Через полтора года Шимон был вынужден прервать учение и вернуться домой: он получил повестку на призыв в царскую армию. Защищать отечество, в котором они не имеют гражданских прав, было не только единственным гражданским правом, но и обязанностью евреев России. От воинской повинности он получил отсрочку по малолетству, но в ешиву уже не вернулся. Учение продолжал в мидраше, там же и работал.
После размолвки на идейной почве с отцом начался период скитаний в поисках работы. Сперва город Пропойск. Получив отказ, Шимон Великовский отправился в Могилев. Но и здесь ему отказывали во всех местах, куда бы он ни обращался. В Киеве еще сложнее. Работу приходилось искать, стараясь оставаться незамеченным, так как у него не было права на жительство. В дополнение ко всем несчастьям у него появились резкие боли в позвоночнике. Эти боли периодически обострялись на протяжении всей его жизни. Пришлось вернуться домой и помогать отцу во время его продолжительных поездок на подводе за товарами — за многие сотни километров от Мстиславля. И вот в Смоленске Шимон нашел работу у купца средней руки. Тот нещадно эксплуатировал молодого человека. Беда усугублялась тем, что Смоленск находился вне черты оседлости. Еврей мог поселиться здесь, только отслужив в армии.
В Смоленске Шимон Великовский стал активным сионистом, что сделало его слишком заметной личностью. А потому полиция вскоре арестовала его и по этапу доставила в Могилев.
Скитания в поисках работы, арестантский опыт, а главное — активная сионистская деятельность сделали умного и энергичного молодого человека настоящим бойцом. И это не преувеличение! Только боец мог решиться после всех мук, пережитых им, приехать не просто за пределы черты оседлости, а в Москву, в самое запретное для еврея место, и здесь чудом стать на ноги.
Получив после подписания договора с крупнейшим финансистом Юлием Марком многолетний кредит во всех банках и коммерческих домах Москвы, Шимон Великовский становится видной фигурой финансово-коммерческого мира. Его сионистская деятельность приобретает еще большую широту, чем прежде. Руководя московской организацией Хиват-Цион, Шимон Великовский в 1884 году направляет посланца в Эрец-Исраэль для покупки земли в пустыне Негев, возрождение которой к жизни было его давней мечтой. Впоследствии на купленной земле возник кибуц Рухама. Лично Великовский пожертвовал на это огромную по тем временам сумму — полтора килограмма золота.
Жить неофициально в Москве было для еврея делом рискованным и опасным. С ужасом вспоминал Великовский смоленскую тюрьму и возвращение в Могилев по этапу арестантом. Официальное право жительства ему можно было получить, только став купцом первой гильдии. И хотя путь этот сложен и продолжителен, другого для него просто не существовало. В течение пяти лет, проживая в черте оседлости, он должен был выплачивать огромный налог — по 1000 рублей золотом в год. Весь налог превышал заработок врача городской больницы примерно за четыре года.
Великовский решил поселиться в Витебске — на перекрестке путей с юга в Петербург и Прибалтику, а из Москвы — в Варшаву и дальше, на запад. И еще одно дело, более важное, предстояло завершить именно теперь.
В 1883 году в Страдове он познакомился с милой и умной девушкой Бейлой-Рахелью. В Страдов она приехала вместе с братом, чтобы хоть в малой мере помочь своему отцу Нахуму Гродински, видному лодзинскому купцу, находившемуся в то время на грани разорения. Шимон и Бейла-Рахель полюбили друг друга. И вот сейчас, когда его материальное положение позволяло создать семью, Шимон написал письмо в Лодзь своему будущему тестю и попросил руки его дочери. Было это летом 1885 года. Только спустя четыре года в канун Рош-ашана молодая чета Великовских поселилась в Витебске. Еще в Страдове у них родился сын Даниил, через два года — второй сын, Александр.
12 июня 1895 года в Витебске, в семье Великовских родился третий ребенок. Младшего сына назвали Иммануилом.
Но вот пришло время, когда отец Иммануила решился переехать в Москву. Здесь дела его сразу пошли в гору. Очень скоро он стал одним из самых видных и наиболее уважаемых оптовых торговцев столицы. Казалось бы, все шло хорошо. И тут выяснилось, что еврейские дети в православной Москве не имеют возможности учиться в гимназии. Поэтому сначала двух старших детей, а потом и Иммануила обучали частные учителя: отец надеялся, что позже удастся устроить детей во второй или третий класс гимназии. Кроме учителей по самым обычным, традиционным предметам в семье Великовских был и еще один, обучавший не только мальчиков, но и их отца. Это был первый в истории Москвы преподаватель иврита. Здесь самым способным оказался Иммануил, с особой заинтересованностью и старанием изучавший Тору и Талмуд.
Результаты обучения превзошли все ожидания. Когда Иммануилу исполнилось одиннадцать лет, финансовое положение отца, пошатнувшееся было во время русско-японской войны, упрочилось, появилась возможность отдать мальчика в гимназию. И вот Шимон сидит в приемной, а за массивной дверью гимназические преподаватели экзаменуют его сына. Время идет, ребенок не выходит, Шимон не знает уже, чего и ждать: время, отведенное на экзамены, давным-давно истекло. Но вот его наконец пригласили в кабинет. Слова директора его потрясли: «Мальчик поразил нас своими знаниями. Ему нечего делать в третьем классе (а по возрасту Иммануил должен был пойти во второй). Это единодушное мнение — мое и обоих учителей. Но… не будем в этом случае выходить из рамок установленных правил. Кроме того, господину Великовскому, вероятно, известно, что 9-я императорская гимназия — одна из самых престижных в России. Так что пусть все идет своим чередом. Ваш сын зачисляется в третий класс». В течение всех шести гимназических лет Иммануил был первым учеником.
Иммануил Великовский окончил гимназию в 1912 году с золотой медалью, что, впрочем, никого не удивило. Тем не менее радость всего семейства не поддается описанию. Дело в том, что золотая медаль давала бесспорное право на поступление в университет в счет пятипроцентной нормы для евреев. Каково же было разочарование Великовских, когда даже с медалью Иммануила в Московский университет не приняли. Тогда они всерьез задумались о возможности поступить в какой-нибудь зарубежный университет; где-нибудь там, где антисемитизм не так силен.
Такое место нашли: в августе 1912 года Иммануил поступил на медицинский факультет университета в Монпелье, на юге Франции. Проучившись здесь год, Иммануил кратко посетил Палестину, после чего пришел к выводу, что теперь может попробовать поучиться и в Англии, чтобы заодно овладеть еще одним иностранным языком (по-французски и по-немецки дети Великовских свободно говорили с детства, их обучала мать). Так случилось, что он поступил на учебу в Эдинбургский университет в Англии на медицинский факультет.
Однако в 1914 г. быстро вернулся в Россию, так как началась мировая война. Осенью 1914 года Иммануил Великовский был зачислен студентом Вольного университета в Москве, который был основан стараниями некоторых преподавателей Московского университета в знак протеста против дискриминационной политики царского правительства. В течение двух семестров Иммануил слушал здесь курс юриспруденции, истории и экономики. А уже в 1915 году ему удалось поступить на второй курс медицинского факультета Московского университета. При этом учебу в Вольном университете он не оставил, получив таким образом два образования: медицинское и гуманитарное, и после шести лет учебы получил в 1924 г. в Московском университете специальность врача.
Великовскому было легче, чем большинству студентов медицинского факультета. С младенческих лет приученный к систематическому учению, обладая незаурядными способностями и феноменальной памятью, он схватывал и запоминал изучаемый материал быстрее и легче, чем его однокурсники. Благодаря этому у него оставалось время для стихов, публицистической деятельности. И для углубленного изучения Библии.
С тревогой наблюдал он за очень немногочисленными студентами-евреями Московского университета. Оживление политической активности, обусловленное войной, обстановкой в стране, слухами о поражениях на фронте, коррупции и воровстве в тылу, влекло некоторых из них в различные партии, благо в партиях тогда не было недостатка. Наиболее привлекательными для них казались леворадикалы — большевики, меньшевики, эсэры. Этой патологии, как считал Великовский, еще можно было найти объяснение. Но как понять вот такое: Великовский знал еврейского парня, студента юридического факультета, который шумно поддерживал крайне реакционную и откровенно антисемитскую монархическую партию. Несколько студентов-медиков были даже приглашены на грандиозную церемонию его крещения в храме Христа-спасителя.