С 1992 года Басаев являлся командующим Гагринским фронтом в Абхазии. В январе 1993 года на совместном заседании президентского совета Абхазии и парламента Конфедерации народов Кавказа был назначен командующим экспедиционным корпусом в Абхазии. Басаеву было вменено в обязанность «координировать, объединять, направлять в нужное русло и контролировать прибывающий поток чеченцев».

К 1993 году Басаев возглавил батальон, в котором за период его нахождения в Абхазии подготовку прошли около 5 тысяч боевиков различных национальностей. Батальон отличался жестокостью действий, был укомплектован уголовниками, дезертирами из СА, гражданскими лицами с экстремистскими наклонностями, в основном из с. Гехи Урус-Мартановского района Чечни.

Так, осенью 1993 года им была проведена акция по уничтожению гражданских беженцев из Абхазии в районе Гагры и поселка Леселидзе, где было расстреляно несколько тысяч безоружных людей, и резня мирного населения неабхазского происхождения в Сухуми.

В декабре 1993 года на 5-м съезде Конфедерации народов Кавказа Басаев был утвержден командующим войсками КНК, начальником штаба войск КНК был назначен адыгеец Амин Зехов.

Затем указом Ардзинба он был утвержден в должности заместителя министра обороны республики.

В Чечню Ш. Басаев с батальоном (380–450 человек), который в Грозном стали называть абхазским, вернулся в феврале 1994 года и занял обособленное место среди командиров боевых групп. В отличие от Р. Лабазанова и Б. Гантамирова, группировка Басаева не стремилась включаться в дележ сфер экономического влияния и политические или криминальные разборки, хотя ситуацию с грабежами составов в Чечне поставил под контроль именно Басаев.

В период вооруженного противостояния между руководством Дудаева и оппозицией в Чечне в 1993 году Басаев занял выжидательную позицию, выступал посредником на их переговорах. Вместе с тем резко осуждал разгон городского собрания в г. Грозном. В декабре 1993 года поддерживал требования оппозиционеров об отставке Дудаева.

С апреля по июль 1994 года, по собственному утверждению, был в Афганистане, в провинции Хост, где вместе с одной из своих групп проходил подготовку: «Подготовка проходила за мой счет. Я тогда оружие продал, у друзей в долг взял и поехал. До сих пор, кстати, 3,5 тысячи долларов за эту поездку должен» («Независимая газета», 12 марта 1996 года). В интервью газете «Известия» (25 апреля 1996 года) Басаев сообщал, что в течение 1992–1994 годов трижды выезжал со своим «абхазским батальоном» в лагеря афганских моджахедов, где учился тактике ведения партизанской войны.

Летом 1994 ода. Басаев вступил в боевые действия против оппозиции на стороне Дудаева. В июле в Грозном «абхазский батальон» вел боевые действия с группировкой Лабазанова. Формирование Басаева также сыграло свою роль во время неудачной попытки штурма Грозного оппозицией. Басаев считался одним из наиболее близких соратников чеченского президента. Личный состав «абхазского батальона» осуществлял охрану Д. Дудаева.

К началу боевых действий с федеральными войсками под командованием Ш. Басаева находилось около 2 тысяч человек. После разгрома в Ведено в батальоне осталось 200–300 человек. 3 июня 1995 года ракетно-бомбовым ударом был уничтожен дом дяди Басаева — Хасмагомеда Басаева, в результате чего погибли 12 родственников Ш. Басаева, в том числе родная сестра Зинаида, 1964 г. р.

Через три часа стало ясно многое. Бандиты, ворвавшиеся в город, оставили за собой гору трупов. Пытались захватить здание милиции, но получили отпор… Захватив больницу, они взяли в заложники огромное число людей и продолжают бесчинства.

Дальнейшие события развивались по уже не раз прописанному и описанному в печати сценарию. Увы, многое на тот момент не было ясным. Штурмовали милицию и не штурмовали здание ФСБ…

Почему? Оказалось, что вывеска горотдела была зеленого цвета — не обратили внимания. Почему не подтянулись войска местного гарнизона? Как удалось колонне беспрепятственно пройти по всему Ставропольскому краю? Эти «почему» нанизывались одно на другое, как жемчуг на нитку. Но чем больше проходило времени, тем сложнее становилась ситуация.

Сидеть в Москве и получать обрывки информации было мучительно. Вечером, получив «добро» от президента, Степашин вылетел в Буденновск. Ельцину все это не нравилось вдвойне. Он вылетал в Рейкьявик, где ему и без Буденновска придется отвечать на многие неприятные вопросы политиков, связанные с ситуацией в Чечне, а тут это… Понимаешь!

По прошествии времени Степашин не раз возвращался к вопросу: «А надо ли было лететь? Надо ли было лететь Ерину?» На этот вопрос многие отвечали однозначно — не надо. С точки зрения логики он с этим согласился. Ну что в той ситуации может директор ФСБ, в подчинении которого на месте всего один, ну два десятка офицеров спецслужбы? Буденновский горотдел УФСБ по Ставропольскому краю, как впоследствии оказалось, вместе с водителем и секретаршей насчитывал 6 человек. Подтянутые из Москвы и Ставрополя силы специалистов-техников вполне могли решить поставленную перед НИМИ задачу. Локальную задачу для спецслужбы.

Своего силового блока Степашин в спецслужбе создать еще не успел. Вновь образованное Управление специальных операций насчитывало 18 человек, во главе с бывшим командиром «Вымпела» генералом Герасимовым. Они себя зарекомендовали отлично в период штурма Грозного. Но 18 бойцов, даже во главе с генералом, — все равно 18… Пусть даже 18 Рэмбо.

Вылетели вечером. Прибыли в Буденновск затемно. Вместе с директором ФСБ в Буденновск вылетел вице-премьер, министр по делам национальностей Николай Егоров. Поездка ему далась тяжело, ускорив развитие болезни — рака легких. Еще в начале 95-го он начал страдать от этого недуга, мучаясь ночами под обстрелами в Грозном от болей. Но боя не покинул. И вылетая в Буденновск, он запасся болеутоляющими.

В Буденновске их встретили Виктор Ерин, его заместитель Михаил Егоров и заместитель Генерального прокурора Олег Гайданов. Ерин ввел прибывших в курс дела. По его приказу главным оперативным начальником был назначен Михаил Егоров. С этого момента все его указания получали силу приказа двух министров.

Практически всю ночь шли обсуждения что и как делать. Теоретически Степашину было проще всех. Маленькая группа специалистов ФСБ со своими обязанностями справилась отлично. Через несколько часов здание больницы уже было оборудовано техникой, и руководитель операции имел полное представление о том, что происходит в «логове» противника. Но это только теоретически. Практически же Степашин, как и его коллега по МВД, полностью принял на себя ответственность за операцию. За ее последствия.

Даже неспециалисту было ясно, что дело проигрышное. Сегодня, по прошествии многих лет, даже люди искушенные нет-нет да и заявят, что, дескать, «Альфа» и СОБРы могли и «штурмануть» и уничтожить боевиков. Да вот, дескать, Черномырдин помешал… Но на месте было виднее. Штурм неизбежно привел бы к многочисленным жертвам не столько с обеих сторон, сколько среди мирного населения, оказавшегося в здании.

Старшим по переговорам был назначен начальник УВД Ставропольского края Николай Медведицкий. Степашин вспоминает, что Басаев затребовал высокую планку заложников. «Готовы были идти и я, и Ерин, и Егоров, но этого нельзя было делать. В переговорах с бандитами надо иметь возможность маневра…»

Переговоры переговорами, но полная картина проявлялась постепенно. Ночью из больницы приходили люди, которых намеренно отпускали бандиты. Они сообщали новые подробности, уточняли недостающие детали. Не обошлось и без истерик. Больные, отпущенные на волю, рыдали, призывали принять все условия Басаева, спасать людей. Их можно было понять, но… Условие бандитов было одно — немедленный вывод всех наших войск из Чечни и признание независимости Чеченской Республики.

Президент перед самым отлетом в Исландию снова принял доклад министра внутренних дел, выслушал последнюю информацию и снова потребовал принять самые жесткие меры…