Мир, подписанный Шафировым, таких жертв не требовал. Туркам уступался Азов, новопостроенные города Таганрог, Каменный Затон и Новобогородицк в устье Самары — Россия обязывалась разрушить. Москва также давала обязательство не вмешиваться в польские и малороссийские дела и предоставляла льготы турецким купцам в России, при условии таких же льгот русским в Турции. Кроме того, Карлу XII предоставлялся свободный проезд в Швецию, а русским войскам давалась возможность отступить в Россию. Шафиров и сын генерал-фельдмаршала Б. П. Шереметева Михаил Борисович оставались в Турции в заложниках до исполнения договора.
Тем не менее, мир для России был очень тяжелым. Азов, завоеванный с таким трудом, переходил к Турции. Невмешательство в польские дела нарушало ранее достигнутое соглашение с Августом II о взаимопомощи в войне со Швецией. К тому же Петр I не решался отдавать Азов, пока Карл XII находился в Турции. Царь всячески старался затянуть выполнение договора, чем ставил заложников в трудное положение. Шафиров должен был постоянно выслушивать требования турецких чиновников о выполнении договора. Он старался убедить султана Ахмета III в том, что царь без ведома и согласия союзников не может в этом деле действовать самостоятельно. Настоящий скандал разразился, когда русские войска прошли через польские территории для ведения военных действий против Швеции в Померании. Султан окончательно склонился к мысли, которую ему настойчиво внушали крымский хан и Карл XII, — визирь, заключивший Прутский мир, изменник и был подкуплен. Вскоре судьба визиря была решена: «Положа на шею ево чепь, пешего и босого через одного турка конного по улицам в Станбуле водили и потом удушен».
Атмосфера накалялась, и султанский двор вновь стал помышлять о войне. Положение заложников становилось незавидным. Однако Шафиров регулярно доносил Б. П. Шереметеву о том, что творилось в Стамбуле. Заложники мужественно держались, о чем свидетельствует письмо, полученное от них Шереметевым 1 января 1712 г., где они советовали генерал-фельдмаршалу воздержаться от передачи османам Азова, так как турки, по их мнению, непременно начнут войну, даже если получат крепость. Заложники просили не верить их собственным письмам об отдаче Азова, ибо письма будут написаны по принуждению.
После всех проволочек Турция, наконец, потребовала выполнения договора в двухмесячный срок. В ноябре генерал-фельдмаршал Шереметев начал вывод войск из Польши, но эта мера не помешала турецкому султану объявить войну России. Военные действия, однако, не были начаты, так как 2 января 1712 г. Турция получила Азов. Политические цели Карла XII, С. Лещинского и французского короля Людовика XIV достигнуты не были: Россия вышла из войны на юге и вновь могла активизировать Северную войну. Карл XII и французский посол, имея солидную агентуру во дворце султана, старались втянуть Турцию в новую войну с Россией.
Шафиров, со своей стороны, предпринял контрмеры. Ему удалось за 30 000 левков подкупить высшее духовное лицо Османской империи — муфтия. По указанию Шафирова муфтий привлек на свою сторону духовенство и с его помощью добился того, чтобы шведам было отказано в их просьбе дать благословение на возобновление войны.
Шафиров мобилизовал и другую агентуру. Он прибег к помощи английского и голландского послов и с их помощью наладил переписку с Петром I. Английский посол «день и ночь трудился и письмами, и словами склонял турок к сохранению мира». «Голландский посол ездил несколько раз инкогнито к визирю, уговаривал его наедине и склонял к нашей пользе, потому что сам умеет говорить по-турецки», — писал Шафиров.
Общими усилиями П. П. Шафирова и союзных послов султана и великого визиря удалось склонить к миру. 5 апреля Прутский договор был возобновлен на 25 лет. Россия обязывалась в трехмесячный срок вывести войска из Польши и впредь вводить их лишь в том случае, если шведские войска вступят в польские области. Турция оставляла за собой право выслать Карла XII тогда, когда ей будет угодно.
Присутствие Карла XII в Турции постоянно создавало угрозу возобновления войны. Шведский король постоянно находился в центре интриг против России. Кроме Франции и крымского хана, против России готовы были выступить семиградский князь Ракоци, Бендерский паша, Константинопольский патриарх, которому было обещано с присоединением Малороссии к Турции, распространить его влияние на эти области. Интриговали агенты Станислава Лeщинского и остатки двора гетмана Мазепы. Все они пытались внушить султану мысль о войне с Россией. Шафиров и русский посол в Константинополе П. А. Толстой понимали, что только с удалением Карла XII из Турции прекратятся эти интриги, и всеми способами добивались его высылки.
Шафиров, войдя в доверие к великому визирю, стал внушать ему мысль, что Карл XII хочет его свергнуть. Поэтому следует немедленно выслать шведского короля из страны. Однако великий визирь по-прежнему требовал удаления русских войск из Польши, а выводить их было нельзя, так как продолжалась Северная война. Тогда Шафиров решил действовать через жену султана. Он пообещал ей ценные подарки от русских, если она сможет убедить султана не помогать шведам. Жена султана успешно справилась с этой задачей. Ахмет III отдал предписание выслать Карла XII. В награду она получила алмазное перо на шапку и кушак с алмазами и яхонтами ценою в 6000 левков. Дело было почти сделано, но польский сейм медлил с принятием решения о проезде короля через польские земли, и Карл XII остался в Турции.
Между тем крымский хан донес султану, что русские войска до сих пор находятся в Польше. Султан отправил в Польшу своих агентов, и те подтвердили донос. Разгневанный Ахмет III потребовал от Шафирова и Толстого, чтобы в двухмесячный срок русские войска были выведены из Польши. Но ни тот, ни другой не могли этого обещать.
Нравы в Турции тогда сильно отличались от остальных европейских государств. С объявлением войны весь дипломатический состав миссии противной стороны турки заключали в тюрьму, имущество их присваивали себе и содержали узников в отвратительных условиях, пока война не кончалась. Не избежали подобной участи и русские дипломаты. Их заключили со всею свитою в Семибашенный замок. Шафиров писал царю: «Посадили нас в тюрьму едикульскую, в которой одна башня да две избы, всего саженях на шести, и тут мы заперты со всеми людьми нашими, всего 205 человек, и держат нас в такой крепости, что от вони и духу в несколько дней принуждены будем помереть».
Но дела у султана пошли не так, как ему обещал тот же французский посол. Петр I проявил твердость, и у Ахмета III с Карлом XII начались разногласия. Рассерженный султан выслал, наконец, шведского короля из страны. Узников освободили из тюрьмы и привезли в Адрианополь, где находился султан. Шафиров воспользовался моментом и через посредничество английских и голландских послов возобновил переговоры. На этот раз Турция потребовала более тяжелых условий мира: ежегодной дани крымскому хану и проведения границы между реками Самарой и Орелью. Шафирову вновь пришлось прибегнуть к подкупу ближайших сановников султана. В итоге ему удалось 3 июля 1713 г. заключить Адрианопольский мир — уже третий по счету и на этот раз окончательный. Уплата дани хану была отменена, но границу между Самарой и Орелью пришлось признать. Условия договора 1712 г. о выводе русских войск из Польши и разрушении крепостей на турецкой границе были оставлены. Но теперь, когда Карла XII не было в Турции, выводить войска из Польши было необязательно. Главное — мир был подписан и Петр I получил свободу рук в войне со Швецией. Царь был доволен, и в октябре мирный договор был ратифицирован. П. П. Шафирову, П. А. Толстому и М. Б. Шереметеву было позволено ехать в Россию. В январе 1714 г. Шафиров и Толстой прибыли в Москву. Михаил Борисович Шереметев умер в пути, не доехав Киева.
После возвращения на родину П. П. Шафиров вновь на дипломатической службе. Весной 1715 г. он способствовал подписанию нового союзного договора с Августом II. В июле Шафиров заключил договор с Данией о совместных действиях Дании, России и Польши против Швеции. Таким образом, Тройственный союз 1700 с возобновился.