Антонина Милюкова, после короткого пребывания в столице на похоронах мужа, снова приехала из Москвы, чтобы присутствовать на панихиде в Александро-Невской лавре на девятый день. Последние годы жизни она беспрерывно скиталась по чужим углам. Положение «замужней женщины» без мужа все более усуглубляло ее угнетенное психическое состояние. Пенсии в 100 рублей в месяц, оставленной ей по завещанию, не хватало. 8 декабря 1893 года она обратилась к министру Императорского двора Воронцову-Дашкову с отчаянной просьбой о назначении ей пенсии за умершего мужа, но результата не последовало. В письме к министру она подробно рассказала обо всей своей недолгой жизни с Чайковским и упоминала, что якобы осенью 1892 года в Александровском саду в Москве тот поджидал ее и молча шел за ней следом — несомненный плод ее несчастного воображения.
Она переехала в Петербург и поселилась недалеко от лавры, куда часто ходила навещать могилу мужа. В декабре 1893 года петербургские газеты напечатали интервью с ней, а в апреле следующего года появились ее воспоминания о покойном. Через два года у нее резко обострилась мания преследования: она искала духовной помощи у Иоанна Кронштадтского, но пастырь ее не принял, очевидно, по причине ее ярко выраженного клинического состояния. В октябре 1896 года Антонина попала в больницу для душевнобольных Святого Николая Чудотворца, где ей поставили диагноз «хроническая паранойя». Там она провела четыре года. Выйдя в феврале 1900 года, она возвратилась туда же в июле 1901-го. Вскоре, после вмешательства Анатолия, ее перевели в более комфортабельное загородное учреждение — дом призрения душевнобольных на станции Удельная. Судя по сохранившейся истории болезни, острые приступы бреда, галлюцинаций часто сменялись периодами спокойного и вполне разумного поведения. Модест до конца своих дней периодически навещал ее в лечебнице. Антонина Чайковская умерла 18 февраля 1917 года от воспаления легких, могила ее на Северном кладбище не сохранилась. Так окончились для нее отношения, начавшиеся с невинного любовного письма к молодому консерваторскому профессору. В своих воспоминаниях она не позволила себе ни единого дурного слова о покойном муже, уже обретшем бессмертие.
Изощренных и высокотворческих интеллектуалов часто тянет в мир менее развитых простых людей. Как правило, такое сближение не обретает благополучия и смысла, даже там, где тяга взаимна и движима мощным эросом — обычно за этим следует взаимное страдание, но и созидание, на нем построенное, и шедевры, из него извлеченные. Увы — если страдания и бывают обоюдными, то творчество претворяется в жизнь скорее за счет «голубоглазых» и «темных разумом», как об этом писал Томас Манн. Потому последним, сколь бы убогими личностями они время от времени ни оказывались, принадлежит справедливое и законное место в биографии великого человека.
Чувство вины и сомнений в правильности шагов, предпринятых в отношении Антонины Милюковой после расставания с ней, сопровождали Петра Ильича всю его оставшуюся жизнь. Он называл жену своей «ужасной раной». И, несмотря на все наши симпатии к нему, оправдать его трудно. Обвиняя его в обмане и предательстве, она была, в сущности, права — хотя бы потому, что ему надлежало с самого начала сказать ей правду о своих склонностях, и, если бы она не смогла этого понять, а следовательно, принять ответственное решение, надо было отказаться от самой идеи брака. В этом смысле он, конечно, сломал ей жизнь — безответственностью, экстравагантностью, эгоизмом, — что не так уж удивительно, ибо личности гениальные уже в силу собственных, находящих выражение в их творчестве страстей обречены губить людей, близких и далеких. Гениальность, однако, не оправдание, и то, что он, хотя и не часто, но испытывал угрызения совести по поводу загубленной им женщины, делает ему некоторую честь. Избрав себе другого супруга, столь же умственно и эмоционально ограниченного, как она сама, Антонина могла бы превратиться в ничем не примечательную домохозяйку и без труда обрести покой и безбедность.
Можно ли, в свою очередь, сказать, что если бы и Петру Ильичу посчастливилось связать себя с умной, тонкой, способной понять, принять и простить, во всех отношениях достойной его женщиной — такой, например, как Арто, — сумел ли бы он в таком случае достигнуть семейного счастья, несмотря на свои «амуры другого рода»? Вопрос проблематичный и даже несколько праздный. Желанный альянс мог окончиться как слиянием душ, так и катастрофой, притом что второе, имея в виду ипохондрический его темперамент, кажется вероятней. Быть может, Арто знала, что делала, когда, убежав в Варшаву от своего жениха, вышла замуж за баритона Падиллу. Как бы то ни было, вряд ли оказалось случайностью, что женщиной, с которой он установил свои самые глубокие, самые возвышенные, поистине уникальные отношения, стала та, с которой он беседовал только в письмах и с которой ему ни разу не пришлось (из знания, уверенности, боязни?) общаться очно.
Модест Ильич нелегко переживал как смерть брата, так и разъезд с Колей Конради. Его бывший воспитанник, оставивший заметный след в жизни обоих братьев, вскоре после их разрыва, в 1894 году, женился, помирившись с Модестом лишь через несколько лет. Умер Конради в 1922 году в Петрограде.
Несмотря на все уговоры, Ларош отказался писать биографию композитора, поэтому в 1895 году младший брат сам приступил к ее созданию. Начиная с 1898 года она выходила отдельными выпусками в издательстве Юргенсона. К 1902 году было составлено три солидных тома «Жизнь Петра Ильича Чайковского, по документам, хранящимся в архиве покойного композитора в Клину».
В последние годы Модест Ильич продолжал писать пьесы и переводил сонеты Шекспира. Но главным его занятием этих лет явились основание Дома-музея Чайковского и обработка архива, оставшегося от покойного. В 1905 году, опасаясь пожаров, которых в окрестностях Клина становилось все больше вследствие революционных событий в стране, он вывез архив в Москву.
Модест Ильич часто бывал в Риме, полюбившемся ему с тех пор, когда они жили там втроем с Колей и братом. Князь Сергей Волконский вспоминал, что хотя и знал Модеста еще по Петербургу, но «по-настоящему узнал его в Риме», где они вместе провели много зим. Модест с племянником снимали квартиру у Пьяцца де Спанья, на левой стороне площади, в доме, где некогда жил Мендельсон. Римская концертная жизнь была близка Модесту: «…большинство учеников симфонического оркестра были его знакомые, а первая скрипка и первая виолончель, можно сказать, были его птенцы. <…> И сколько таких музыкальных карьер началось и продолжалось благодаря помощи Модеста Ильича! Кому инструмент, кому фрак для первого концерта, кому плата за уроки».
Подражая знаменитому брату, он и в России до конца своей жизни помогал талантливой молодежи найти свое призвание. Так, поэт Сергей Клычков, друг Есенина и Клюева, был обязан ему своей литературной карьерой. Память о брате композитора он «хранил как святыню». Модест Ильич не только помог окончить гимназию талантливому крестьянскому мальчику, но и в 1907 году способствовал опубликованию его стихов и рассказов. После этого 19-летний юноша вместе с ним и Александром Литке уехал в Италию, где на Капри познакомился с Горьким и Луначарским.
В конце жизни, словно предчувствуя упреки потомков за все умолчания и недоговоренности в биографии Чайковского, сознательно им сделанные в угоду времени, Модест Ильич написал, но не успел закончить «Автобиографию», где большую часть отводит интимным деталям жизни композитора. В самом начале он писал: «Если когда-нибудь заглянут в эту рукопись, на что я рассчитываю, но почти не надеюсь, — за интерес к моему тусклому существованию пусть будут вознаграждены тем, что я могу сказать о брате Петре».
Умер он 2 января 1916 года в Москве, покоится рядом с Бобом на Демьяновском кладбище, близ Клина. Князь Волконский вспоминал, что получил телеграмму о его кончине от единственного бывшего при нем человека — молодого скрипача, сына клинского мещанина, которого Модест устроил в консерваторию. Дом композитора он завещал Русскому музыкальному обществу. 26 августа 1921 года постановлением СНК РСФСР дом Чайковского в Клину был национализирован и стал государственным музеем. С 1919 года, вплоть до своей смерти в 1927 году, в нем работал брат композитора Ипполит.