Особое внимание канадский ученый уделяет разрыву отношений Ньютона и Флэмстида в 1698 году, и Брюс поневоле оказывается втянутым в этот конфликт, хотя, как показывает дальнейшее повествование, с обоими учеными он имел прекрасные отношения.
В октябре 1698 года Флэмстид пишет, «жалуясь, что «полковник Брюс» [и его друг Колсон] сказали: «Мистер Ньютон улучшил свою теорию Луны с помощью астрономических данных мистера Галлея и передал ее (теорию) ему с правом публикации…» «Это, — раздраженно говорит Флэмстид в своем письме, — не может быть правдой…»
Упоминание об отношениях Галлея с «Полковником» (от которого, очевидно, он хотел получить какую-то выгоду), видимо, сделано с намеком на планы Галлея, которые он некоторое время вынашивал, получить подходящий пост в России. Во время пребывания Петра Великого в Лондоне они оба беседовали на научные темы и, говорят, царю очень понравился Галлей, который в то время как раз искал работу. Его исключительные дарования, которые признавал даже Флэмстид, были широко известны, но продвижение по службе затруднялось подозрениями по поводу его религиозных убеждений. Так, епископ Стиллингфлит отказался рекомендовать Галлея на кафедру геометрии Оксфордского университета по причине его материалистических взглядов.
Когда Ньютона назначили директором Монетного двора, он взял Галлея на должность инспектора Двора в графстве Честер. Однако вскоре ученый опять останется без работы, так как только в 1698 году в пяти графствах были закрыты монетные дворы. Ньютон предложил Галлею преподавать прикладную математику инженерам и офицерам армии за десять шиллингов в неделю, но, кажется, Галлей отклонил это предложение. В такой обстановке он вполне мог согласиться на предложение Брюса поехать работать в Россию, на что у Брюса были все полномочия. Как сказано в некрологе Галлея, такое предложение действительно поступило, но Галлей его не принял, так как судьба его сделала в это время поворот к лучшему. Галлей по распоряжению короля был назначен командиром корабля «Парамоур Пинк», который отправлялся в плавание месяцем позже в конце ноября 1698 года».
На Брюса в Англии была возложена особая миссия.
Дело в том, что в апреле 1698 года Петр I вынужден был выехать из Англии в связи с известием о бунте стрельцов и Брюс должен был довершить все, задуманное царем. В частности, в отношении найма специалистов и ученых в Англии.
Что же касается взаимоотношений Ньютона и Флэмстида, то они ухудшаются независимо от участия в этом Брюса и Колсона, так как Флэмстида обижало то, что Ньютон, занимаясь научными исследованиями, не выносил новые разработки на совместное обсуждение (возможно, по причинам той же занятости). Тем более что Ньютон пользовался астрономическими данными, полученными не от Флэмстида, а из исследований Э. Галлея.
Через много лет, уже в России, Брюс приобретает изданный в 1729 году (посмертно) труд Флэмстида «Historia Coelestis Britannica», а также его «Atlas Coelestis».
В. Босс пишет о том, что Брюс имел в своей библиотеке все труды Флэмстида. Конечно, утверждает автор, огромный интерес Брюса к астрономии, которым он заразил и Петра Великого, мог появиться у него только благодаря знакомству с Флэмстидом.
«К сожалению, — сообщает В. Босс, — переписка Брюса с Флэмстидом не сохранилась, но нетрудно предположить, почему Флэмстиду и «Полковнику», так называли Брюса английские ученые, была выгодна их дружба. В английских кругах были хорошо известны близкие отношения между царем и Брюсом. Кроме того, Флэмстиду было также сообщено, какую сумму денег Петр оставил Брюсу на его обучение и на приобретение научных приборов и книг. А Флэмстид постоянно был без денег и вынужден был подрабатывать занятиями с учениками (в период с 1676 года по 1709 год у него их было около 140)». Формально Брюс не относился к числу учеников Флэмстида, так как у него был официальный учитель математики, который был другом и Флэмстида, и Ньютона, — Джон Колсон.
«Ивану Колсуну было плачено 48 гиней 17 апреля 1698 за «обучение Джекоба Брюса, как было оговорено контрактом, шесть месяцев, включая питание и проживание…». Другая запись гласит: «…денег 50 гиней плачено по повелению Великого Монарха Якову Брюсу, который учился математическому искусству у Ивана Колсуна». Он также получатель 150 гиней за «небольшую яхту… сделанную из кипариса».
Джон Колсон в 1698 году проживал в доме в Гудмэнз-Филдз. В этом же доме жил и Я. В. Брюс. От него, друга и ученика Ньютона, Брюс узнал основы натуральной философии Ньютона.
Валентин Босс считает, что Брюс познакомился с Колсоном после того, как вместе с Петром I побывал у королевского астронома Флэмстида в Гринвичской обсерватории в феврале и в марте. Скорее всего, Флэмстид познакомил Брюса с Колсоном, чем наоборот, хотя это могло произойти самостоятельно в Оксфорде 8 апреля во время пребывания там Петра и Брюса.
Очевидно, Петр, а может быть — Брюс, был высокого мнения о Колсоне, так как контракт, который заключил царь с ним на шесть месяцев по одобрению Брюса, был по ценам того времени необыкновенно щедрым. Колсон получил от него 48 гиней. Если сравнить эту плату с окладом Флэмстида, то они будут равны. Не исключена возможность, что Брюс платил Колсону еще дополнительно из тех 50 гиней, которые царь оставил Брюсу. Правда, у Брюса было много других поручений от царя, для выполнения которых тоже требовались деньги. Так, например, Флэмстид готовил «новые таблицы преломления для Полковника». В какой степени были включены в программу обучения Брюса вопросы натуральной философии и астрономии, можно только догадываться. Что же касается направления его математических занятий, то на этот вопрос дает совершенно четкий ответ каталог библиотеки Брюса. Он также проливает свет и на взаимоотношения Брюса с Джоном Колсоном.
По смерти Ньютона Колсон издал научный трактат на тему «дифференциального исчисления», как назвал свое изобретение сам Ньютон, и его (исчисления) «применения к геометрии кривых линий». Но это было не самой первой работой на английском языке, интерпретирующей открытие Ньютона. Первым был «Трактат по исчислениям» Карла Хэя (1704), который Брюс также, очевидно, приобрел. Но издание Джона Колсона имеет несравненное превосходство тем, что в нем имеется собственный текст Ньютона. Этот труд вышел в свет в 1736 году, а Брюс умер в 1735-м. Неизвестно, кто прислал Брюсу «Методику исчисления», но, очевидно, он же, этот кто-то, посылал ему и другие английские книги, которые значатся в каталоге его библиотеки.
В конце 1698 года Брюс вернулся в Россию первым российским ньютонианцем, первым русским ученым, проводником идей великого ученого. Дальнейшая деятельность Брюса по созданию навигационной школы, астрономической обсерватории, переводы научных трудов, практическая деятельность на посту президента Мануфактур- и Берг-коллеги, денежная реформа, занятия оптикой и математикой показывают, каким образом наука Ньютона впервые проникла и стала известной в России.
15 сентября из Лондона Брюс пишет Петру: «Милостивый государь! Перед отъездом твоим государским был мне твой государский приказ, чтоб мне пробыть в Лондоне только до первых чисел сентября месяца. И я зело желал, чтоб к тому времени докончить свое учение, да воистинно не мог, хотя по всяк день над тем прилежно сидел. И аще Бог изволит, чаю сего месяца сентября в последних числах докончить и ехать отсюда. А инструменты серебряные такожде которые для своего употребления изволил сделать приказывал, привезу с собою».
По всей вероятности, именно в конце сентября Брюс вернулся из Англии, выполнив все возложенные на него поручения. А сделано было действительно немало. Сам Петр, находясь в Дептфорде с 11 января по 25 апреля 1698 года, работал на верфи, арендуемой адмиралом Бенбоу, изучая технологии кораблестроения, посещал мастерские Дептфорда, Портсмута, Чатама, артиллерийские заводы Вульвича и других городов. За этот период вместе с Я. В. Брюсом Петр I наладил контакты с учеными-математиками и астрономами, вел переговоры о приглашении на службу. Такие ученые, как А. Фарварсон (Фергюссон, Фергарсон), С. Грин, Р. Грайс, приехали работать в Россию спустя несколько месяцев после этих событий и стали создателями математической навигацкой школы в 1701 году. Естественно, эта работа велась при непосредственном участии Я. В. Брюса. Неслучайно одно из особых поручений, возложенных на Брюса Петром, было «поручение обозреть английские школы и представить о них отчет». Кроме того, Петр Алексеевич посетил Гринвичскую обсерваторию Флэмстида, познакомился с «диковинками» — экзотическими экспонатами, после чего решил создать свою обсерваторию и Кунсткамеру — первый российский музей. И Брюс оказался единственным, кто был способен активно и со знанием дела помогать в этом государю. Он прекрасно понимал, как знания и полученную в Англии информацию правильно применить в России при проведении реформ. Поэтому Я. В. Брюса можно смело назвать человеком, наиболее четко из всех «птенцов гнезда Петрова» представлявшим суть и масштаб будущих преобразований.