Путь, на которой вступило Российское государство после 1917 года, во многом расходился с идеями Кропоткина, предостерегавшего от такого развития событий. Тем не менее его имя не было вычеркнуто из истории страны. Правда, парадоксальным образом сохранилось только имя, а его духовное наследие предавалось забвению. И это несмотря на достаточно долгое (с 1921 по 1939 год) существование Всероссийского общественного комитета по увековечению памяти П. А. Кропоткина — до 1934 года его возглавляла В. Н. Фигнер, а затем вдова Петра Алексеевича Софья Григорьевна.

В Кропоткинский комитет входили анархисты всех оттенков, включая толстовцев и мистических анархистов, бывшие народники, старые революционеры — узники царских каторжных тюрем и ссылки и ученые (среди них — академики В. И. Вернадский и А. Е. Ферсман). Старые народовольцы, большая часть которых вступила в партию эсеров, объединились в кружок по восстановлению и уточнению истории народовольческого движения при Всесоюзном обществе политкаторжан и ссыльнопоселенцев — ОПиС. Этот историко-революционный кружок действовал в стенах Кропоткинского музея, образуя своеобразный научно-исследовательский центр. В его работе принимали участие теоретик-анархист профессор А. А. Боровой, основатель журнала «Почин» А. В. Атабекян, председатель Русского технического общества, профессор Горного института П. А. Пальчинский, известный деятель кооперативного движения, председатель правления Московского народного банка В. А. Перелешин, писатель-географ С. С. Анисимов, популяризатор науки Н. К. Лебедев, видный политик и земский деятель Д. И. Шаховской. Эти люди, представлявшие собой различные слои интеллигенции, образовали вокруг музея общество братства, солидарности и взаимопомощи, о котором говорил в своей последней записке Петр Алексеевич Кропоткин.

В то же время возникли очень серьезные разногласия между традиционными анархистами, считавшими главной своей задачей борьбу с государством и переустройство общества, и анархистами этическими (или, как их чаще называли, мистическими), которые были убеждены в том, что начинать надо с нравственного совершенствования личности, следуя кропоткинским принципам ненасилия, самоорганизации, взаимопомощи и солидарности. Наиболее крупной фигурой среди них был Аполлон Андреевич Карелин (1863–1926), народоволец и профессор Высшей школы социальных наук в Париже, автор книги «Вольная жизнь», развивавший этическое направление в анархизме. Неоднократно арестовывавшийся на родине, он жил в эмиграции (в США он редактировал анархический журнал «Голос труда», который высоко оценивал Кропоткин). Вернувшись в Россию с идеей духовного рыцарства, он стал создавать кружки («ордена») саморазвития и совершенствования, чем-то отдаленно напоминавшие кружок «чайковцев». Участники орденского движения называли себя «тамплиерами», хотя ничего общего со средневековым орденом храмовников они не имели. Это было духовное движение среди интеллигенции, к которому примыкали такие деятели театра и кино, как Юрий Завадский, Сергей Эйзенштейн, артист Художественного театра Михаил Чехов…

Когда Аполлон Карелин умер в марте 1926 года, гроб с его телом был доставлен в музей Кропоткина, где состоялась гражданская панихида, и оттуда — на Новодевичье кладбище. В похоронах участвовало около полутора тысяч человек. Это была последняя массовая акция анархистов, разрешенная властями. Ученик Карелина Алексей Солонович продолжил его дело. Он окончил в 1914 году физико-математический факультет Московского университета и был профессором МВТУ имени Баумана. Следуя заветам «позднего» Кропоткина, он говорил: «Сущность анархизма — в вечном беспокойстве, вечном отрицании, вечном искании… Ибо в них — свобода и правда». И еще он писал в своих тетрадях о том, что «гармония между личностью и обществом недостижима, но она служит двигателем дальнейшего развития. Надо только не опускаться до уровня масс, а поднимать каждого индивидуума до уровня личности…». Это было развитие кропоткинских представлений об этической подготовке людей. А тогдашнюю власть он охарактеризовал такими словами: «Большевики являются не более не менее, как акционерным обществом жрецов капитала, облаченного в порфиру государственной власти, и как все конкистадоры, увешаны оружием, хвастовством и неизбывным лганием перед массами». Арестованный в 1936 году, он умер в 1937-м в результате объявленной им голодовки.

С рукописными тетрадями Солоновича познакомился и опубликовал их частично в своей книге «Канатоходец» в 1994 году его ученик Василий Васильевич Налимов (1910–1997), философ и математик, работавший с академиком А. Н. Колмогоровым. Он дважды прошел через ГУЛАГ. Изучая книги Кропоткина, Налимов обратил внимание на то, что, «…несмотря на свою приверженность позитивистки ориентированной науке, он был, по существу, христианином…». «Разве… концепция всеобщей взаимопомощи не близка христианскому принципу всеобщей любви?» — вопрошает он в другой своей книге «Разбрасываю мысли», изданной уже после смерти ее автора в 2000 году. Налимов участвовал в собраниях, проходивших в подвальном помещении музея, вспоминая потом, что именно там, на этом «островке свободной мысли», он «впервые почувствовал ее дыхание».

Власть увидела угрозу в деятельности содружества последователей Кропоткина. На рубеже 1920-х и 1930-х годов были арестованы Боровой, Пальчинский, Карелин и другие, закрыта анархическая секция комитета. На вечере памяти Бакунина 1 июля 1926 года было сорвано выступление вдовы Кропоткина Софьи Григорьевны, когда она, как писала тогда «Вечерняя Москва», «осмелилась сказать, что у нас нет ни свободы печати, ни свободы слова». Публика, по словам корреспондента газеты, не смогла выдержать «выходки и ребяческие утверждения анархистов» и «старой Кропоткиной не пришлось закончить свою речь».

В конце 1933 года В. Н. Фигнер заявила о снятии с себя полномочий председателя комитета, но, уступив просьбе товарищей, согласилась остаться его почетной председательницей. В начале 1930-х годов С. Г. Кропоткина съездила в Лондон и организовала перевозку в Москву остававшегося там кропоткинского архива: он был размещен в музее. Здесь время от времени проходили собрания памяти Кропоткина, но с ограниченным количеством участников. Музей часто закрывался по разным причинам. Хотя формально запрета на имя Кропоткина не было, но неодобрительное отношение власти чувствовалось. Началась эпоха «переписывания» истории, в которой не оставалось места ни революционерам-народникам, ни, тем более, анархистам. Одним из последних заходил в музей 10 февраля 1938 года академик В. И. Вернадский. В дневнике он записал свои впечатления: «…Анархистов там теперь нет… Нет прочного положения. Вдова Кропоткина не хочет обращаться за утверждением. Только недавно обратилась за пенсией». На содержание музея средств не было. Софья Григорьевна подписала акт о передаче музея и всех его экспонатов государству, а в 1940 году он был официально закрыт. Материалы экспозиции переданы Музею революции, в Центральный государственный архив Октябрьской революции (ЦГАОР), книги из личной библиотеки П. А. Кропоткина — Музею книги при Библиотеке имени В. И. Ленина. Софья Григорьевна поселилась в Дмитрове. 17 декабря 1942 года она скончалась.

Изучение личности и взглядов П. А. Кропоткина в СССР активизировалось только в 1970-е годы — во многом благодаря усилиям известного историка Натальи Михайловны Пирумовой (1923–1997), которая в 1972 году издала первую научную биографию Кропоткина. Позже была создана комиссия Академии наук по творческому наследию Кропоткина, возникла неформальная группа молодых историков по изучению идей анархизма, делались попытки воссоздать музей на Кропоткинской, здание которого в то время принадлежало Министерству иностранных дел. Сейчас у него другие хозяева, но музея по-прежнему нет — экспонаты его рассредоточены по разным коллекциям, а многих уже и не отыскать. Не раз делались попытки создать музей Кропоткина в Дмитрове, в его бывшем доме, но и они пока не увенчались успехом.

…В 1922 году в помещении музея в Кропоткинском переулке, только что учрежденного в соответствии с постановлением ВЦИКа, состоялся вечер памяти Кропоткина. Выступившая на нем председатель Кропоткинского комитета народоволка Вера Фигнер, более двадцати лет проведшая в одиночной камере Шлиссельбурга, говорила: «Ну что из того, что я скажу, что меня поражала необыкновенная подвижность Петра Алексеевича? Что из того, что я скажу, что с первого же раза, не зная, что и другие так зовут его, я стала звать его „Красным солнышком“? Суть в том, что в душе своей ощущаю Петра Алексеевича не на деловых заседаниях в Париже, а того юношу-офицера, который на высоте Азиатского хребта стоит с восхищенными казаками, указывая на струящиеся воды Амура»…