К сожалению, судьба захоронений и надгробных памятников в Глинках оказалась трагичной. При разорении храма в 1934 году, надгробие П. А. Брюс было вывезено в Донской монастырь. Там, в церкви Архангела Михаила, оно простояло до 2000 года. Затем было разобрано по частям, уложено в ящики и перевезено в здание Музея архитектуры им. А. В. Щусева на улице Воздвиженка, дом 5. Все эти годы ящики находятся в подвальном помещении музея. Само захоронение П. А. Брюс было уничтожено. Как, впрочем, разрушены были захоронения А. Р. Брюса, его жены Н. Ф. Колычевой, а здание усыпальницы было разобрано и даже срыт фундамент в 1934 году. Никаких перезахоронений в усадьбе не проводилось.

Именно в конце XVIII века активно использовался регулярный парк усадьбы, единственное описание которого дал Алексей Николаевич Греч, побывавший в усадьбе в 1920-е годы. Он обнаружил необычные увражи в парке «с его регулярными фигурными дорожками, в плане образующими интересные сложные фигуры, в которых можно усмотреть масонские знаки. Схематически планировка этого небольшого французского сада сводится к четырем квадратам в ширину главного дома, разделенным тремя широкими аллеями. Первая аллея лип идет по откосу, как бы продолжая линию кордегардии и павильона; вторая проходит мимо заднего уличного фасада дома, третья ограничивает парк с внутренней стороны. В четырехугольник перед домом вписан многоугольник, состоящий из вековых лип; вместе с пересечением дорожки и основной аллеи он образует фигуру, близкую к планетному знаку Венеры. Дальний четырехугольник занят квадратным водоемом, по оси которого дальше, уже за парком стоит церковь. Два других прямоугольника справа от средней аллеи заняты один звездообразным пересечением аллей — другой лужайкой, где, согласно народному поверию, была беседка с самопроизвольно играющей музыкой. Может быть, здесь была поставлена владельцем усадьбы, как известно, видным ученым своего времени, эолова арфа. Надо думать, что некогда подстригались эти, теперь высоко выросшие двухсотлетние липы и в стенах зелени белели, как полагается, мраморные статуи».

В начале XIX века усадьба стала приходить в упадок, о чем свидетельствуют приводимые А. Н. Гречем неоднократные упоминания в «Московских ведомостях» этого времени объявления о продаже лошадей глинковской экономии.

В 1815 году хозяином Глинок стал калужский купец Иван Тихонович Усачев. В 1791 году его отец приобрел у Якова Александровича Брюса участок земли на реке Воре под селом Глинковом, там, где сохранялись две плотины, оставшиеся еще от Елизара Избранта, и часть построек от бывшей здесь кожевенной фабрики Афанасия Гребенщикова.

Отремонтировав производственные помещения, Усачев в 1796 году оборудовал в них писчебумажную фабрику, на которой вырабатывалась писчая, почтовая, типографская, обойная, оберточная, карточная и другие сорта бумаги. Эта фабрика считалась одной из лучших в Московской губернии. На первой Российской выставке мануфактурных изделий в 1829 году лучшим сортам ее бумаги присуждена большая серебряная медаль. На последующих выставках глинковская бумага отмечена золотой медалью.

С 1853 года владельцами фабрики становятся братья Алексеевы, а в 1854 году их сменили малолетние наследники, и фабрика практически переходит в ведение Богородской земской управы, хотя числится за Торговым домом Алексеевых.

В 1862 году фабрику вместе с усадьбой приобретает компания Колесовых. Начинается совсем другая история усадьбы.

Парк стал превращаться в дикорастущий лес. При развитии предприятия хозяйка построила новую плотину на реке Воре. При закладке плотины, ввиду того что не удавалось найти бутовый камень для ее основания, Колесова приказала снести с постаментов Брюсовы скульптуры, украшавшие парк усадьбы и здания, расколоть их и побросать на дно реки. Видимо, при ней начались уничтожение и перестройка усадебных зданий.

Возможно, это произошло из-за того, что в усадьбе и ее окрестностях много сочинялось самых разных легенд о Брюсе как колдуне и чернокнижнике, именно тогда стали говорить об усадьбе как о месте колдовском. Глубоко верующая хозяйка усадьбы принимала эти рассказы за чистую монету, она никогда не жила в усадебных помещениях.

При этом выросло число прихожан храма за счет развития промышленных предприятий и окрестных поселений. Так, в ведомости церкви за 1866 год указано, что в состав прихода входят 230 дворов деревень Савинское, Митянино, Корпуса, Митянино, Кабаново, а число прихожан составляет 943 мужского пола и 991 женского. Появилось и много жертвователей из числа предпринимателей, имевших свои фабрики в окрестностях Глинок. Достаточно сказать, что только на территории Лосиной слободы, находившейся в одной версте от усадьбы, за 50 лет — с 1851 по 1900 год — было создано 21 текстильное предприятие. Многие из предпринимателей имели родственников в деревнях прихода Иоанно-Богословской церкви.

Несколько десятилетий старостой храма Иоанна Богослова был владелец шелкоткацкой фабрики в деревне Корпуса Василий Аверьянов, который, по всей вероятности, и стал инициатором перестройки церкви в начале 1880-х годов.

В 1882 году община обратилась в строительное отделение при Московском губернском правлении Богородского уезда разрешить им сделать частичную перестройку, «не трогая настоящего Богословского храма», расширить трапезу «на 7 ½ аршин в правую и левую сторону с длиною той и другой стороны в 7 аршин; придел во имя Св. Александра Невского с настоящего места снести и поместить оный на левой стороне новой трапезы, на правой же вновь устроить придел во имя Боголюбския иконы Божией Матери, оставив как колокольню на прежнем месте, вдававшеюся в трапезу, так и ход в тот и другой храмы из-под нее, с западной стороны». В прошении также отмечалось, что суммы 17 тысяч рублей, собранной на эти работы, вполне достаточно.

Московская духовная консистория дает на этот запрос положительный ответ 16 сентября 1882 года.

Однако через год план перестройки был полностью изменен.

Увеличилось число желающих помочь храму, что и отразилось в прошении настоятеля храма и старосты, датированном 13 мая 1883 года. В нем просители отмечают, что «мы испрашивали подобное разрешение, имея в виду только те средства, которыми располагали или на которые могли верно рассчитывать, хотя и понимали, что просимое расширение храма все-таки будет не совсем достаточным для посещающих оный.

Теперь же, вследствие желания некоторых прихожан и заручившись их готовностью пожертвовать на сие довольно значительную сумму, мы осмеливаемся утруждать Ваше Преосвященство покорнейшею просьбою о дозволении нам еще следующего к прежде непрошенному:

1. Колокольню сломать и пристроить оную к храму, дабы предоставить более света молящимся;

2. в тех же видах увеличить новую трапезную церковь в ширину на один, а в длину на два аршина и

3. придел, первоначально предназначавшийся в честь Боголюбской иконы Богоматери, посвятить Преображению Господню»[115].

Как видно из прошения, план перестройки не просто менялся кардинально, изменялось и наименование одного из приделов. Вместо предполагаемого придела в честь иконы Божией Матери «Боголюбская» теперь предполагается сделать придел Преображения Господня.

Храм, перестроенный в ампирном стиле, с основным престолом во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова и приделами Преображения Господня и Александра Невского, простоял до 1934 года, пока не был перестроен под спальный корпус созданного на территории усадьбы дома отдыха Наркомата пищевой промышленности.

Это здание, больше известное в настоящее время как корпус № 2, использовалось в качестве спального корпуса дома отдыха, госпиталя (1941–1945), санатория (1947–1986), теперь стоит в разваленном состоянии, поскольку начатая в 1991 году реконструкция здания была остановлена и началось разрушение здания местными жителями. Только в 2006 году в Глинках была образована община, в 2009 году освящен деревянный храм во имя Покрова Пресвятой Богородицы и началась новая история церковной жизни в усадьбе Брюса.