Особый интерес среди российских архивов вызывает Российский государственный военный архив в Москве (РГВА), хранящий трофейные документы Третьего рейха, вывезенные из Германии в 1945–1946 гг. Очень богат фонд Министерства церковных дел (ф. 1470), правда, его материалы территориально относятся лишь к оккупированным европейским странам и самой Германии, исключая СССР. Можно упомянуть следующие дела, содержащие переписку с различными государственными ведомствами и православными архиереями о положении Русской Церкви, проведении богослужений для восточных рабочих и советских военнопленных — опись 1, д. 5, 17, 18, 19, опись 2, д. 5, 10, 11. Более содержателен, применительно к избранной теме, фонд РСХА (ф. 500). Он включает специальное дело с приказами шефа полиции безопасности и СД о религиозной политике на оккупированной территории СССР за июль — ноябрь 1941 г. (опись 5, д. 3). В нескольких делах хранится скопированная службами РСХА частная и деловая переписка русских священнослужителей за 1937–1942 гг. (опись 3, д. 450, 453, 454, 456). Фонд РМО (ф. 1358) относительно небольшой, и по церковной тематике в нем могут быть использованы лишь доклады о положении в Прибалтике и Белоруссии за 1942–1943 гг. (опись 1, д. 11, 12, 14) и бюллетени министерства (опись 4, д. 10–12). Отдельные документы о Русской Церкви хранятся также в фондах командующего полицией безопасности и СД «Остланда» (ф. 504), Министерства юстиции (ф. 1146) и других.
Следует отметить, что материалы аналогичных фондов в германских и российских архивах в основной массе не повторяются и взаимно дополняют друг друга. Дело в том, что только часть документации различных ведомств Третьего рейха была вывезена в СССР, другая же часть осталась в Германии. И если довоенный период национал-социалистической политики по отношению к Русской Церкви лучше документирован в российских архивах, то военный, напротив, — в германских. Поэтому исследователям необходимо работать и в тех и в других. Трофейные же акты, вывезенные в США, в настоящее время скопированы, и их можно просмотреть в Бундесархиве и Институте современной истории в Мюнхене.
Остальные российские архивы, в которых работал автор, хранят в основном документы советских и партийных органов власти. Так, в Российском центре хранения и изучения документов новейшей истории (РЦХИДНИ) исследовался фонд Центрального комитета ВКП(б) — КПСС за 1939–1945 гг. (ф. 17). Среди выявленных материалов находятся секретные материалы ЦК; постановления Секретариата и Политбюро ЦК; документы управления пропаганды и агитации, рассказывающие об организации контроля за деятельностью религиозных объединений, о роли партийных комитетов в проведении этой работы, сборе секретной информации о религиозной ситуации в стране, в том числе на оккупированной территории; германские трофейные документы, содержащие данные о нацистской церковной политике.
В Государственном архиве Российской Федерации (ГАРФ) были изучены три фонда, и прежде всего Совета по делам Русской православной церкви (ф. 6991). Именно этот орган с осени 1943 г. контролировал деятельность Московской Патриархии и во многом управлял ею. В фонде содержатся: протоколы заседаний Совета и Священного Синода, переписка с Патриархом, записи бесед церковных иерархов с работниками Совета, докладные записки в ЦК ВКП(б) (в том числе о религиозной ситуации на освобожденной от германских войск территории СССР), инструкции, аналитические обзоры, документы о международной деятельности Московской Патриархии. Ряд историко-церковных материалов хранится в особой папке И.В. Сталина (ф. Р-9401с), например о насильственном переселении в июле 1944 г. 1673 «истинно-православных» христиан из центральных областей России в Сибирь и на Алтай. Особую группу церковных по происхождению документов составляет обширный фонд Синода РПЦЗ за 1919–1941 гг. (ф. 6343). В свое время в 1941 г. эти материалы были конфискованы в белградском гестапо, перевезены в Германию и в конце концов доставшись советским войскам, оказались в Москве. Внимание автора привлекли протоколы заседаний, указы и постановления Архиерейских Синода и Собора 1933–1941 гг., касающиеся взаимоотношений РПЦЗ с нацистскими ведомствами и жизни православной Германской епархии.
В Центральном государственном архиве Санкт-Петербурга (ЦГА СПб.), ведущим научным сотрудником которого является автор настоящей работы, содержатся в основном материалы государственных учреждений, регулировавших деятельность религиозных организаций на Северо-Западе России. История Ленинградской епархии Московской Патриархии (в том числе деятельность Псковской православной миссии в период оккупации) в первые годы войны отражена в фондах Ленгорисполкома (ф. 7384), Леноблисполкома (ф. 7179) и некоторых райисполкомов, а на заключительном этапе боевых действий 1944–1945 гг. в фонде Ленинградского уполномоченного Совета по делам Русской Православной Церкви (ф. 9324). Имеются в ЦГА СПб. и несколько фондов германских трофейных документов военной администрации на Северо-Западе России, которые содержат сведения о нацистской церковной политике — прежде всего коллекция документов немецких оккупационных властей (ф. 3355).
В Архиве Управления Федеральной службы безопасности Российской Федерации по Санкт-Петербургу и Ленинградской области (АУФСБ СПб.) удалось изучить несколько дел арестованных в 1941–1945 гг. православных священнослужителей (фонд архивно-следственных дел). Только в блокадном Ленинграде за конец 1941 — начало 1943 г. органами безопасности было выявлено и уничтожено 8 тайных религиозных групп. А с 1944 г. начались аресты священников, служивших в период германской оккупации. В следственных делах помимо показаний арестованных и обвинительных заключений государственных органов содержатся «вещественные доказательства» — конфискованные при аресте письма, дневники, различные документы и т. п., что придает им особенную ценность.
По составу материалов ко второй группе можно отнести и бывший архив радиостанции «Свобода» в Мюнхене, ныне находящийся в Будапеште Открытый общественный архив (Open Society Archives — OSA). В нем в основном собраны материалы, касающиеся политики (в том числе религиозной) советских органов власти, соответствующие вырезки из газет, журналов и т. п. (фонд 300, субфонд 80, серия 1, бокс 34, 724, 727, 733). Но также имеются и персональные дела наиболее значительных архиереев Московской Патриархии — патриархов Алексия, Пимена и других (фонд 300, субфонд 80, серия 7, бокс 9, 217).
Заключительную группу составляют церковные архивы, в первую очередь синодальный архив РПЦЗ в Нью-Йорке (CA). Из состава его документов были изучены пять дел: переписка между председателем Синода митр. Анастасием и возглавлявшим Германскую епархию епископом Серафимом 1938–1939 гг. (д. 24/42), материалы об организации в этой епархии второго викариатства в 1942 г. (дело об учреждении в Германской епархии 2-го викариатства), переписка митр. Анастасия с различными гражданскими и церковными инстанциями в период оккупации Югославии 1941–1944 гг. (д. 15/41), заявления православного духовенства, желающего выехать в Россию, письма об отправке духовной литературы и церковной утвари на занятые восточные территории 1941–1942 гг. (д. 17/41) и различные документы русских общин в Венгрии 1941–1942 гг. (д. 18/41). Большой интерес, в частности, представляют три письма митр. Анастасия и Архиерейского Синода германским ведомствам с проектами организации Высшей церковной власти в России в октябре 1941 — июне 1942 гг.
Эти материалы дополняет архив Германской епархии РПЦЗ в Мюнхене (АГЕ). Здесь хранятся три дела по истории мюнхенской общины 1929–1945 гг.; очень информативно-содержательная книга постановлений 1934–1948 гг. Духовного Собора русского монастыря преподобного Иова, который почти до конца войны находился в Словакии и вел большую издательско-миссионерскую работу. Следует отметить и дело «Указы Архиерейского Синода РПЦЗ. Распоряжения Патриархии. 1923–1951», в котором собраны предвоенные письма, циркуляры Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского) 1940–1941 гг., а также различные материалы по истории Православной Церкви в оккупированной нацистами Белоруссии.