Роль комиссии в деле устранения «перегибов» в религиозном вопросе особенно возросла после того, как в декабре 1930 года постановлением ЦИКа и СНК СССР были упразднены наркоматы внутренних дел в союзных и автономных республиках. Согласно постановлению ВЦИКа и СНК РСФСР (31 декабря 1930 года), отныне комиссия оставалась единственным общефедеральным (центральным) государственным органом, на который возлагалась «обязанность общего руководства и наблюдения за правильным проведением в жизнь политики партии и правительства в области применения законов о культах на всей территории РСФСР».

В декабре 1932 года на заседании комиссии отчитывалась «родная» для Сергия Страгородского Нижегородчина — Горьковский крайисполком. Выяснилось, что здесь в течение 1930–1932 годов было закрыто 305 молитвенных зданий, в основном православных. ВЦИК, рассмотрев обращения верующих, постановил вернуть как незаконно закрытые 119 зданий.

Стремясь улучшить учет и контроль за использованием имеющихся в республике молитвенных зданий, а также пресечь манипуляции со статистикой, которые получили широкое хождение в краях и областях республики в целях сокрытия фактов административного сокращения числа религиозных обществ, комиссия потребовала от местных комиссий предоставления соответствующих сведений, однако столкнулась с трудностями. Местные власти под всякими предлогами не представляли отчетности, или представленная ими статистика вызывала серьезные сомнения в ее достоверности, чаще всего в ней не показывались те культовые здания, которые были заняты административным путем, в обход существующего порядка. С большими сложностями комиссия лишь к началу 1933 года смогла собрать информацию и представить ее в вышестоящие органы. Ситуация выглядела следующим образом:

Информируя ЦК ВКП(б) о статистической неразберихе, комиссия привела такой пример. В 1931 году в Ленинградской области было учтено 2343 общества, а в 1932-м их оставалось уже 1988. То есть уменьшение составило 355 единиц, тогда как за этот период ВЦИКом было утверждено закрытие лишь тридцати двух церквей. Таким образом, только за год в области, по существу беззаконно, закрыто 323 молитвенных здания. К сожалению, такое соотношение «законной» и «незаконной» практики характерно было и для многих других регионов РСФСР.

Собранные отчетные данные от местных комиссий показывали, что проблемой номер один в их деятельности оставался вопрос о закрытии молитвенных зданий и их изъятие у религиозных обществ. Причем лишь очень незначительная часть поступающих к ним протестов от верующих получала положительное разрешение. Например, в 1931–1932 годах в Воронежской области из 113 рассмотренных дел о закрытии культовых зданий только 13 решены были в пользу верующих; в Средне-Волжском крае, соответственно, из 248 — 49; в Крымской АССР из 65 — 2. И такая картина была типичной по всей республике.

Комиссия была органом, куда стекались многочисленные жалобы и обращения верующих и духовенства в связи с нарушениями законодательства о культах. Их динамика отражена в следующей таблице:

Как правило, треть из этих обращений связана была с неправомерным закрытием культовых зданий.

И все же, как ни стремилась комиссия выправить ситуацию в религиозной сфере, ей это не удавалось. Начиная с 1933 года ее правозащитные действия все чаще становятся лишь эпизодами, которые тут же перекрываются все новыми и новыми отступлениями (зачастую вынужденными) перед теми силами в государственно-партийном аппарате, что ориентировались в решении религиозного вопроса на административный диктат. К примеру, в феврале 1933 года комиссия под давлением представителя ОГПУ приняла постановление «О состоянии религиозных организаций». В нем утверждалось, что перед лицом «консолидирующегося контрреволюционного актива в рамках религиозных организаций» необходимо «удвоить бдительность», «провести решительную линию по сокращению возможности влияния служителей культа в массах трудящихся». Подобные призывы «переводились» органами власти на местах в действия по сокращению числа религиозных обществ и групп, монастырей, духовных учебных заведений, по дальнейшему ограничению деятельности служителей культа. Эти же призывы служили оправданием для насаждения в обществе подозрительности и враждебности в отношении духовенства и верующих.

В выступлениях наркома юстиции РСФСР Н. В. Крыленко, популяризировавшего идею обострения классовой борьбы в СССР, выделялись в качестве основных следующие ее формы: «1) контрреволюционные организации; 2) элементы бандитизма и разложения в наших учреждениях и вне их; 3) спекулятивная торговля; 4) кулацкое сопротивление. Во всех этих четырех формах классовый враг выступает, так сказать, в чистом виде».

Согласно логике наркома, религиозные организации были отнесены к «контрреволюционным организациям», что оправдывало применение по отношению к ним самых жестких мер воздействия.

В поступающих с мест в комиссию отчетах красной нитью проходит мысль о том, что местные органы власти считают возможным «упрощенное разрешение» вопросов, связанных с деятельностью религиозных объединений, без какого-либо их документирования, без учета «действительной потребности населения в отправлении обрядов религиозного культа». Так, комиссия Горьковского исполкома сообщала о многочисленных случаях нарушений законодательства о культах, в частности в области наложения административных взысканий. Указывалось, что «штрафы налагаются сельсоветами в размерах до 500 рублей — за несоблюдение противопожарных мероприятий, антисанитарию, невыполнение ремонта и т. д.; сроки для уплаты устанавливаются от „немедленно“ до трех дней. Как выяснилось по некоторым делам, такие штрафы получаются потому, что штраф за одно и то же нарушение исчисляется путем умножения штрафной ставки (обычно в размере установленного законом максимума или даже выше) на количество членов церковного совета или на количество верующих, составляющих т. н. церковный приход. Такой же принцип используется и при взимании пошлины за подаваемые заявления о разрешении всякого рода шествий и церемоний: ставка пошлины в три рубля умножается на количество подписей на заявлении, в других местах — на количество сел и деревень, составляющих „приход“, и даже на количество участников того или иного шествия, для чего предварительно отбираются от церковного совета необходимые сведения».

Единственно возможным выходом из создавшегося положения было, по мнению П. Г. Смидовича, создание общесоюзного органа, ответственного за «церковную политику», принятие общесоюзного акта по регулированию деятельности религиозных организаций. В январе 1934 года в записке в Президиум ЦИКа СССР он отмечает ненормальность сложившегося положения, когда в республиках не было единства в решении одних и тех же вопросов, связанных с законодательством о религиозных культах, как не было и единой системы органов, отвечающих за проведение этого направления советской работы. И предлагает «расширить деятельность Постоянной культовой комиссии при Президиуме ВЦИК, развернув ее в орган союзного значения при Президиуме ЦИК Союза ССР».

…В условиях антирелигиозного и административного разгула все труднее удавалось Сергию удерживать «на плаву» церковный корабль, которому раз за разом наносились удары. На начало 1930 года 37 архиереев отказались от административного подчинения его церковной власти. В храмах ряда областей духовенство «не поминало» за богослужением имени его как заместителя местоблюстителя. Он вынужден был отрешать от кафедр тех епископов, которых власть, инкриминируя им политические или уголовные деяния, осуждала на тюремное заключение. Заменить их было некем, ибо немногие в те годы решались на пастырское служение.

На страницах «антирелигиозной» прессы вновь появились призывы расправиться с религиозными организациями, творящими «вражеское дело», распространяющими «реакционные, враждебные социализму идеи».