Сохранились две рукописи романа. На первой рукописи (Центральный государственный архив литературы и искусства СССР — ЦГАЛИ), имеющей название: «Воля. Уральская летопись» и представляющей собой разрозненные листы первоначального незавершенного варианта романа, есть дата, указывающая начало работы: «29 января 1887 г.». По этой рукописи роман начинался сценой оглашения священником манифеста об отмене крепостного права, — таким образом, первая глава здесь соответствует восьмой главе окончательной редакции; остальные главы в переработанном виде также вошли в окончательный текст романа.

Вторая рукопись (Свердловский областной архив), имеющая название: «Три конца. Уральская летопись», датирована: «1 сентября 1887 г.». Эта рукопись содержит четыре законченные и пятую незаконченную части, текст которых близок к окончательной редакции романа. Существенно отличается только изображение взаимоотношений Петра Елисеевича Мухина с работницей Катрей. В роман не вошли, например, сцены, в которых описаны женитьба Мухина на Катре, рождение у них сына.

При этой рукописи хранятся разрозненные листы, представляющие собой варианты отдельных глав второй и третьей частей романа.

Сохранился также следующий черновой набросок плана второй части романа (ЦГАЛИ): «1 — Семья Коваля. 2 — Семья Горбатого. 3 — Рачителиха: Морок Илюшку отдает Груздеву. 4 — Поездка на Самосадку. 5 — Свидание француза с матерью. 6 — Толки о земле: брат Мосей, „круг“ и избиение Макарки. 7 — Страда: толки о воле… Покос Деяна. 8 — Ходоки. 9 — Фабрика задымилась. 10 — Бабы и „свой хлеб“. 11 — Переезд Груздева в Мурмос: заем денег у Мухина. 12 — Проводины ходоков».

Тяжелая жизнь задавленного нуждой уральского горнозаводского населения в пореформенный период интересовала Мамина-Сибиряка со студенческих лет. Еще в 1875 году в письме к отцу он просил собирать факты, характеризующие жизнь «фабричных, рудниковых, беглых, знаменитых разбойников. Словом, всякий факт, резко выделяющийся впереди других, как характеризующий прошлое и настоящее Урала… Также факты встречи малоросов с раскольниками на Урале и первые шаги их взаимной жизни» (Всесоюзная библиотека им. В. И. Ленина).

В произведениях 1881–1889 годов — очерках «От Урала до Москвы» (1881–1882), «Сестры» (1881), рассказах «Родительская кровь» (1885), «Самородок» (1888), «Морок» (1888) и других — Мамин-Сибиряк дал замечательные картины горнозаводского быта и создал ряд образов, близких к образам романа «Три конца», однако наиболее полное воплощение этот быт получил лишь в данном произведении, работа над которым была начата в январе 1887 года.

После небольшого перерыва (летом 1887 года) Мамин-Сибиряк, приступив в сентябре того же года к продолжению работы над романом, писал брату Владимиру: «Сейчас пишу „агроматный“ роман из заводского быта „На воле“ и думаю попытать с ним счастья в „Вестнике Европы“ — где наша не пропадала. Работы хватит месяца на три, и вещь выйдет хлесткая» (письмо от 6 сентября 1887 г. — ЦГАЛИ).

Но закончить роман в предполагаемый срок писателю не удалось. Работа была снова прервана, на этот раз, примерно, на половине, что видно из переписки с В. А. Гольцевым, а также из письма к профессору Д. Н. Анучину от 27 сентября 1888 года. «Прошлую осень, — сообщал писатель Д. Н. Анучину, — сидел над романом специально из заводской жизни, но бросил его на половине — кончу когда-нибудь после…» («Записки отдела рукописей Всесоюзной библиотеки им. В. И. Ленина», вып. 2, 1939.)

В. А. Гольцеву он писал 11 марта 1888 года: «Осенью было начал „агроматнеющий“ роман из горнозаводского быта, но засел на второй части — очень уж велик выходит. Десять печатных листов написал и сам испугался. Теперь и не знаю, что делать: то ли продолжать, то ли расколоть его на мелкие части. Мелкие вещи автору писать выгоднее и легче в десять раз, но бывают темы, которых не расколешь, как и настоящая. Дело вот в чем: завод, где я родился и вырос, в этнографическом отношении представляет замечательную картину — половину составляют раскольники-аборигены, одну четверть черниговские хохлы и последнюю четверть туляки. При крепостном праве они не могли слиться, а „на воле“ это слияние произошло само собой. Словом, картина любопытная во всех отношениях, тем более что о заводах ничего нет в литературе» («Архив В. А. Гольцева», т. I, 1914).

Работа над романом возобновилась только осенью 1889 года. «Пишу роман из заводской жизни, — сообщал писатель В. А. Гольцеву, — в частности о заводских рабочих. Название „Три конца“. Происхождение названия от слова „конец“ в новгородском смысле, потому что на описываемом мной заводе сошлись раскольники (коренное население), туляки и хохлы (переселенные из внутренних губерний на Урал) — отсюда кержацкий конец (на Урале раскольников зовут кержаками — на заводах, а по деревням двоеданами), хохлацкий конец и туляцкий конец. Завязкой служит постепенное сближение этих трех концов… Собственно, странно самое название „роман“, а в действительности это бытовая хроника». (Там же.)

Однако и на этот раз писателю не удается закончить роман, этому помешала болезнь, о чем он писал В. А. Гольцеву 5 февраля 1890 года: «Прошлый год я весь прохворал, так что не успел доделать своего романа к январю». (Там же.)

В этом же письме Мамин-Сибиряк сообщал, что он на днях вышлет в редакцию «Русской мысли» первую половину романа. А 7 июля того же года писал брату: «Роман кончил и отправил на днях…»

Таким образом, Мамин-Сибиряк работал над романом «Три конца», с перерывами, в течение трех с половиной лет.

Изменив первоначальное намерение печатать роман в «Вестнике Европы», писатель решил опубликовать его в журнале «Русская мысль», в связи с чем писал В. А. Гольцеву: «Всего выйдет около 25 печатных листов, — размер не особенно страшный, хотя все-таки довольно опасный. На Вашу благосклонность не особенно рассчитываю, потому что знаю, как редакция „Русской мысли“ относится к моим романам.

Для меня лично писать романы — прямой убыток, но что будешь делать, если у человека такое уж „влечение — род недуга“… Во всяком случае, интересно будет знать Ваше строгое и беспристрастное мнение, а место роману найдем». (Там же.)

О характере переработки отдельных глав романа перед его печатанием в журнале можно судить по письму Мамина-Сибиряка к В. А. Гольцеву от 30 апреля 1890 года: «Ваше желание уничтожить роман Мухина с Катрей — мое собственное, хотя я и не успел его оговорить, посылая рукопись. Действительно, совершенно лишний эпизод, особенно рядом с такими же случаями других действующих лиц… Другое Ваше желание относительно сокращений я понимаю, как нежелание с Вашей стороны понять всей сжатости моей летописи… Право же, пугающий Вас объем не погоня за лишним печатным листом, а только предел необходимости: выгораживаешь каждую страничку, как место где-нибудь на маленьком пароходе». (Всесоюзная библиотека им. В. И. Ленина.)

Один из основных эпизодов романа, попытка рабочих Ключевского завода вырваться из тисков эксплуатации и переселиться на «свободные земли», основан на подлинном факте — переселении весной 1862 года значительной части рабочих Висимо-Шайтанского завода в степь, на так называемые «свободные земли». Об этом переселении Мамин-Сибиряк писал в 1881 году в очерках «От Урала до Москвы»: «После воли, то есть 19 февраля, пригнанное население Тагильских заводов сильно заволновалось; прошли слухи о каких-то свободных землях в Челябе, то есть на реке Миасе, в Оренбургской губернии, и все в один голос заговорили о „своем хлебе“. Особенно поучительна была в этом случае судьба Висимо-Шайтанского завода, из которого хохлы и туляки послали по ходоку, чтобы доподлинно разузнать все на месте… Несколько сот семей пораспродали свои дома, разный домашний скарб и двинулись в путь. Дело кончилось тем, что все семьи, которые только имели возможность, вернулись обратно…» (очерк «Тагил»).

Большое место в романе занимает описание жизни раскольников, составлявших значительную часть горнозаводского населения Урала, быт и нравы которых писатель изучал на протяжении многих лет. Раскол интересовал Мамина-Сибиряка прежде всего как своеобразная форма протеста против официальной церкви. «С именем раскола, — писал он в очерках „От Урала до Москвы“, — обыкновенно связано, как его главная основа, учение о двоении аллилуйи, двуперстном сложении креста, хождении посолонь и т. д. Миссионеры выбиваются из сил, чтобы доказать раскольникам их заблуждения, но ведь здесь дело не в хождении посолонь и не в двоении аллилуйи, а в чем-то другом, что лежит глубже этих формальных проявлений целого народного миросозерцания, купленного потом и кровью тысяч страдальцев; вот до этого „что-то“ миссионерам никогда не добраться, пока они не будут видеть за формализмом раскола его живую душу» (очерк «Тагил»).