Неслучайно, что первое же дальнее плавание эскадры адмирала Спиридова с Балтики в Средиземное море далось очень нелегко. Раздраженная Екатерина писала по этому поводу так; «Когда вы в пути съедите всю провизию, тогда вся экспедиция ваша обратится в стыд и бесславие ваше и мое. Прошу вас для самого Бога, соберите силы душевные и не допускайте до посрамления перед целым светом. Вся Европа на вас и вашу экспедицию смотрит». Русские моряки, как известно, силы душевные собрали и полностью уничтожили турецкий флот при Чесме.
Наиболее частой болезнью на русском парусном флоте была так называемая горячка, т.е. все простудные заболевания, от которых из-за постоянных сквозняков, холода и вечной сырости практически не было никакого спасения. Затем шла цинга — скорбут, вызываемая отсутствием свежей пищи и овощей, а также каждодневной тяжелой работой. Помимо этого весьма часты были всевозможные ревматизмы и чахотки. Конечно же, некуда было деться и от венерических заболеваний, прежде всего от триппера (именуемого моряками просто «насморком») и сифилиса Больных венерическими заболеваниями старались все же при первой возможности изолировать от команды и убрать с судна. Лечили от триппера и сифилиса мышьяком, который наряду с нескольким приостановлением воспалительных процессов одновременно разрушал организм в целом.
Порошки неизвестного происхождения, которыми корабельные лекари пичкали моряков, помогали весьма мало. В большинстве случаев даже заразных больных не было возможности отделить от здоровых, и тогда приходилось полагаться только на Бога. Особенно ужасна была участь раненых. Квалификация судовых лекарей в большинстве случаев в XVIII веке была весьма низкой. Никакой анестезии в то время тоже не существовало. Перед операцией раненому давали стакан водки, а иногда просто били деревянной колотушкой по голове. Решения на операцию лекарями принимались самые простые: если ранен в руку, то руку и отрезали, ранен в ногу — отрезали ногу. Пока несколько санитаров держали кричащего и извивающегося от дикой боли матроса, лекарь ножовкой пилил ему руки и ноги. Кровь на культе останавливали тем, что лили на нее раскаленную смолу, которая выжигала кровеносные сосуды. От болевого шока многие тут же и испускали дух. Обрубки бросались тут же под стол. Прооперированных сваливали в углу лазарета. Большинство из них вскоре умирало, но некоторые все же выживали.
Лекарь в эпоху парусного флота всегда был достаточно важной и уважаемой фигурой на любом судне. На него смотрели как на некое божество, и даже умирающие верили, что он может сотворить чудо. На русском парусном флоте лекарь имел классный чин и был приравнен к офицерскому составу. Перед отплытием судна в плавание лекарь принимал в береговой аптеке сундук с лекарствами. В море он ежедневно записывал в табель больных, занимался их лечением, тщательно записывая, когда и кому какие микстуры давал. Кроме этого лекарь заботился, чтобы больным, по возможности, выдавалась наиболее свежая и качественная пища. Он же информировал капитана и священника о наиболее опасных больных. Под страхом лишения всего жалованья лекарю запрещалось брать деньги за лечение. По возможности тяжелобольные в первом же порту сдавались в береговые госпитали, что абсолютно не гарантировало выздоровления. Во время боя судовой лекарь был обязан находиться в интрюме при раненых, резать разбитые конечности, зашивать раны. Особая статья в уставе напоминала лекарю о том, что если он будет относиться к больным с пренебрежением, то «яко злотворец наказан будет, яко своими руками его (больного) убил…».
В первый период в лекари назначали порой случайных людей, но постепенно стали назначать выпускников медицинских факультетов университетов. Балтийский флот комплектовался в большой мере медиками — выпускниками Тартуского (Юрьевского) университета. Это сразу же сказалось на уровне лечения. Однако, несмотря на все старания, до начала XIX века смертность на судах российского флота была все равно большой.
Морская медицинская часть, находившаяся до начала XIX века в зависимости от Министерства внутренних дел, была затем наконец-то переведена в Морское министерство, чем было улучшено положение врачей, приравненных по правам службы с морскими офицерами. Всей морской медицинской частью отныне управлял уже главный врач — генерал-штабс-доктор, подчиненный морскому министру.
Из воспоминаний адмирала Д.Н. Сенявина: «Старики наши пивали крепко, ума не пропивали и дело делали лучше, чем нонича трезвые колобродят. Другое, благодаря малодушию нашему, которым пользуясь, медицинский факультет увеличил число докторов чрезвычайно, как сами они, так лекарства употребляют по моде; было время, лечили они одною теплою водою, по крайней мере, лекарство было невредное. Было время, лечили они от всех болезней одним меркурием, ваннами, а теперь пользуют пиявками; многие уверены, что пиявицы любят кровь не чистую. Мне сказал один доктор, шутя над ремеслом своим, чтобы знать верно свойство пиявицы, так надобно прежде быть самому пиявкою. Доктора сами, подобно пиявкам, они так впились в наше малодушие, что человек пожилых лет с хорошим желудком никак не может быть без доктора; он знает, что этот доктор произведен из аптекарей, он знает, что сей доктор морит людей без пощады, и он знает еще важнее, что доктор сей уморил его сына и сам доктор в этом признался, но он отвечает: "Все это так, да дело не в том, а в том, что он вылечил министерскую жену!"»
Одной из самых колоритных фигур среди российских медиков первой половины XIX века был Иван Буш, достигший больших вершин в искусстве педагогики и врачебной деятельности. Закончив училище при Калинкинской («секретной») больнице, в связи с началом войны со Швецией, он был призван лекарем в Балтийский флот. Участвовал во всех крупных морских сражениях той войны. В ходе боя тогда на кораблях оказывалась только первая медицинская помощь в виде остановки кровотечения, первичной обработки ран и ожогов, наложения повязок с лекарствами… Затем тяжелораненых старались переправить на госпитальные суда или корабль направлялся в ближайший порт с госпиталем Впоследствии Буш написал «Физиологические записки», читал лекции, стал профессором анатомии и физиологии, а после создания Медико-хирургической академии занял там кафедру хирургии.
Еще один известный морской врач, Иван Ланге начал свою карьеру с корабельного подлекаря. В русско-шведскую войну прошел все морские сражения как корабельный хирург. Затем был определен в Кронштадтский морской госпиталь «для пользования раненых». В декабре 1792 года в связи с невозможностью продолжать морскую службу «по увечью, полученному при разбитии фрегата "Возьмислав"», Ланге определили во 2-ю дивизию штаб-лекарем. Затем Ланге трудился в Медико-хирургической академии доктором. Дослужился до чина статского советника.
Именно этим врачам наш флот обязан значительному улучшению медицины на кораблях и судах, которая впервые начала организовываться по науке. К концу XVIII века ценой огромных усилий состояние медицины на русском флоте стало понемногу улучшаться. Во время Русско-шведской войны 1788—1790 годов на Балтийском флоте впервые были устроены специальные суда, на которые свозили больных и раненых с находящихся в море эскадр. Тогда же на флот в большом количестве пришло немало талантливых врачей, много сделавших для улучшения медицинского обслуживания моряков.
Если на Балтике моряков особенно донимали ревматизмы и цинга, то на Черном море настоящим бичом для моряков были лихорадка и чума. И если к XIX веку с ними уже все же научились бороться, до середины XVIII века они порой выкашивали целые команды.
Из воспоминаний адмирала Д.Н. Сенявина: «1-го числа ноября перед вечером вдруг оказалась у нас на фрегате чума. Бригадир в тот же час переехал на корабль "Хотин", и приказал нам всех заразившихся свезти на берег и устроить для них там из парусов палатки, а потом немедленно идти в Керчь, остановиться в удобном месте и возможно ближе к берегу, устроить из парусов баню и палатки для жительства людей и окуривать все беспрестанно. В следующую ночь построили мы две палатки и перевезли всех заразившихся, числом до 60 человек. Поутру снялись с якоря, а ввечеру были у Керчи, на месте немедленно отвязали паруса, построили на берегу баню, кухню, палаток достаточное число для служителей и перевезли всю команду на берег.