В Крыму, входившем тогда в состав РСФСР, по сообщению СД от 12 декабря 1942 г., духовенство, сопровождавшее румынские войска, крестило 200 тыс. человек. Всего в области было открыто 125 православных храмов. Германские власти организовали для духовно-административного руководства церковный подотдел. В докладе протоиерея А. Архангельского митр. Алексию (Симанскому) от 13 июля 1944 г. указывалось, что заведующий подотделом А.Д. Семенов покровительствовал «всякого рода сектантам — штундистам, баптистам, евангелистам и т. д. Эти родственные немцам секты получали от Семенова равное количество молитвенных домов с православными храмами, несмотря на то, что православное население г. Симферополя во много раз больше горсточки сектантов»[847].

Широкая миссионерская деятельность православного румынского духовенства, которая порой приводила и к конфликтам с местным населением (в Симферополе и Феодосии даже произошли столкновения из-за проведения церковных праздников по григорианскому календарю, принятому в Румынской Церкви), вызвала сильную тревогу германских органов власти. В письме ведомства шефа полиции безопасности и СД в МИД от 4 января 1943 г. говорилось о сообщении командующего войсками в Крыму о том, что религиозное окормление православного населения будет проводиться только местными русскими священниками, а в обязанности румынского военного духовенства входит лишь обслуживание своих войск. Это совпадало с направляющей линией, согласно которой въезд православных священников с целью окормления гражданского населения на занятые восточные территории категорически не допускался. Также не был разрешен и запрашиваемый въезд в Крым священников Армяно-Григорианской Церкви из Румынии[848].

В 1942 г. в Крыму появились архиереи Украинской автономной Церкви и автокефалисты, после чего церковный подотдел прекратил свое существование. Ранее пребывавший в Николаеве автономный епископ Серафим (Кушнерюк) был резко негативно встречен автокефалистами и румынами, началась борьба, подобная существовавшей на Украине. Вскоре бывший обновленческий, а теперь автокефальный епископ Викентий (Николорчук) по указанию румынского командования подчинился патриарху Румынской Церкви. В докладе генерального комиссара Крыма от 28 декабря 1942 г. говорилось, что о стремлении к объединению представителей двух направлений ничего неизвестно: «Напротив, вследствие подчинения автокефалистов Бухарестскому патриарху противостояние усилилось». Сам генеральный комиссар отнесся к этому шагу еп. Викентия негативно и договорился с главой полиции безопасности в Симферополе, что епископу будут препятствовать в исполнении его службы[849].

Реакция вышестоящих германских ведомств также была резко отрицательная. РМО 7 апреля 1943 г. писало в МИД, что еп. Викентий и его священники получают постоянную поддержку румынских комендатур, а для германской администрации признать его невозможно. В связи с этим Восточное министерство просило оказать давление на румынское правительство. Встревоженный МИД 21 апреля направил запрос в РСХА, отметив: «Необходимо предпринять все, чтобы воспрепятствовать этим устремлениям к объединению». Шеф полиции безопасности и СД 23 июня выразил свое полное согласие с такой позицией и предложил побудить службу РМО при командующем войсками в Крыму указать румынским войскам, что с их стороны необходимо проявлять сдержанность в церковных делах гражданского населения. 2 июля 1943 г. референт МИД Колреп сообщил это мнение Восточному министерству, указав, что непосредственное давление на румынское правительство в настоящий момент оказывать не следует[850].

Вскоре еп. Викентий был арестован и расстрелян, но не за свои контакты с румынским патриархом. В упоминавшемся докладе протоиерея Архангельского сообщалось, что протоиерей кладбищенской церкви Симферополя Николай Швец зачитал прихожанам воззвание Патриаршего Местоблюстителя Сергия, а распространять его среди верующих помогал диакон А. Бондаренко. «Их патриотический подвиг поддерживал старец Викентий, бывший обновленческий епископ… Все они… были расстреляны немецким гестапо… о. Н. Швеца обвиняли еще в том, что он крестил евреев»[851].

Епископ Серафим (Кушнерюк) занял прогерманскую позицию, порвал с Украинской Церковью, объявил себя автономным епископом и перестал поминать патриарха Сергия. В ноябре 1943 г. он и члены его благочиннического совета эвакуировались в Германию. Большинство же священнослужителей Крыма проявили себя сторонниками советской власти. Так, священник В. Соколов активно помогал партизанам, распространял советские газеты и новости радиопередач из Москвы. Протоиерей И. Крашаковский после освобождения полуострова с разрешения генерала Ветрова созвал всех верующих Симферополя в полуразрушенный немцами собор, в присутствии воинских частей совершил благодарственный молебен и произнес яркую речь. Он получил благодарность советского командования за патриотическую деятельность и помощь раненым бойцам[852].

Смоленская и Брянская епархии со временем вошли в состав Белорусской Православной Церкви. Но вначале около года религиозная жизнь в этих русских областях развивалась самостоятельно. К июлю 1941 г. в Смоленске не оставалось действующих храмов и первые богослужения были проведены немецкими военными священниками. В сообщении СД от 4 сентября 1941 г. говорилось, что в этом городе и Борисове на походных евангелических богослужениях присутствовало многочисленное гражданское население, и в конце службы священник даже благословил его. А в сводке от 21 сентября упоминается, что в Смоленске и Витебске армейские католические священники служили и для населения. Эти сведения подтверждаются и другими источниками. Согласно бюллетеню Экуменической пресс-службы в Женеве № 31 (сентябрь 1941 г.) немецкий военный священник освятил предоставленные жителям церкви в Смоленске и Борисове и совершил в них полевые богослужения для солдат с участием гражданского населения. Затем в смоленском храме свое богослужение в присутствии немцев провели два русских православных священника: «Солдаты, которые молча участвовали в обоих богослужениях, глубоко потрясенные, смотрели, с каким увлечением и мистическим погружением мужчины, как и женщины из всех слоев общества принимали участие в молитве и пении, и жены и матери показывали подросткам, как вести себя при богослужении»[853].

Такая ситуация продолжалась недолго. В уже упоминавшейся сводке от 4 сентября сообщалось, что командованию группы армий «Центр» со стороны СД было предложено проводить походные богослужения только в закрытом кругу военнослужащих вермахта. Это соответствовало указаниям Гитлера и в дальнейшем выполнялось. В другой сводке СД от 23 октября 1941 г. указывалось, что начальник тыловых областей группы армий «Центр» выразил свое согласие с предлагаемой СД переэкзаменовкой духовенства и ликвидацией уже образованных во многих местах церковных советов, но хочет запросить и санкции Верховного командования армии (ОКХ). К декабрю ОКХ также дало свое согласие, в результате чего в Смоленске был распущен состоявший из 5 членов церковный совет[854]. Разница в отношении к Русской Церкви между военной администрацией и СД была очень заметна, но еще сильнее выделялись своей явной враждебностью к православию функционеры нацистской партии. Священник М. Одинцов, служивший в Смоленской области, позднее вспоминал, как в его храм приехал в сопровождении свиты какой-то партийный чин, с презрением оглядев внутренности церкви, уперся взглядом в иконы и, разведя руками, сказал: «Все евреи!».