Непростым характером обладал второй сын царя – Иван Иванович. Жестокий и властный, он мог стать полным подобием отца. Но в 1581 году 27-летний царевич был смертельно ранен Грозным во время ссоры. Причиной необузданной вспышки гнева послужила якобы третья жена царевича Ивана (двух первых он отправил в монастырь) – Елена Ивановна Шереметева, дальняя родственница Романовых. Будучи беременной, она показалась на глаза свёкру в лёгкой рубашке, «в непотребном виде». Царь избил невестку, у которой потом случился выкидыш. Иван вступился за жену и тут же получил удар железным посохом в висок. Через несколько дней он умер, а Елена была пострижена с именем Леонида в один из монастырей.
После смерти наследника преемником Грозного стал его третий сын от Анастасии, Фёдор. В 1584 году он стал Московским царём. Фёдор Иванович отличался тихим и кротким нравом. Ему претила жестокая тирания отца, и значительную часть своего царствования он провёл в молитвах и постах, замаливая грехи предков. Столь высокий духовный настрой царя казался странным его подданным, из-за чего и появилась популярная легенда о слабоумии Фёдора. В 1598 году он безмятежно заснул навеки, и престолом завладел его шурин Борис Годунов. Единственная дочь Фёдора Феодосия умерла, немного не дожив до двухлетнего возраста. Так закончилось потомство Анастасии Романовны.
Своим добрым, мягким характером Анастасия сдерживала жестокий нрав царя. Но в августе 1560 года царица умерла. Уже проведённый в наше время анализ её останков, ныне находящихся в подвальной палате Архангельского собора, показал высокую вероятность того, что Анастасия была отравлена. После её смерти начался новый этап в жизни Ивана Грозного: эпоха Опричнины и беззаконий.
Женитьба Ивана на Анастасии выдвинула её родственников на авансцену московской политики. Особенной популярностью пользовался брат царицы – Никита Романович (умер в 1586 году). Он прославился как талантливый полководец и храбрый воин во время Ливонской войны, дослужился до боярского чина и был одним из близких соратников Ивана Грозного. Входил он в ближайшее окружение и царя Фёдора. Незадолго до смерти Никита принял постриг с именем Нифонта. Женат был дважды. Первая его супруга – Варвара Ивановна Ховрина – происходила из рода Ховриных-Головиных, давшего впоследствии нескольких известных деятелей русской истории, в том числе сподвижника Петра I адмирала Фёдора Алексеевича Головина. Вторая жена Никиты Романовича – княжна Евдокия Александровна Горбатая-Шуйская – принадлежала к потомкам суздальско-нижегородских Рюриковичей. Жил Никита Романович в своих палатах на улице Варварке в Москве, где в середине XIX в. был открыт музей.
Иван Грозный и сын его Иван. Художник И.Е. Репин. 1885 г.
Семь сыновей и пять дочерей Никиты Романовича продолжили историю этой боярской семьи. Долгое время исследователи сомневались, от какого брака Никиты Романовича родился его старший сын Фёдор Никитич, будущий патриарх Филарет, отец первого царя из династии Романовых. Ведь если его матерью была княжна Горбатая-Шуйская, то Романовы таким образом по женской линии являются потомками Рюриковичей. На рубеже XIX–XX веков историки предполагали, что Фёдор Никитич всё-таки скорее всего родился от первого брака своего отца. И только в последние годы этот вопрос, по-видимому, разрешился окончательно. Во время исследования некрополя Романовых в московском Новоспасском монастыре была обнаружена надгробная плита Варвары Ивановны Ховриной. В надгробной эпитафии год её смерти, возможно, следует читать как 7063, т. е. 1555 год (скончалась она 29 июня), а не 7060 (1552) год, как полагали ранее. Такая датировка снимает вопрос о происхождении Фёдора Никитича, который умер в 1633 г., имея от роду «с лишком 80 лет». Предки Варвары Ивановны и, следовательно, предки всего царского Дома Романовых, Ховрины, происходили из торговых людей крымского Судака и имели греческие корни.
Патриарх Филарет (Романов). Миниатюра из Титулярника. 1672 г.
Фёдор Никитич Романов служил полковым воеводой, участвовал в походах на города Копорье, Ям и Ивангород во время удачной русско-шведской войны 1590–1595 годов, защищал южные рубежи России от крымских набегов. Заметное положение при дворе дало возможность Романовым породниться с другими известными тогда родами: князьями Сицкими, Черкасскими, а также с Годуновыми (племянник Бориса Фёдоровича женился на дочери Никиты Романовича – Ирине). Но эти родственные связи не спасли Романовых после смерти их благодетеля царя Фёдора от опалы.
С восшествием на престол Бориса Годунова всё переменилось. Ненавидевший всю романовскую семью, боявшийся их как потенциальных соперников в борьбе за власть, новый царь одного за другим начал устранять своих противников. В 1600–1601 годах на Романовых обрушились репрессии. Фёдор Никитич был насильно пострижен в монахи (под именем Филарет) и отправлен в далёкий Антониев Сийский монастырь в Архангельском уезде. Такая же участь постигла его жену Ксению Ивановну Шестову. Постриженная под именем Марфы, она была сослана в Толвуйский погост в Заонежье, а потом с детьми жила в селе Клин Юрьевского уезда. Её малолетние дочь Татьяна и сын Михаил (будущий царь) были увезены в тюрьму на Белоозере вместе с тёткой Анастасией Никитичной, ставшей впоследствии женой видного деятеля Смуты князя Бориса Михайловича Лыкова-Оболенского. Брат Фёдора Никитича боярин Александр сослан по ложному доносу в одну из деревень Кирилло-Белозерского монастыря, где был убит. В опале погиб и другой брат, окольничий Михаил, перевезённый из Москвы в глухое пермское село Ныроб. Там он умер в темнице и в оковах от голода. Ещё один сын Никиты, стольник Василий, умер в городе Пелыме, где его с братом Иваном держали прикованными к стене цепями. А их сёстры Ефимия (в иночестве Евдокия) и Марфа отправились в ссылку вместе с мужьями – князьями Сицким и Черкасским. Пережила заточение только Марфа. Таким образом, почти весь род Романовых был разгромлен. Чудом уцелел только Иван Никитич по прозвищу Каша, возвращённый после недолгой ссылки.
Но династии Годуновых не дано было править на Руси. Уже разгорался пожар Великой Смуты, и в этом бурлящем котле Романовы выплыли из небытия. Деятельный и энергичный Фёдор Никитич (Филарет) при первой же возможности вернулся в «большую» политику – Лжедмитрий I сделал своего благодетеля митрополитом Ростовским и Ярославским. Дело в том, что когда-то Григорий Отрепьев был у него слугой. Существует даже версия, что Романовы специально готовили честолюбивого авантюриста к роли «законного» наследника московского престола. Как бы то ни было, Филарет занял видное место в церковной иерархии.
Новый карьерный «скачок» он совершил с помощью другого самозванца – Лжедмитрия II, «Тушинского вора». В 1608 году, при взятии Ростова, тушинцы пленили Филарета и привезли в лагерь самозванца. Лжедмитрий предложил ему стать патриархом, и Филарет согласился. В Тушине вообще образовалась как бы вторая столица: там был свой царь, были свои бояре, свои приказы, а теперь ещё и свой патриарх (в Москве патриарший престол занимал Гермоген). Когда тушинский табор развалился, Филарету удалось вернуться в Москву, где он участвовал в свержении царя Василия Шуйского. В образовавшуюся после этого Семибоярщину входил младший брат «патриарха» Иван Никитич Романов, который получил боярство в день венчания Отрепьева на царство. Как известно, новое правительство решило пригласить на русский престол сына польского короля – Владислава и заключило соответствующий договор с гетманом Станиславом Жолкевским, а для того чтобы уладить все формальности, из Москвы под Смоленск, где находился король, было отправлено «великое посольство» во главе с Филаретом. Однако переговоры с королём Сигизмундом зашли в тупик, послы были арестованы и отправлены в Польшу. Там, в плену, Филарет пробыл до 1619 года и лишь после заключения Деулинского перемирия и окончания многолетней войны вернулся в Москву. Русским царём уже был его сын Михаил.
Филарет стал теперь уже «законным» Московским патриархом и оказывал весьма существенное влияние на политику молодого царя. Проявил он себя очень властным и временами даже жёстким человеком. Его двор был построен по образцу царского, а для управления земельными владениями было образовано несколько специальных, патриарших, приказов. Заботился Филарет и о просвещении, возобновив в Москве после разорения печатание богослужебных книг. Большое внимание он уделял вопросам внешней политики и даже создал один из дипломатических шифров того времени.