Конечно, говорить о том, что поручик Брюс и молодой царь сразу стали близки друг другу, излишне. Служба Якова Вилимовича проходила под непосредственным командованием П. Гордона, который, как следует из его дневника, 17 сентября 1689 года был вызван царем в Александровскую слободу, где показывал ему учение солдат. 18-го Гордон проводил перед государем конное учение и боевую стрельбу. Такие же учения проходили 19-го в 10 верстах от слободы, в Лукьяновой пустыни, 20 и 21 сентября — в поле. В этих «марсовых потехах» поручик Брюс, безусловно, принимал участие.
В начале октября, после переселения Софьи в Новодевичий монастырь, Петр вместе со свитой и войсками возвращается в Москву. В этот период происходят новые назначения на государственные должности и учреждение полков, которым в будущем суждено будет вытеснить стрельцов. Всего было образовано 4 полка, в каждом из которых было по восемь тысяч человек. Первый — Гордона, второй — Лефорта, третий — Преображенский, четвертый — Семеновский. Позже Преображенский полк был распределен по кораблям на морскую службу.
Жизнь в Москве сопровождалась смотрами и учениями. Так, 22 февраля 1690 года, по случаю рождения наследника престола Алексея, в Кремле прошел смотр полков, закончившийся стрельбой. На следующий день, в воскресенье 23 февраля, совершено было над царевичем таинство крещения в Чудовом монастыре, а в 4 часа пополудни приходили с поздравлением два солдатских и остальные шесть стрелецких полков с той же церемонией, что и накануне.
Следующий парад войск, о котором сообщает П. Гордон, проходил в селе Воскресенском на Пресне. Царь выехал туда 26 февраля. По случаю Масленицы в Воскресенском был устроен фейерверк. Празднество началось пальбой из пушек, сначала из каждой в отдельности по два выстрела в цель, а потом залпами из всех пятидесяти холостыми зарядами. Затем происходил парад войск. Войска проходили перед государями маршем, а затем, разделясь на два отряда, произвели нечто вроде примерного сражения, сопровождавшегося пальбой залпами. Когда стемнело, зажгли фейерверк на переднем дворе Пресненского дворца, он горел в течение двух часов. Затем на внутреннем дворе этого дворца был сожжен другой фейерверк, еще больших размеров, приготовленный самим царем и продолжавшийся три часа. По всей вероятности, техническую сторону обустройства обеспечивал зять П. Гордона Рудольф Страсбург (умер в 1692 году), который занимался фейерверками и «гранатным делом».
В мае того же 1690 года в Преображенском происходили особенно энергичные военные упражнения, о которых пишет в своем дневнике П. Гордон. 12 мая — учение конницы; 15 мая конница упражнялась с оружием; 22 мая конница маневрировала. Это была подготовка к очередному потешному сражению, которое состоялось 2 июня и едва не закончилось несчастьем. Брали штурмом двор в селе Семеновском. В дело были пущены ручные гранаты — глиняные горшки, начиненные порохом. Одну из таких гранат разорвало около Петра и опалило ему лицо. Гордон и несколько стоявших поблизости генералов были легко ранены.
Это происшествие несколько прервало череду учений и военных потех, которые возобновились 4 сентября. В этот день устраивались маневры, в ходе которых Стремянной стрелецкий полк сражался против потешных, семеновской пехоты и конницы московского дворянства. Еще два стрелецких полка действовали один против другого. Через неделю, 11 сентября, потешные бились со стрельцами Сухарева полка. Бои чередовались веселыми пирами. Трудно сказать, был на этих пирах Яков Брюс, но в сражениях он, подчиненный генерала П. Гордона, наверняка участвовал.
В октябре следующего, 1691 года в окрестностях Семеновского и Преображенского состоялись большие маневры, более известные как второй Семеновский поход. 6, 7 и 9 октября армия под предводительством «генералиссимуса» Ф. Ю. Ромодановского противостояла нападениям грозной армии другого «генералиссимуса» И. И. Бутурлина.
В 1692 году Яков Брюс получает новое назначение. Он переводится в Белгородский полк, командиром которого с 1688 года был Борис Петрович Шереметев. Так начинается служба Якова Вилимовича под командой Шереметева, переросшая впоследствии в крепкую дружбу.
В следующем, 1693 году Брюс пожалован в ротмистры, т. е. становится капитаном кавалерии.
Именно об этом периоде в жизни Петра А. Г. Брикнер, ссылаясь на исследования Н. Г. Устрялова, сообщает: «Подобно отношениям с Гордоном, Лефортом и бароном Келлером, было существенно и влияние других иностранцев. От сына голландского купца, занимавшегося в царствование Михаила Федоровича горным промыслом в России, Андрея Виниуса, Петр также узнал очень много сведений о Западной Европе. Виниусу давались посольские поручения, он перевел несколько книг на русский язык, составил географическое исследование, был дипломатическим агентом в Малороссии, заведовал Аптекарским приказом и в царствование Петра управлял почтами. В этой должности он мог быть прекрасно осведомленным обо всех событиях. Петр часто бывал в его обществе и охотно пользовался его многосторонними техническими знаниями в горном деле и в кораблестроении, выписывал из-за границы через посредство Виниуса модели и инструменты, ремесленников и книги. Он поручал ему переводить голландские книги, приготовлять пушки и порох, устраивать оружейные заводы. Впоследствии Виниус основал Морскую школу.
Среди лиц, в обществе которых находился Петр в первые годы после государственного переворота 1689 года, встречаем мы еще Георга фон Менгдена, бывшего полковником того самого полка, в котором сам царь числился сержантом, потом майора того же Преображенского полка Адама Вейде, весьма опытного в инженерном деле, затем капитана Якова Брюса и переводчика Посольского приказа Андрея Кревета, которому Петр давал поручения, однородные с Виниусом».
Поездки Петра в Архангельск
4 июля 1693 года Петр I отправляется в поездку в Архангельск, ставшую знаменательной и для нашего героя. Вот что сообщает о составе делегации М. М. Богословский: «4 июля на рассвете Петр выехал из Москвы. Его сопровождала большая свита, в состав которой входили бояре князь Б. А. Голицын, князь М. И. Лыков, Ю. И. Салтыков, В. Ф. Нарышкин, A.C. Шейн, князь К. О. Щербатой, князь М. Н. Львов, кравчий К. А. Нарышкин, генерал Лефорт, думный дворянин Ф. И. Чемоданов, постельничий Г. И. Головкин, ближние стольники князь Ф. Ю. Ромодановский и И. И. Бутурлин (оба генералиссимусы), князь Ф. И. Троекуров, Ф. М. Апраксин, Ф. Л. Лопухин, С. А. Лопухин, 18 стольников, неизменный спутник Петра во всех походах думный дьяк Н. М. Зотов, дьяки Виниус и Воинов, доктор Захарий фон-дер-Гульст, крестовый священник Петр Васильев с восемью певчими, двое карлов — Ермолай и Тимофей, сорок стрельцов при трех капитанах во главе с полковником Сергеевым…. Кроме стрельцов, Петра сопровождали 10 человек потешных с трубачом. Всего свита доходила до 100 человек. Здесь был и капитан кавалерии Яков Брюс, отозванный из полка Шереметева Петром».
Архангельск был единственным морским портом, находившимся на территории Российского государства. Как порт он был открыт англичанами в 1553 году. В поисках северного пути в Индию английские корабли двигались тогда вдоль побережья Северного Ледовитого океана, обогнув Скандинавию, Кольский полуостров, они оказались в Белом море, где и была выбрана стоянка для судов — тихая бухта, названная в честь архангела Михайла — архистратига, который считается покровителем воинов, бьющихся за правое дело, кроме того, считается, что этот святой охраняет небесные врата рая. Именно так англичане воспринимали порт Архангельск. Обнаружили они здесь и «индийцев» — жителей побережья Белого моря — поморов, занимающихся рыбным и охотничьим промыслом. Пушнина оказалась не менее ценна, нежели драгоценности Индии. Так англичане, а затем и голландцы налаживают товарообмен с поморами, превратив Архангельск в настоящие врата рая — единственное для России окно в Европу. Именно через Архангельск поступали на территорию страны иностранные товары, выезжали торговать по России и иностранные купцы. Правда, Новоторговый устав 1667 года запретил розничную торговлю иностранных купцов на территории страны, поэтому в Архангельске шла торговля оптовая. Русские купцы закупали товар у иностранцев и везли его для реализации по стране. В Архангельске было даже построено огромное каменное здание, более версты в окружности, обороняемое со стороны Двины шестью башнями с бойницами, валом и палисадом.