С академией будут связаны последующие шесть лет его жизни. Немало трудов было отдано учебно-административной и научной работе; повышению качества преподавания таких дисциплин, как литература, психология; упорядочению и систематизации фондов библиотеки и архива. Одновременно Сергий читает курсы лекций, рецензирует научные духовные работы питомцев академии, выступает в различных аудиториях по богословским и общественным проблемам; печатается в церковных журналах, деятельно участвует в научных, благотворительных и просветительских обществах.

Вместе с отцом инспектором пришли в академию и некоторые новшества. Он сделал правилом проведение по субботам после всенощной и ужина чаепитий, на которые приглашались все желающие со всех курсов. Здесь же, в покоях инспектора, в простой домашней обстановке читались студенческие рефераты на религиозно-философские темы и на темы современной художественной литературы. Затем происходило оживленное и непринужденное обсуждение услышанного. Эти «субботники» привлекали массу студентов всех курсов и бесспорно имели образовательное и главное — воспитательное значение.

24 января 1901 года указом Святейшего синода архимандрит Сергий был назначен на должность ректора академии. А спустя два дня, 26 января 1901 года, Николай II утверждает решение Синода о возведении ректора в сан епископа Ямбургского, третьего викария Петербургской епархии, с оставлением в должности ректора академии.

Чин наречения, который состоялся 23 февраля в Троицком соборе Александро-Невской лавры, возглавил первенствующий член Синода митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Антоний (Вадковский). Сергий в речи своей, обращаясь к маститым иерархам церкви, говорил о предназначении епископского служения. Были в ней и такие слова: «Внешняя обстановка епископского служения может быть весьма разнообразная. Епископы могут быть в почете и богатстве, могут пользоваться обширными гражданскими правами и преимуществами, но могут быть и в полном бесправии, в нищете и даже в гонении. Все это зависит от причин случайных и внешних, от государственного положения христианства, от народных и общественных обычаев и т. п. С изменением этих внешних причин может измениться и внешняя обстановка. Но само епископское служение в его сущности, в том настроении, какое требуется от епископа, всегда и всюду остается одним и тем же апостольским служением, совершается ли оно в великом Цареграде или в ничтожном Сасиме. Оно есть „служение примирения“, служение пастырское. Быть же пастырем — значит жить не своею особою жизнью, а жизнью паствы, болеть ее болезнью, нести ее немощи с единственной целью: послужить ее спасению, умереть, чтобы она была жива. Истинный пастырь постоянно, в ежедневном делании своем „душу свою полагает за овцы“, отрекается от себя, от своих привычек и удобств, от своего самолюбия, готов пожертвовать самой жизнью и даже душой своей ради Церкви Христовой, ради духовного благополучия словесного стада»[2].

В тот момент молодой епископ и не предполагал, что судьба уготовила ему именно такие обстоятельства жизни и проверит его на верность служения пастве.

В воскресенье 25 февраля там же, в Александро-Невской лавре, состоялась хиротония преосвященного Сергия, совершенная собором девяти иерархов во главе с митрополитом Санкт-Петербургским Антонием, в присутствии профессоров и студентов академии и при огромном стечении молящихся. Редкий случай: на хиротонии присутствовал отец посвящаемого — протоиерей Николай Страгородский. Вручая новопосвященному иерарху архиерейский жезл, митрополит Антоний произнес назидательное слово, а по окончании богослужения новый епископ долго благословлял устремившихся к нему богомольцев.

По прибытии в академию Сергий был встречен «со славой» всем академическим духовенством, профессорами и студентами. Состоялось краткое богослужение. Растроганный молодой епископ благодарил собравшихся, заверял их, что в знаменательном событии его жизни есть частичка сотрудничества каждого из собравшихся; выражал уверенность, что и в дальнейшем будет дружный совместный труд всех на служение церкви и высшей духовной школе. Торжество завершилось общим молением об укреплении мира и союза любви в храме богословской науки.

В три часа дня в ректорских покоях состоялось поздравление новопосвященного епископа от профессорской корпорации, закончившееся братской трапезой. Было много тостов, здравиц, речей, благодарственных слов и добрых пожеланий, которые, как правило, заканчивались громогласными многолетиями. Все чувствовали, что академия в лице нового ректора как своего бывшего воспитанника приобрела не только достойного главу, но и животворящую душу, как писали газеты, «способную вливать жизнь во все составляющие ее члены».

По отзывам и воспоминаниям лиц, знавших Сергия по академии и как инспектора, и как ректора, он был добрым и справедливым начальником. Студенты встречали с его стороны чисто отеческое отношение. Очень многие студенты при встречах припоминали одну и ту же картинку: хмурое петербургское декабрьское утро… студенческая спальня. Время вставания. Звонок уже давно прозвучал. Студенты встают, одеваются, но многие еще не расстались со сном, похрапывают «в объятиях Морфея». Появляется отец инспектор, который проходит между рядами студенческих коек и, останавливаясь возле спящих, со своей добродушной улыбкой слегка ударяет четками по заспавшимся, приговаривая: «Пора, пора вставать!» Всегда ровный, чуждый вспышек гнева или раздражения, своей ободряющей простотой и ласковым приветливым словом Сергий Страгородский благотворно действовал на студенческую молодежь, воспитывая ее не только словом, но и своим личным примером.

Вновь назначенный епископ и ректор академии получил множество поздравлений от церковных и светских людей. Каждому из написавших Сергий ответил личным письмом, стараясь следовать каллиграфическим образцам, преодолевая свой тяжелый и подчас при быстром писании малопонятный почерк. Были приветы и от некоторых знакомых ему епископов. Вот ложатся ответные строки в адрес епископа Арсения (Стадницкого): «Христос Воскресе! Ваше Преосвященство, Милостивый Архипастырь! Пользуюсь благоприятным случаем, чтобы еще раз поблагодарить Вас за поздравление с назначением меня епископом и ректором. С своей стороны приветствую Вас с святыми днями и желаю Вам всяких благ и преуспеяния во всем». Так рождались их дружеские отношения, которые связывать их будут несколько следующих десятилетий.

Год 1901-й в жизни Сергия Страгородского отмечен был и печальными событиями. Из родного Арзамаса пришло письмо от отца с известием о смерти после длительной болезни деда — протоиерея Иоанна Страгородского. В конверте лежала и вырезка из «Нижегородских епархиальных ведомостей». В некрологе сообщалось, что 31 мая удары большого колокола Воскресенского собора известили горожан о кончине старейшего пастыря Нижегородской епархии. Кончина его была поистине христианской: трижды перед смертью сподобился он причаститься Святых Христовых Тайн. Накануне последнего дня своего просил прочесть молебный канон на исход души. Он внимательно слушал слова этого трогательного церковного чина и непрестанно с благоговением осенял себя крестным знамением, пока рука не могла уже подняться. В 7 часов 27 минут вечера протоиерей Иоанн мирно почил.

С вечера дом Страгородских стал наполняться людьми, пожелавшими проститься с покойным. Согласно воле умершего и с разрешения епархиального начальства местом его упокоения должен был стать арзамасский Алексеевский монастырь. Под погребальный звон колоколов, при огромном стечении народа тело покойного было перенесено из дома в монастырь, где в Вознесенском соборе обители и было совершено отпевание. Похоронили протоиерея Иоанна у стен алтарной части собора.

На сороковой день, 9 июля, в Арзамас прибыл внук почившего, Сергий Страгородский. В сослужении двадцати двух священников епископ Сергий совершил в Вознесенском соборе Алексеевского монастыря Божественную литургию. По окончании все духовенство и молящиеся проследовали к могиле Иоанна Страгородского. Здесь владыка Сергий совершил панихиду по своему деду, прослужившему в священном сане 72 года. То была не только дань церковным традициям, но и выражение любви и уважения старейшине арзамасской ветви рода Страгородских.