С 25 февраля 1917 г. он исполняет должность командира 1-й боевой авиационной группы Юго-Западного фронта. 14 марта его утверждают в этой должности, а 10 апреля производят в чин ротмистра.

«Под руководством Козакова, — пишет Д.В. Митюрин, — это соединение достаточно высокой степени эффективности, уничтожив только в течение сентября около десятка вражеских аэропланов и потеряв всего одну свою машину. Вероятно, под вдохновляющим влиянием этих успехов на фюзеляжах машин авиагрупп стала воинственная и устрашающая эмблема, позаимствованная с пиратского флага "Весёлый Роджер" — череп со скрещенными костями. Сам Козаков к концу войны стал бесспорным рекордсменом среди русских истребителей, имея на счету 19 достоверных побед и 3 вероятно сбитых противников».

Не случайно, что из всех боевых групп, созданных в России, 1-я оставалась первой до конца войны и по заслугам, и по количеству побед.

В апреле — мае 1917-го ротмистр Козаков ведёт весьма активную боевую работу. Свои очередные победы он одерживает, как правило, в паре или в группе. Замечательные успехи не остаются не замеченными командованием. Ему предлагают возглавить школу воздушного боя в Евпатории. Но Козаков от заманчивого предложения отказывается:

«На должность начальника школы воздушного боя очень прошу не назначать. Хочу быть только в группе. Благодарю за предложение. Ротмистр Козаков».

14 (27) июня 1917 г. в двух вылетах в паре Александр Александрович одерживает ещё две победы. Однако впервые получает ранение четырьмя пулями в руку, с повреждением локтевого сустава. Командира группы срочно эвакуируют в тыл.

В том же 1917-м Козакова награждают ещё двумя боевыми орденами. 21 апреля — орденом Св. Анны 2-й степени с мечами «за воздушные разведки под г. Двинском в январе-феврале 1916 г.» и орденом Св. Георгия 4-й степени от 31 июля «за то, что, будучи в чине штабс-ротмистра, 8-го декабря 1916 г., вылетев на самолёте "ньюпор", типа истребителей, для преследования немецких самолётов, появляющихся над нашим расположением, отогнал в районе Горохова 2 немцев, атаковал третий самолёт в районе д. Забороль, в 5 верстах к западу от Луцка, и двумя пулями в голову убил пилота. Аппарат, кое-как управляемый легко раненым наблюдателем австрийским обер-лейтенантом, упал в нашем расположении и был захвачен нашими войсками».

8 сентября следует производство в чин подполковника. Но ни чины, ни награды, ни слава не меняют этого человека. Он продолжает летать, как делал это всегда, до самых последних дней Российской империи.

Как указано в послужном списке Козакова, Александр Александрович с 24 ноября 1917 г. временно исполняет должность командира 7-го авиационного дивизиона, с оставлением в должности командира 1-й боевой авиационной группы Юго-Западного фронта. Лишь 9 декабря 1917 г. его отстраняют от должности командира 1-й боевой авиационной группы Юго-Западного фронта и избирают на отрядном совете командиром 19-го корпусного авиационного отряда.

Известно, что после Октябрьской революции новая власть пыталась привлечь подполковника Козакова к работе по созданию Рабоче-Крестьянского воздушного флота. Александр Александрович даже встречался с наркомом по военным делам Л.Д. Троцким в его кремлёвском кабинете. В беседе он вместе со своими коллегами «предложил советскому правительству своё содействие в деле возрождения российского воздушного флота».

Однако Лев Давидович предпочёл опереться на тех лётчиков, кто выразил активную поддержку новой власти сразу, а не потом. Таким образом, хотя кандидатура Козакова и рассматривалась на должность начальника Главного управления Военно-воздушного флота, всё же его прикомандировали лишь к комиссии ГУВВФ по выработке штатов и положений о службе истребительных авиаотрядов.

«Пребывание в Петрограде, встречи с новыми руководителями авиации, предлагавшими Козакову достойный его незаурядного таланта командный пост, не вразумили лётчика, — пишет Ю.М. Гальперин. — Верх взяли старые, привычные связи…

В Петрограде, где затаились, ожидая краха большевиков, немало офицеров, Козакова всячески остерегали от "перехода" в стан погубителей отечества». <…>

И его же славой, его героизмом объясняли Козакову невозможность перехода на службу "предателям России". Разобраться, кто заблуждается или просто лжёт, он оказался не в состоянии. Оставалось положиться на авторитет уважаемых им людей своего круга, в том числе нескольких бывших начальников. А тут ещё появился школьный друг, гатчинец Модрах, тоже командовавший на фронте авиационной группой. Он-то и свёл Козакова с эмиссарами англичан, начавшими на севере свою интервенцию.

Располагая в достатке самолётами, интервенты весьма нуждались в лётчиках. Заполучить же такого аса, как Козаков, было бы для них большой удачей. Лётчика "обложили" со всех сторон. После долгих уговоров, не сразу, словно чувствуя, какое совершает падение, Козаков дал англичанам своё согласие. Вместе с Модрахом и ещё несколькими лётчиками, завербованными его именем, они бегут из Петрограда в Архангельск».

Словом, выбор был сделан. И в июне 1918 г., при посредничестве одного из членов английской дипломатической миссии в Москве — капитана Хилла, с группой офицеров-авиаторов Козаков уезжает в г. Мурманск, в расположение экспедиционных союзнических сил. Уже на месте по предложению английского полковника Моунда он приступает к формированию Славяно-Британского авиационного корпуса. Но в связи с занятием Архангельска войсками Антанты, лейтенант Королевских воздушных сил Великобритании Козаков перебирается туда со всеми лётными специалистами.

К 15 августа 1918 г. он формирует там 1-й Славяно-Британский авиационный отряд, выступив с ним на фронт в районе ст. Обозёрская. В октябре 18-го он действует со своим отрядом в районе Сельца. А в конце октября, во время наступления красных в районе с. Большие озерки, оказывается отрезанным вместе с отрядом и английской колонной полковника Хаггельтона. В критической ситуации Козаков организует воздушную разведку и, выявив наиболее слабый участок противника, прорывает кольцо окружения.

«Отправив за линию фронта уцелевшие самолёты, Александр Александрович вооружил оставшийся личный состав ручным оружием и пулемётами со сломанных машин, — пишет Д.В. Митюрин. — Начался многокилометровый пеший поход через таёжные дебри. На заключительном этапе этого героического рейда отряд был блокирован красными в Списком монастыре, однако здесь на помощь пришли английские пехотные батальоны полковника Хаггельтона…»

После выхода из окружения Козакова переводят вместе с отрядом в район двинского Березняка, где он принимает командование Двинским авиадивизионом. И снова начинается интенсивная боевая работа, в ходе которой в ноябре — декабре дивизион впервые теряет своих лучших лётчиков.

Смерти в лицо смотрит и сам командир. 24 января 1919 г., во время наступления красных, Козаков получает ранение в грудь ружейной пулей навылет.

Отправившись на разведку с запасного аэродрома, он даже не успевает набрать высоту, как его обстреливают из окопов.

И всё же опытному лётчику удаётся благополучно посадить свой аэроплан. После излечения, в апреле, Александр Александрович сдаёт командование дивизионом английскому майору Карру, оставшись простым пилотом в 1-м Славяно-Британском авиационном отряде. Тогда же следует производство в майоры Королевских воздушных сил Великобритании. В следующем месяце Козаков участвует в операции по уничтожению аэродрома красных в районе с. Пучега, на Северной Двине.

Изначально предполагалось обстрелять этот аэродром с бреющего полёта, а уже затем высадить десант, который при помощи факелов и канистр с бензином должен был поджечь машины красных. Но из-за поломки двух машин операция была ограничена использованием бомб и пулемётного огня. Всё же аэродром был из строя выведен.

Если уже говорить о личных боевых заслугах Козакова по ту сторону фронта, то три британских ордена («За боевые заслуги», «Военный крест» и крест «За лётные боевые заслуги»), а также французский орден Почётного Легиона были им заслужены всего лишь за год братоубийственной войны.