Ляпунова убили 22 июля 1611 г. Заруцкого в казачьем таборе в тот день не было — атаман не хотел выглядеть убийцей. Он, наконец, стал властителем ополчения. (Князь Трубецкой, старший воевода, обычно соглашался с его решениями.) Но мораль ополчения падала: служилые люди, потрясенные убийством Ляпунова, разъезжались по домам. Атаману не удалось убедить казаков избрать в цари Ивана Дмитриевича: казаки понимали, что вместо младенца править будет мать, а Марину они не любили. К тому же в Пскове появился человек, объявивший себя ещё раз спасшимся царем Дмитрием, и случилось невероятное — 2 марта 1612 г. казачий круг вместе с московскими чёрными людьми признал его государем. Заруцкий и Трубецкой, помня о судьбе Ляпунова, присягнули новому самозванцу. Правда, после присяги «холопы Митка (Трубецкой) и Ивашко Заруцкий» били челом «государыне» Марине Юрьевне и «государю царевичу». Сына своего Заруцкий отправил в Коломну в стольники к царице.

Настоящую опасность для Заруцкого и Марины представляло Второе земское ополчение, не признающее любых «Дмитриев» и их потомство. В феврале 1612 г. земцы двинулись из Нижнего Новгорода вверх по Волге. В апреле войско во главе с князем Пожарским вступило в Ярославль. Заруцкий подослал убийц, но они не сумели убить князя, и Заруцкий был разоблачен. Он не стал дожидаться прихода Пожарского и 17 июля ушел в Коломну. С ним ушли 2 тыс. казаков, но большинство казаков осталось под началом Трубецкого. Забрав из Коломны Марину с ее ребенком и ограбив город, атаман ушел за Оку, в Михайлов. Дальнейшее принесло разочарование любовникам. Ополченцы вместе с казаками отбили войско Ходкевича от Москвы и взяли Белый город и Кремль. В Москве начались выборы царя. Казаки предлагали избрать либо Михаила Романова, либо Ивана, сына Марины. Но земские выборщики — от духовенства до посадских людей, — были против «ворёнка». В январе 1613 г. выборщики постановили: «Маринки и сына ее на государство не хотети». Избрание царем Михаила 21 февраля 1613 г. окончательно похоронило надежды Марины видеть сына царем.

После избрания царем Михаила Марина предлагала уйти за литовский рубеж, но Заруцкий ещё помышлял о царстве в Астрахани. В марте 1613 г. Заруцкий с Мариной и казаками направился к Воронежу. Там их настигло царское войско Ивана Одоевского. После двухдневного сражения атаман отступил на Дон. В его войске зрело недовольство, казаки хотели схватить Заруцкого с Мариной и отправить в Москву, но атаман ускользнул. Вместе с Мариной и горстью казаков осенью 1613 г. он добрался до Астрахани. Воровская Астрахань распахнула ворота. Заруцкий объявил народу «бутто литва завладела Москвой». Составилось войско из казаков, татар и воровских людей. Атаман заставил ногайских ханов присягнуть Ивану Дмитриевичу и направил посольство к шаху Аббасу. Послы сообщили о желании Астраханского царства перейти в подданство Персии. Они просили о помощи воинскими людьми, деньгами и хлебом. Шах пообещал прислать 500 воинов, припасы хлеба и пожаловать 72 тыс. рублей.

Аббас долго расспрашивал приехавшего вместе с посольством купца перса «про литовку Марину: какова, деи, она лицом, и сколько хороша, молода ли она или стара, и был ли, деи, он у нее у руки, и горячи ли, деи, у нее руки?» Очевидно, шах рассчитывал заполучить московскую царицу в гарем. Марине тогда было двадцать четыре года. Но судьба рассудила иначе. В Астрахани зрело недовольство. Заруцкий правил как главарь разбойничьей шайки — его казаки разграбили монастырь и лавки заморских купцов, атаман казнил воеводу Ивана Хворостинина и «лучших» посадских людей, любого, сказавшего неосторожное слово, хватали ночью, мучили и топили. Возмущала горожан и Марина. Она запретил звонить в колокола в заутреню — якобы пугают сына, сразу по приезде устроила католическую часовню, собрала вокруг себя католических монахов — охотных советчиков, как бороться с Москвой.

Астраханцы жили слухами: одни надеялись на приход царских стрельцов из Самары, другие утверждали, что Заруцкий с воровскими казаками задумал всех перебить. В апреле, на Страстной неделе, астраханцы восстали. После уличного боя Заруцкий с Мариной и верными казаками заперся в кремле. Тут выяснилось, что с юга к городу подплывают стрельцы из Терки[85]. Осажденные решили бежать: 22 мая они прорвались к воде и уплыли на стругах. На следующий день в Астрахань приплыли терские стрельцы, а на другой день им пришлось биться против вернувшейся казачьей флотилии. Заруцкий был разгромлен и ушел с немногими стругами. След его потерялся. Нашелся он в июне. Оказалось, что казаки ушли на Каспий и свернули в Яик. Туда отправили подошедших из Самары стрельцов. 24 июня беглецов обнаружили на Медвежьем острове, где казаки построили острожек. Стрельцы его осадили. Начались переговоры. Выяснилось, что у казаков всем заправляет Треня Ус: «царевича» он держит при себе, а Заруцкий и Марина на положении пленных. Казаки не стали долго рядиться: они выдали Заруцкого и Марину с сыном и присягнули Михаилу Фёдоровичу.

6 июля 1614 г. ценную добычу доставили в Астрахань. Держать в городе их побоялись и отправили в Казань. Заруцкого охраняли 130 стрельцов и 100 астраханцев, Марину с сыном — 500 стрельцов самарских. Везли их в цепях с великим бережением, стрельцам был дан наказ, что если нападут воровские люди, «Марину с выблядком и Ивашка Заруцкого побита до смерти, чтоб их воры живых не отбили». Но никто не хотел их отбивать. Пленников доставили в Казань и, в цепях же, — в Москву. Заруцкого допрашивал сам царь. Его пытали и посадили на кол. Четырехлетнего Ивана в декабре 1614 г. повесили за Серпуховскими воротами. О судьбе Марины пишут различно. Согласно Стадницкому, Марине отсекли голову. Бернардинцы сохранили предание, что её утопили. Русские утверждали, что Марина умерла своей смертью. Русскому послу в Польше (конец 1614 г.) на вопросы поляков было наказано отвечать: «Вора Ивашку Заруцкого и воруху Маринку с сыном для обличенья их воровства привезли в Москву. Ивашка за свои злые дела и Маринкин сын казнены, а Маринка на Москве от болезни и с тоски по своей воле умерла, а государю и боярам для обличенья ваших неправд надобно было, чтоб она жила».

Песни и легенды о Марине и Воре. В народной памяти Марина обращается в сороку. В песне «Гришка Расстрига» злой расстрига, назвавшись Дмитрием Углицким и сев на царство, «похотел "женитися". Брал жену не в каменной Москве, а в проклятой Литве — «У Юрья, пана Седомирского || Дочь Маринку Юрьеву || Злу еретницу-безбожницу». Когда он пошел с женой в баню вместо заутрени и велел ключникам готовить и постное, и скоромное (нарушая пост), стрельцы «догадалися». В Боголюбов монастырь «металися» к царице Марфе Матвеевне, спрашивали: «Твое ли это чадо на царстве сидит?» Царица сказала, что потерян сын на Угличе, а на царстве сидит «Расстрига Гришка Отрепьев сын». Москва взбунтовалась: «Гришка Расстрига дагадается, || Сам в верхни чердаки убирается || И накрепко запирается, || А злая ево жена Маринка-безбожница || Сорокою обвернулася || И из полат вон она вылетела». Гришка же на копьях погиб.

Марина проникла и в былины. Она соблазняет Добрыню и улетает из Киева сорокой. Илья Муромец сражается с «Сокольником», который оказывается его сыном, прижитым от «Маринки». Способность Марины обращаться в птицу типична для преданий о ее заточении в коломенском кремле. Одна из его башен носит название «Маринкина башня», в ней, согласно преданию, была заключена Марина после казни сына. Часто она выходила из тела и улетала, обернувшись сорокой или вороной. Однажды стрельцы окропили тело святой водой. Прилетев, Марина не смогла войти в тело и навсегда осталась птицей. В наши дни туристов водят на осмотр башни и показывают темницу, где якобы содержалась Марина. Предание сложилось на основе книги краеведа Н.Д. Иванчина-Писарева «Прогулка по древнему Коломенскому уезду» (1843). На самом деле в башню, но не кремля, а при церкви (ее потом разобрали) заточили в 1733 г. «мерзкую женку» Маринку (лесбиянку или гермафродита), сочетавшуюся браком как мужчина.