А пока Вильнёв застрял в Тулоне, Миссиесси томился ожиданием и не понимал, что происходит. Он отремонтировал суда и начал выполнять другие приказы императора — захватывать британские поселения на островах Вест-Индии и разрушать те, которыми нельзя завладеть. Он захватил более тридцати английских торговых судов.

1 февраля к нему послали бриг, чтобы сообщить о неудаче Вильнева. Четыре недели спустя был направлен еще один бриг: адмиралу Миссиесси было предписано оставаться там, где он находился. Последнее сообщение не дошло до Миссиесси, и, не дождавшись Вильнёва, он покинул Вест-Индию. 20 мая адмирал вернулся домой. Хотя он все делал правильно, Наполеон был очень недоволен: его планы не выполнялись.

Вильнёв был пассивен, но оставался на своем посту, а Миссиесси выполнил все приказы Наполеона и Декрэ, но впал в немилость. Пришло письмо-жалоба от губернатора Гваделупы, в котором говорилось о том, что Миссиесси оставил остров без защиты против англичан. 49-летний адмирал был разочарован отношением к нему со стороны Наполеона и тяжело заболел.

18 марта скончался главнокомандующий Национальной флотилией адмирал Брюи. Он был не первым и не последним высокопоставленным служащим Наполеона, чье здоровье было разрушено колоссальными умственными и физическими нагрузками.

В водах Бреста продолжалась дуэль двух видных флотоводцев — Уильяма Корнуоллиса и Оноре Гантома. Два года англичанин продержал французский флот взаперти. Наполеон возлагал большие надежды на Гантома — тот должен был обеспечить высадку в Ирландии, что предполагало последующее восстание местного населения против англичан, затем нападение на британцев в Вест-Индии и, наконец, прикрытие большой высадки в Англии.

Император приказал Гантому выйти в открытое море 26 марта и выполнить первую часть программы (высадку в Ирландии). Не видя иных способов прорвать блокаду, кроме как вступить в бой с англичанами, Гантом обратился за разрешением к императору. Адмирал имел двадцать один корабль, англичане — пятнадцать судов. Однако Наполеон не позволил немедленно вступить в бой, и флот Гантома остался в порту.

Тем временем гордость и уязвленное честолюбие Вильнёва все же заставили его отважиться на новый прорыв. 30 марта под покровом ночи он вышел в Средиземное море, счастливо избежав встречи с Нельсоном.

Итак, значительная часть имперского флота могла оперировать на просторах Мирового океана. Наполеон был обрадован и ждал новостей. Он надеялся на то, что Гантом последует примеру Миссиссси и Вильнёва. Вильнёв, Гантом и Миссиесси должны встретиться на Мартинике и взять на борт солдат, находившихся в Западной Индии (император еще не знал о возвращении Миссиесси). Англичане обязательно бросятся в погоню за французскими эскадрами и тем самым ослабят свою защиту в проливе. Французские эскадры вернутся в европейские воды, усилятся за счет других судов, нанесут англичанам решающее поражение и обеспечат высадку на Британские острова.

Вильнёв не знал, что флот Гантома все еще заблокирован. Он взял курс на юг, полагая, что Нельсон находится в водах вблизи Барселоны.

С момента своего последнего назначения Нельсон провел в бассейне Средиземного моря целых два года. Он почти все время находился на палубе флагманского корабля «Виктори» (Victory). Базами его флота были Мальта и Гибралтар. Тактика Нельсона состояла в том, чтобы не подходить к вражескому порту на слишком близкое расстояние и создавать у врага иллюзию возможности беспрепятственного плавания. Если французы поддадутся на провокацию и выйдут в открытое море, то будут уничтожены.

«Мы предложили врагу все возможности выйти в море — и с тем, как мы используем свои шансы, связаны надежды и ожидания нашей страны», — писал Нельсон.

Он держал в важнейших точках наблюдения по одному фрегату, в то время как весь флот находился на некотором расстоянии от этих точек. Корабли были рассеяны от Балеарских островов до Сардинии и Корсики, каждый из них патрулировал определенный сектор моря. Один из быстрых фрегатов находился поблизости от флагманского корабля и должен был оперативно собрать весь флот в случае необходимости. Нельсон осознанно ушел в воды Барселоны, выманивая Вильнёва, а затем направился на восток, к Родосу, продолжая караулить египетское направление.

Вильнёв встретил торговое судно и узнал у его капитала о движениях Нельсона. Затем он направился к Балеарским островам, чтобы в случае необходимости укрыться в их бухтах. Избежав опасности, он направил свои корабли к югу, а следом — к западу.

Он оторвался от Нельсона, благополучно пройдя Гибралтарский пролив. Это вызвало радость у Наполеона и шок у англичан. Акции на Лондонской бирже значительно упали в цене.

Повторялась история 1798 года: Нельсон снова упустил французов и был обвинен в этом. «Французы могут вырваться, когда хотят», — заявила одна светская дама.

Нельсон уплыл в восточном направлении, и теперь вынужден был медленно возвращаться, двигаясь против ветра. Он начал многообещающую погоню. Как и семь лет назад, он не имел ни малейшего представления о планах французского флота. И снова, как тогда, он достиг Сицилии. Затем он устремился к Гибралтару.

Когда Нельсон добрался до Гибралтара, Вильнёв успел скрыться за западным горизонтом. До этого он прошел через Картахену, где послал сигнал единственному находившемуся там французскому кораблю и пятнадцати испанским боевым судам. Вслед ему направились семь судов — шесть испанских и одно французское. Испанские корабли вел адмирал Гравина. Флоты двух стран соединятся на Мартинике.

Вильнёв не хотел принимать испанцев в свою эскадру, поскольку знал, что в Картахене свирепствовало заболевание, подобное гриппу. Он не желал, чтобы испанцы заразили его людей — моряков и солдат.

Нельсон дал приказ продолжить погоню в западном направлении. Он чувствовал себя плохо, как признался в письме старому другу, и страдал от морской болезни.

Этим другом был адмирал Джордж Кэмпбелл, который служил в португальском флоте. Кэмпбелл оценил сложившуюся с погоней за Вильнёвом ситуацию и убедил Нельсона в том, что французы должны были уплыть именно на запад (все прошедшие дни Нельсон сомневался в этом).

Нельсон был главнокомандующим средиземноморским флотом Англии, и формально ему нечего было делать в Западной Индии. Однако долг звал его в другое полушарие планеты. Он заявил:

«У меня была тысяча страхов за Ямайку — это удар, который Буонапарте был бы счастлив нам нанести. Я плыву в направлении Западных Индий без всяких приказов, но я думаю, что министерство не будет выражать недовольство... Я человек... доброй старой школы и приучен ценить значение наших владений в Западной Индии».

Между тем в Адмиралтействе произошли перемены. Дандас, лорд Мелвилл, был обвинен палатой общин в коррупции и 30 апреля был вынужден уйти в отставку.  Питт потерял одного из своих доверенных лиц.

Наполеон велел предать гласности дело Мелвилла. По его указанию был напечатан специальный памфлет о причинах отставки первого лорда Британского адмиралтейства и продажности английской номенклатуры в целом, получивший широкое распространение.

Новым главой ведомства стал 78-летний адмирал сэр Чарльз Миддлтон лорд Бархэм. Ранее он занимал должность контролера военно-морских сил Великобритании и много сделал для повышения эффективности флота. Несмотря на почтенный возраст, Миддлтон сохранял энергию и принял живое участие в событиях в Западной Индии, направив туда несколько боевых кораблей.

Эти суда должны были стать подспорьем Нельсону, который также провел перегруппировку сил: он оставил двадцать из двадцати трех быстроходных кораблей в Средиземном море, а сам отправился в экспедицию через Атлантику, имея десять линейных судов и три фрегата. У Вильнёва было в два раза больше кораблей. Это соотношение немного изменилось, когда Коллингвуд оказался в состоянии направить еще два боевых судна в помощь Нельсону.

Лорд Бархэм узнал о том, что 16 мая Вильнев достиг Мартиники. Опытный адмирал опасался скорого появления французского флота вблизи Англии и приказал Уильяму Корнуоллису направить десять боевых кораблей для усиления малой флотилии Коллингвуда, охранявшей пролив. Он планировал объединить оставшиеся силы — двенадцать кораблей Корнуоллиса, находившихся вблизи Бреста, пять кораблей, блокировавших Рошфор, и еще несколько судов, находившихся в английских портах, — в случае нападения Вильнёва.