали тотчас же воеводы и дети боярские своими людьми, и все окончили в четыре недели. Следствия построения Свияжска оказались немедленно: горные черемисы, увидав, что русский город стал в их земле, начали приезжать к Шиг-Алею и воеводам с челобитьем, чтоб государь их пожаловал, простил, велел им быть у Свияжского города, а воевать бы их не велел, а пожаловал бы их государь, облегчил в ясаке и дал им свою грамоту жалованную, как им вперед быть. Государь их пожаловал, дал грамоту с золотою печатью и ясак им отдал на три года. Шиг-Алею и воеводам Иоанн послал золотые в награду и приказ – привести всю Горную сторону к присяге и послать черемис войною на казанские места, а с ними отправить детей боярских и казанских князей смотреть: прямо ли станут служить государю. Воеводы привели к присяге черемис, чуваш, мордву и сказали им: «Вы государю присягнули, так ступайте покажите свою правду государю, воюйте его недруга». Те собрались большими толпами, перевезлись на Луговую сторону и пришли к городу на Арское поле. Казанцы и крымцы вышли к ним навстречу и бились крепко; когда же из города вывезли пушки и пищали и начали стрелять, то черемисы и чуваши дрогнули и побежали. Казанцы убили у них человек со 100 да с 50 живых взяли. Воеводы увидали, что горные люди служат прямо, и велели их опять перевезти на их сторону. Показавши верную службу, горные начали ездить через все лето в Москву человек по пяти – и по шестисот. Государь их жаловал, князей, мурз и сотных козаков кормил и поил у себя за столом, дарил шубами, доспехами, конями, деньгами.

Построение Свияжска и отпадение Горной стороны скоро отозвались в Казани, усилив сторону, противную крымцам: начали розниться казанцы с крымцами, говорит летопись; арские чуваши пришли даже с оружием на крымцев, крича: «Отчего не бить челом государю?» – пришли и на царев двор, но крымцы – Улан Кащак с товарищами – побили их; эта удача, однако, не поправила дела Гиреев, потому что казанские князья и мурзы один за другим перебегали к русским. Тогда крымцы, видя, что при первом нападении московских воевод казанцы их выдадут, собрались, пограбили все, что было можно, и побежали из Казани в числе 300 человек, побросав жен и детей; они бежали вверх по Каме и вошли в Вятку, но тут вятский воевода Зюзин поразил их наголову и потопил; 46 человек пленных, и в том числе Улан Кащак, были отосланы в Москву и там казнены смертию за их жестокосердие, говорит летописец. Бегство крымцев отдало Казань в руки русской стороне; тотчас явились оттуда послы с челобитьем, чтоб государь пожаловал, пленить их не велел, дал бы им на государство царя Шиг-Алея, а царя Утемиш-Гирея с матерью Сююнбекою взял бы к себе. Иоанн отвечал, что хочет землю Казанскую пожаловать, если они царя, царицу, остальных крымцев и детей их выдадут и всех русских пленников освободят. Алексей Адашев отправился в Свияжск объявить Шиг-Алею, что государь жалует ему Казанское царство с Луговою стороною и Арскою, но Горная сторона отойдет к Свияжску, потому что государь саблею взял ее до челобитья казанцев. Это условие сильно оскорбило Шиг-Алея, но бояре прямо объявили ему, что решение ни под каким видом изменено не будет; то же было объявлено и вельможам казанским, когда они начали было говорить, что землю разделить нельзя. В августе Шиг-Алей посажен был в Казани и, согласно условиям, освободил русских пленников, которых насчиталось 60000 человек.

Господство, насилия крымцев поддерживали прежде русскую сторону; тяжелые условия, наложенные теперь русским царем, возбудивши большое неудовольствие, усилили сторону противную; хану, вельможам нестерпимо было отрезание Горной стороны; простые люди терпели большой убыток чрез освобождение русских пленников. Оставленные при новом хане боярин Хабаров и дьяк Выродков уже в сентябре уведомили государя, что пленные освобождены не все, что Шиг-Алей знает это, но смотрит сквозь пальцы, боясь волнения. В Москве не могли отказаться от предписанных условий, не могли терпеть, чтоб русские люди томились в плену в подчиненном государстве и чтоб русский город Свияжск был островом среди чужой земли; надеялись кроткими мерами, ласкою заставить Шиг-Алея и казанцев забыть свои лишения. В Казань поехали боярин князь Димитрий Палецкий и дьяк Клобуков; они повезли платье, сосуды, деньги хану, ханше, князьям казанским и городецким, повезли царю и земле Казанской жалованное слово за службу; но при этом они должны были требовать освобождения всех пленных, в противном случае объявить, что государь, видя христианство в неволе, терпеть этого не будет. Шиг-Алею должны были сказать, чтоб он помнил жалованье царя и отца его, великого князя Василия, прямил по шертным грамотам, русских пленников всех освободил и укрепил бы Казань крепко государю и себе, как Касимов городок, чтоб при нем и после него было неподвижно и кровь перестала бы литься навеки. Палецкий с этим наказом поехал в Казань, а из Казани в Москву приехали большие послы с челобитьем от Шиг-Алея, чтоб государь пожаловал. Горную сторону царю уступил, если же не хочет уступить всей стороны, то пусть даст хотя несколько ясаков с нее; да пожаловал бы государь, дал клятву царю и земле Казанской в соблюдении мира. Иоанн велел отвечать, что с Горной стороны не уступит Казани ни одной деньги, а клятву даст тогда, когда в Казани освободят русских пленных всех до одного человека. Тогда же возвратились из Казани боярин Хабаров и дьяк Выродков и сказали, что казанцы мало освобождают пленных, куют их и прячут по ямам, а Шиг-Алей не казнит тех, у кого найдут пленников, оправдывает себя тем, что боится волнения: доносят ему, что князья казанские ссылаются с ногаями; он об этом разведывает и даст знать государю. Действительно, в ноябре Шиг-Алей и князь Палецкий дали знать, что казанские князья ссылаются с ногаями, хотели убить Шиг-Алея и князя Палецкого. Хан узнал о заговоре, перехватил грамоты и велел перебить заговорщиков у себя на пиру числом 70 человек, а другие разбежались; он просил, чтоб государь не отпускал из Москвы больших казанских послов, потому что они также в числе заговорщиков.