Уже через год стало ясно, что директор не ошибся. Один из профессоров Венской консерватории, побывавший на экзаменах пианистов, свидетельствует: «Скрябин пригласил меня к себе в класс… и я с большим удовольствием пробыл 4 часа, убедясь в том, что он солидный педагог и ведет свое дело с большим знанием и любовью. Я почти уверен, что он лучший профессор Московской консерватории».
Еще одна зарубежная поездка композитора состоялась в 1900 году. К этому времени была написана Первая симфония. Далее началась работа над Второй. Одновременно обдумывались планы оперы. Скрябин начал писать либретто, но оно не было закончено. Большая педагогическая нагрузка и постоянное сочинение фортепианных пьес, в основном для того, чтобы издавать их у Беляева и тем покрывать получаемые авансы, потребовала от композитора напряжения всех сил. К этому времени, наряду с консерваторией, он взялся и за преподавание в женском Екатерининском институте. Педагогика мешала ему, но расстаться с ней он не мог — росла семья, у него уже были три дочери, в 1902 году родился сын, жизнь требовала расходов и была полна забот. Впрочем, заботы были не только докучными — композитор очень любил своих детей и с радостью уделял им время и внимание.
В эти годы его все больше занимает философия, проблемы мировоззренческие. Он сближается с философом С. Трубецким, в поисках ответа на «проклятые вопросы» жизни изучает сочинения мыслителей античности и средневековья. Эти поиски неизменно отражаются в музыке — как в симфониях, так и в фортепианных произведениях, среди которых появляются «Причудливая поэма», «Окрыленная поэма», «Поэма томления», «Сатаническая поэма». Последняя, возможно как отзвук давнего увлечением Листом с его симфониями по «Фаусту» и Данте. Но и как дань времени, когда проблема Добра и Зла, борьбы Зла с Добром привлекала и Мережковского в его трилогии «Христос и Антихрист» и Брюсова в «Огненном ангеле», когда Врубель пишет своих Демонов. Воспитанный в традиционном православии, Скрябин приходит к богоборчеству, бросает вызов Высшим силам: «Я иду возвестить им мою победу над Тобой и над собой, иду сказать, чтобы они на Тебя не надеялись и ничего не ждали от жизни, кроме того, что сами могут себе создать. Благодарю Тебя за все ужасы Твоих испытаний, Ты дал мне познать мою бесконечную силу, мое безграничное могущество, мою непобедимость, Ты подарил мне торжество».
В начале января 1902 года композитор поехал в Петербург на премьеру Второй симфонии, исполненной А. Лядовым. Прием был почти скандальный. Критика не нашла в ней привычной формы, сетовала на отсутствие консонансов и назвала ее «какофонией». Аренский, побывавший на концерте, писал: «Не понимаю, как Лядов решился дирижировать таким вздором. Я пошел послушать, только чтобы посмеяться, Глазунов вовсе не пошел в концерт, а Римский-Корсаков, которого я нарочно спрашивал, говорит, что он не понимает, как можно до такой степени обесценивать консонанс, как это делает Скрябин». Однако Беляев симфонию оценил высоко, да и петербургские музыканты, несмотря на критику, признавали огромный талант композитора.
Воспользовавшись пребыванием в столице, Скрябин обсудил с Беляевым свои планы — он хотел оставить преподавание, чтобы всецело посвятить себя творчеству и концертной деятельности. Это было рискованным шагом в материальном отношении, но Беляев поддержал музыканта, пообещав ему ежемесячно 200 рублей в счет гонораров. С 1903 года композитор оставляет преподавание. Уже в следующем году появляется его Третья симфония, «Божественная поэма» — одно из высших достижений русской симфонической музыки.
К этому времени в его жизни происходит крупная перемена. Он знакомится с молодой пианисткой Татьяной Федоровной Шлецер. Пылкая поклонница его творчества, она разделяла философские взгляды и музыкальные искания Скрябина. «Она все время присутствовала, пока Александр Николаевич играл мне свои сочинения, — вспоминал один из первых биографов композитора, — каждую нотку которых она, видимо, знала, любила и предугадывала. Она… обращала внимание на ту или иную деталь сочинения, она первая, в ответ на какое-нибудь мое замечание, бросала уверенные слова, находчиво парируя мое прямое или косвенное нападение, и радостно присоединялась к моим восхищениям. Казалось, что дело Александра Николаевича она принимает к сердцу, как свое дело…» Композитор, не встречавший раньше такого полного понимания, был восхищен. Возникло чувство, которое в конце концов оторвало его от семьи. Вера Ивановна до конца дней оставалась композитору преданным другом, активной пропагандисткой его сочинений, но в жизни рядом с ним появилась другая.
В феврале 1904 года Скрябин поехал с семьей в Швейцарию, где завершил работу над Третьей симфонией. К этому времени его постиг удар — скончался Беляев, старинный друг и меценат. Положение было бы безвыходным, так как попечительский совет издательства Беляева стал выплачивать значительно меньшие гонорары и вообще, состоящий из петербургских музыкантов, не склонен был ставить Скрябина на особое место. Выручила одна из очень богатых его учениц, М. К. Морозова: она предложила помощь, которой композитор с благодарностью воспользовался.
Выслав в издательство партитуру Третьей симфонии, композитор прервал начавшуюся уже работу над «Поэмой экстаза» и выехал в Париж для устройства концертных дел. Туда, неожиданно для него приехала Татьяна Федоровна. Так несколько неожиданно для композитора началась их совместная жизнь — в Швейцарию Скрябин возвратился лишь для окончательного разговора с женой, которая решила «стать независимой», сохраняя с мужем дружеские отношения.
Начинаются трудные, беспокойные годы. Композитор мечется в поисках средств, которые теперь нужны на содержание двух семей — в новой скоро появляется дочь. Некоторые из друзей, осудившие его поступок, отвернулись от него, и он больно это чувствует. Гнетет двусмысленность положения — он получил свободу, но не развод, и не может оформить официально свои отношения с новой спутницей жизни, его дочь не носит его фамилии. Непросто складываются и отношения в новой семье: Татьяна Федоровна очень ревнива, болезненно переживает его общение с бывшей женой и детьми от первого брака.
Наконец, в 1906 году он приезжает в Америку в надежде на серию хорошо оплачиваемых концертов. Кажется, материальные заботы скоро кончатся. Но 21 марта 1907 года приходится срочно покинуть страну: обнаруживается незаконность его брака, а ханжеские пуританские нравы США этого не прощают. Грозит разразиться огромный скандал, поскольку вездесущие репортеры не преминут опубликовать мельчайшие подробности личной жизни Скрябина.
Некоторое время композитор живет в Париже, затем поселяется в Лозанне, где жизнь дешевле — об этом приходится думать! «Поэма экстаза» завершена и отправлена в издательство, композитор ведет переговоры с Глазуновым — членом попечительского совета — о выдаче части гонорара.
В 1909 году Скрябин приезжает в Россию как гастролер. В это время он поглощен работой над «Прометеем» — монументальным оркестровым сочинением, в исполнении которого должен участвовать свет — для него пишется отдельная строка партитуры. Его исполнение предполагается осуществить весной 1910 года, но сочинение затягивается, и вместо этого весной Скрябин едет с концертами по городам Поволжья — его слышит публика Углича, Твери, Рыбинска, Ярославля, Костромы, Нижнего Новгорода, Казани, Самары, Саратова, Царицына (ныне Волгоград), Астрахани. Лето проходит в работе над «Прометеем», а зимой снова поездка — в Новочеркасск, Ростов и Екатеринодар.
В конце января 1911 года — турне по городам Германии. На этот раз он едет без жены, так как в семье ожидается третий ребенок. В одном из писем к ней Скрябина есть такие строки: «Я опять хорошо сочиняю! Неужели?!» Они говорят о том, что измученный постоянными концертными поездками композитор уже смирился с тем, что сочинять музыку ему некогда. Между тем, писать нужно хотя бы для того, чтобы оправдывать авансы издательства. И он пишет, когда только находится время, — все новые и новые фортепианные пьесы.