Действительно, Лионский процесс и заключение в тюрьму необычайно усилили популярность Кропоткина. Сразу же началась кампания за его освобождение. В Национальном собрании Франции около сотни депутатов проголосовали за амнистию всех заключенных по Лионскому процессу. Потом это предложение поддержали в адресованной президенту республики петиции деятели науки и культуры Англии и Франции. Среди них были английские писатели Бернард Шоу и Герберт Уэллс, поэт Алджернон Чарлз Суинберн, философ Герберт Спенсер, французский астроном и писатель Камилл Фламмарион и др. Возглавлял список подписей прославленный патриарх французской литературы Виктор Гюго.

В петиции говорилось: «Мы, нижеподписавшиеся британские граждане и другие — художники, люди науки и писатели — обращаемся к Вашему милосердию от имени князя Петра Кропоткина, приговоренного в Лионе к пяти годам заключения во французской тюрьме. Между тем его исследования Сибири и Финляндии рассматриваются всеми как образец научного изучения. В России Императорское Географическое общество опубликовало его большой труд, в котором он представил результаты своего обследования геологической системы Финляндии. Во Франции он известен как автор важнейших глав, касающихся России, в „Geografie Universale“ Элизе Реклю, в Англии — по постоянному сотрудничеству в последние годы в таких периодических изданиях, как „Proceedings of the Royal Geographical Society“, „Nature“, „Fortithnigly Revue“, „Nineteenth Century“; сверх того им написана большая часть статей по российской географии в новом издании „Британской энциклопедии“. Будучи уверены в том, что в его отсутствие большая часть этого останется незавершенной, в интересах науки, совпадающих с интересами человечества, мы умоляем Вас вмешаться и позволить ему вернуться к занятиям, которым он посвятил свои высокие дарования. Мы подаем эту апелляцию в твердой уверенности, что вынесенный ему приговор практически означает приговор к смерти. Известно, что его здоровье, подорванное тяготами, испытанными им во время путешествий в Сибири, в дальнейшем было ослаблено длительным пребыванием в качестве политического заключенного в русской крепости… Лишение его свежего воздуха и телесной свободы неизбежно приведет к обострению его нездоровья, усугублению его физических страданий и преждевременной смерти. В надежде, что Вы благосклонно воспримете эту петицию…»

Обращение к президенту повторялось ежегодно, и каждый раз число сторонников амнистии возрастало, пока освобождение, наконец, не произошло через три года. Но этого времени Кропоткину было вполне достаточно, чтобы дополнить свои русские тюремные впечатления французскими. После суда два месяца осужденные находились в Лионской тюрьме. Эта тюрьма была построена недавно, однако современная архитектура нисколько не облагородила «внутреннее» содержание этого учреждения. Кропоткина поразила мысль, что очень часто, быть может, даже в большинстве случаев с помощью тюрьмы общество наказывает невинных людей более сурово, чем преступников. Заключенный привыкает к условиям, в которых он должен находиться, и постепенно их как бы не ощущает. В то же время гораздо более жестоко наказаны его жена и дети, если он был их кормильцем, — причем они-то наказаны явно несправедливо.

В марте 1883 года многих узников перевезли в центральную тюрьму Клерво, расположенную в бывшем монастыре Святого Бернара, вблизи деревушки из нескольких домиков. Софья Григорьевна поселилась в этой деревне и каждый день приносила мужу обеды, поскольку, едва он попал в тюрьму, как признаки старой болезни, приобретенной за два года в Петропавловской крепости, проявились снова. В сравнении с петербургскими тюрьмами условия в Клерво были весьма благоприятными. Заключенные имели возможность свободно общаться друг с другом, возделывать огород под окном, заниматься любым делом на выбор. А главное, «с воли» писать в Клерво можно было сколько угодно и что угодно, правда, для передачи написанного за пределы тюремных стен существовала цензура: политические темы затрагивать запрещалось. И Кропоткин снова обратился к географии, к жизни животных, к ледникам. Он правил корректуру статей для «Британской энциклопедии», написал статью о пластичности льда для Французского научного обозрения, для Лондонского географического общества статью педагогической направленности — «Какой должна быть география?». Ряд набросков сделан в Клерво для статей о взаимной помощи среди животных, о природных истоках человеческой нравственности.

Находясь в тюрьме, Кропоткин не чувствовал одиночества, ощущая постоянно поддержку в европейских интеллектуальных кругах. Академия наук Франции выразила солидарность с заключенным тем, что предоставила Кропоткину в пользование свою библиотеку. Книги из своей личной библиотеки ему присылал автор популярной тогда «Жизни Иисуса» Эрнест Ренан. На свидание с узником приезжал сам Камилл Фламмарион, астроном и популяризатор науки.

Во французской тюрьме Кропоткин устроил настоящий «университет» для заключенных. Своим товарищам по камере он читал лекции по геометрии, физике, астрономии, оказывал помощь в изучении иностранных языков. Учились все, а «камрад Пьер» был единственным «профессором». Условия тюрьмы позволили ему спокойно приступить к работе над книгой о французских и русских тюрьмах. В ней он хотел прежде всего рассказать о бесчеловечности тюремно-каторжной системы в Российской империи, а затем, сравнив ее с системой более цивилизованной, французской, доказать, что улучшение условий содержания заключенных, безусловно, важно, но не меняет сути дела, поскольку никакая тюрьма, как бы она ни была совершенна, не исправляет ее узников. Тюрьмой общество лишь мстит преступнику за содеянное.

В годы, когда Кропоткин находился в заключении, он совсем не выступал как революционный публицист, но и тогда его прежние работы продолжали издаваться в разных странах. Правда, количество изданий, которых обычно за год было более сорока, сократилось вчетверо. И все же перерыва не было — в каждый из трех тюремных лет выходило до десяти его публикаций. Своеобразным аккомпанементом всего периода заключения было появление во многих странах Европы воззвания «К молодежи». Первый раз эта брошюра была отпечатана на русском языке друзьями-эмигрантами в Женеве, как раз во время Лионского процесса. Вскоре в Варшаве появился польский перевод, потом — английский, итальянский. Пока Кропоткин сидел в Клерво, его воззвание было напечатано на разных языках восемь раз. Издание этой прокламации продолжалось и в последующие годы. В ней говорилось: «Молодые люди, я обращаюсь сегодня исключительно к вам. Пусть… старые духом и сердцем оставят эту книгу и не утомляют даром глаз чтением, которое им ничего не даст… Если священный огонь, который горит в вас, лишь тлеющий уголь, то продолжайте делать то, что вы делаете… Но если сердце ваше бьется в унисон с сердцем человечества… то… в хаосе всемирной борьбы, сопровождающейся воплями побежденных и оргиями победителей, ожесточенных схваток героизма с трудностью, вдохновения с пошлостью, — разве можете вы оставаться пассивными!»

Кропоткин отчетливо видит, что молодежь разделяется на два лагеря: активных борцов и пассивных созерцателей. Что мешает молодым людям переходить из второго, пребывание в котором бесплодно, в первый, существованием которого определяется прогресс человечества? Кстати, когда он сам сделал этот переход? Весной 1872 года, когда Клеменц привез его к «чайковцам»? А может быть, еще в Сибири? Но ведь и у него были сомнения и колебания, еще тогда, в Никольском… И он пишет, обращаясь к молодежи, о том, как важно это решение принять вовремя: «Если вы одна из тех дряблых натур, которые легко мирятся со всем и при виде самых возмутительных фактов ограничиваются пустыми словами и утешаются кружкой пива, тогда, конечно, вы быстро свыкнетесь с этими контрастами и постараетесь, чего бы ни стоило, стать поскорее в ряды привилегированных, чтоб не попасть, как-нибудь, в число угнетенных. Но если вы человек, если вы реагируете соответствующим поступком на каждое ваше чувство, если животные инстинкты не убили в вас окончательно мыслящего существа, тогда, выходя из дома нищеты и страданий, вы скажете: это несправедливо, это не должно идти так дальше! В этот день вы поймете, что такое социализм… вы перейдете на сторону угнетенных, потому что вы узнаете, что прекрасное, великое, — словом, сама жизнь — там, где борются за истину, за свет, за справедливость!»