Эмоциональная напряженность, вызванная эротическими переживаниями, продолжала сохраняться и нашла отражение в его лирике, становившейся все более и более зрелой. За исключением очень немногих стихотворений (таких как «Сухие, редкие, нечаянные встречи…»), его любовная поэзия лишена конкретно гомоэротического характера, ибо в подавляющем большинстве случаев пол адресата установить невозможно, или же им предполагается женщина по вполне понятным причинам, поскольку до появления Михаила Кузмина откровенно гомосексуальных произведений, как поэтических, так и прозаических, в русской литературе практически не существовало. Не вызывает, однако, сомнений, что по крайней мере в ряде стихотворений Апухтина, обращенных по форме к женщине, отразились его влюбленности в юношей, но это положение не может быть с точностью доказано без привлечения биографических документов и подробного стиховедческого анализа. Тем не менее есть основания считать, что поэт — в отличие от своего друга-композитора — был способен испытывать очень пылкие и при этом эротически окрашенные чувства к женщинам, в первую очередь к певице Александре Панаевой, которой он посвятил стихи, исполненные подлинной страсти (например, «Я ее победил, роковую любовь»). Считается даже, что она «была предметом многолетней неразделенной любви поэта». Насколько это было так, и в какой мере сочетались в его обожании ее поэтический миф, платонический пафос и чувственное желание, судить трудно. В любом случае, оно представляется много глубже кисло-сладкого романа Чайковского с другой певицей — Дезире Арто. Не забудем, однако, что в 1885 году Панаева вступила в брак с молодым другом Апухтина — Георгием Карцовым (двоюродным племянником братьев Чайковских), к которому он также был неравнодушен. Создавшаяся коллизия должна была в нем породить целую гамму эмоций, отчасти отразившуюся в его творчестве, не без влияния «своего рода культа» Панаевой-Карцовой, царившего в его ближайшем окружении. Чайковский посвятил ей Семь романсов (оп. 47).

Основные интонации, возникшие еще в юношеские годы, не исчезли из поэзии Апухтина до самого конца: душевные терзания, пристальный самоанализ, одиночество, ностальгия по прошлому, сплин. К этому добавились религиозные поиски, связанные с конфликтом плоти и духа и вызывающие в памяти аналогичные метания Петра Ильича. Сам поэт выразился о таком состоянии афористично:

Об этом же — быть может, вершинная его поэма «Год в монастыре» (1883). В конце 1880-х он приступил к работе над широко задуманным романом «без всякой тенденции», к сожалению, оставшимся незаконченным; за ним последовали две повести из современного быта и философско-фантастический рассказ, с успехом читавшиеся им в светских салонах. Проза Апухтина, впервые опубликованная после его смерти, выдает настоящего мастера, умного наблюдателя, точно описавшего формы людских отношений в различных кругах общества, равно как и перипетии любви между мужчиной и женщиной. Она не случайно вызвала восхищение Михаила Булгакова: «Апухтин — тонкий, мягкий, ироничный прозаик. <…> Какой культурный писатель!»

Узнав, что Чайковский удостоен звания почетного доктора Кембриджского университета и едет в Англию на торжественную церемонию, Апухтин написал стихотворение «К отъезду музыканта-друга», в котором подводит своеобразный итог их многолетним отношениям:

Известный русский юрист и общественный деятель Анатолий Федорович Кони вспоминал: «Последний раз в жизни я видел Апухтина за год до его смерти, в жаркий и душный летний день у него на городской квартире. Он сидел с поджатыми под себя ногами, на обширной тахте, в легком шелковом китайском халате, широко вырезанном вокруг пухлой шеи, — сидел, напоминая собой традиционную фигуру Будды. Но на лице его не было созерцательного буддистского спокойствия. Оно было бледно, и глаза смотрели печально. От всей обстановки веяло холодом одиночества, и казалось, что смерть уже тронула концом крыла душу вдумчивого поэта».

Семнадцатого августа 1893 года поэта не стало. Известие о кончине старейшего друга не затронуло композитора столь глубоко, как можно было ожидать. «Несколькими годами раньше, — отмечает Модест, — одна подобная весть подействовала бы на Петра Ильича сильнее, чем все эти вместе взятые теперь. <…> Об Апухтине он тоже говорил иначе, чем прежде об умирающих; чувствовалось, что теперь он не поедет, как бывало… за несколько тысяч верст, чтобы повидать друга перед вечной разлукой. Смерть точно стала менее страшна, загадочна и ужасна. Было ли это результатом того, что чувствительность с годами и опытом огрубела или испытанные им моральные страдания последних лет приучили видеть минутами в смерти избавительницу — не знаю».

Когда несколько недель спустя великий князь Константин Константинович попросил Чайковского написать «Реквием» на стихи Апухтина, тот отказался: «Меня немножко смущает то обстоятельство, что последняя моя симфония, только что написанная и предназначенная к исполнению 16 октября (мне ужасно бы хотелось, чтобы Ваше высочество услышали ее), проникнута настроением, очень близким к тому, которым преисполнен и “Реквием”. Мне кажется, что симфония эта удалась мне, и я боюсь, как бы не повторить самого себя, принявшись сейчас же за сочинение, родственное по духу и характеру к предшественнику». Означает ли это, что, создавая Шестую симфонию, он писал реквием по себе, как полагают некоторые авторы?

В письме от 26 сентября, окончательно отклонившем просьбу К. Р., сказано: «Есть и еще причина, почему я мало склонен к сочинению музыки на какой бы то ни было реквием, но я боюсь неделикатно коснуться Вашего религиозного чувства. В Реквиеме много говорится о Боге — судии, Боге — карателе, Боге — мстителе (!!!). Простите, Ваше высочество, но я осмелюсь намекнуть, что в такого Бога я не верю, или, по крайней мере, такой Бог не может вызвать во мне тех слез, того восторга, того преклонения перед создателем всякого блага, которые вдохновили бы меня». В этом письме прочитывается высокая степень расположения, оказываемая Константином Константиновичем композитору, и обаятельная манера Петра Ильича держать себя с высоким покровителем на равных.

Он настолько был занят симфонией, проблемами, связанными с Модестом и Бобом, гастролями, что весь остальной мир казался ему не важен, не существен, оставаясь неким фоном, декорацией. Внутренняя реакция на смерть Апухтина могла быть очень глубокой, но внешне оставалась сдержанной, во всяком случае, истерик не было. «В ту минуту, как я пишу это, — писал Чайковский Бобу Давыдову из Клина 20 августа 1893 года, — Лелю Апухтина отпевают!!! Хоть и не неожиданна его смерть, а все жутко и больно. Когда-то это был мой ближайший приятель».