Несмотря на все сложности, в некоторых районах Белоруссии, например в Борисовском, было восстановлено до 75 % дореволюционных церквей (в самом Борисове 21 храм). Этот процесс продолжался даже в 1944 г. Так, в ежемесячном докладе командования группы армий «Центр» за февраль 1944 г. говорилось, что в районе 4-й армии вновь открыты 4 церкви, в Бобруйске впервые за время войны на Крещение состоялся крестный ход на р. Березину с участием 5000 человек. В другом подобном докладе за март 1944 г. сообщалось, что в Орше была устроена новая церковь и епископ назначил туда священника. А 21 мая состоялись церковные торжества с участием 5000 верующих по поводу возобновления древнего Супрасльского Благовещенского мужского монастыря на Западе Белоруссии под Белостоком, закрытого в 1918 г. поляками[897].

Общее число восстановленных в Белоруссии храмов точно неизвестно. Согласно документам Совета по делам Русской православной церкви, на 1 января 1948 г. их численность в республике была 1051, в том числе 302 в восточных областях. Отмечалось, что почти все они открыты в период оккупации (20–25 % в зданиях, никогда не бывших церквами), но по сравнению со временем войны количество действующих храмов сильно сократилось. По всей видимости, их было не менее 600, так как в 1945 г. в Белоруссии считались действующими 1250 православных церквей, из них на долю восточной части республики приходилось около 500 (часть храмов к тому времени уже успели снять с регистрации)[898]. Кроме того, за годы оккупации, как уже говорилось, было возрождено 6 монастырей — 3 мужских и 3 женских.

С самого начала Белорусской Церкви пришлось столкнуться с двумя попытками внести разделение в ее паству. Первая исходила от главы автокефальной Православной Церкви в Генерал-губернаторстве митрополита Дионисия (Валединского), который, как бывший руководитель Польской Православной Церкви, считал себя вправе распоряжаться церковными делами в Белоруссии и на Украине. Идя навстречу требованиям нацистов, он признал автокефалию Белорусской Церкви, но на заседании возглавляемого митр. Дионисием Синода в Варшаве 9 сентября 1941 г. было решено установить для нее трех кандидатов во епископы. Германские историки Ф. Хейер и X. Вайзе пишут, что с просьбой хиротонисать во епископов белорусов к митр. Дионисию обращались и националистические круги. Из намеченных кандидатов вначале наибольшую активность проявил иеромонах Владимир (Финковский). В сообщении СД от 21 сентября говорилось, «что он является лучшим пропагандистом для германской стороны, его богослужения всегда содержат благодарственные слова фюреру. В своей комнате о. Финковский повесил портрет Гитлера и разъяснял верующим, что Белоруссия никогда не должна быть самостоятельным государством, а всегда оставаться под германским господством». При этом, по мнению СД, существенную роль могло играть желание стать архиереем, так как генеральному комиссару Кубе поступило ходатайство о назначении о. Финковского епископом или архиепископом Белоруссии[899].

В середине ноября о. Финковский появился в Варшаве, где митр. Дионисий возвел его в сан архимандрита, но совершить епископскую хиротонию не решился из-за резко негативного отношения к этому кандидату митрополита Пантелеймона и многих православных священников. Однако вскоре о. Финковский вместе с другим кандидатом во епископы — настоятелем белорусского варшавского прихода и членом Духовной консистории архимандритом Филофеем (Парко) были направлены в Минск. Эти события описываются в другой сводке СД от 12 января 1942 г. В ней, с одной стороны, говорится, что якобы созданная по указанию генерального комиссара Белорусская автокефальная Православная национальная Церковь образовала свое руководство, при этом составляющие его митр. Пантелеймон и еп. Венедикт, с самого начала подозревавшиеся к принадлежности к сергианскому направлению (уживавшемуся с Советами), были в этом уличены. Возникшая Белорусская Церковь отказалась от главенства Варшавы, «хотя и из-за коммунистического прошлого руководителей». С другой стороны, несмотря на негативное отношение к владыкам Пантелеймону и Венедикту, СД считало, что попытки митр. Дионисия установить свой контроль над Белорусской Церковью также нежелательны: «После того, как Варшава, одновременно с Парко, снова направила в Минск открытого врага Пантелеймона архимандрита Финковского с поручением руководить церквами в Минске и окрестностях, можно сделать заключение, что Варшава выступает за то, чтобы разрушить путем внедрения Парко и Финковского учрежденное генеральным комиссаром руководство Белорусской Православной Церкви. Но этим было бы положено начало развитию, препятствующему необходимому укреплению автокефальной Белорусской Православной национальной Церкви»[900].

В итоге планы митр. Дионисия в Белоруссии, в отличие от Украины, потерпели полную неудачу. Архимандрит Филофей (Парко), хотя и был хиротонисан 23 ноября 1941 г. во епископа Слуцкого, стал в основном следовать политике владыки Пантелеймона. Архим. Финковского же митрополит Минский запретил в священнослужении, и тот вместе с некоторыми подобными священниками уехал в Полесскую епархию к архиеп. Александру (Иноземцеву)[901].

Именно здесь, на юге Белоруссии, возник еще один конфликт. Архиепископ Полесский и Пинский Александр указом Патриаршего Местоблюстителя Сергия в мае 1941 г. был уволен на покой, но с приходом вермахта вновь вступил в управление епархией. После того Пинская и Брестская области, частично населенные украинцами, были переданы в состав рейхскомиссариата «Украина», архиепископ стал действовать совместно с украинскими националистами и в конечном итоге вместе с епископом Луцким и Ковельским Поликарпом явился основателем автокефальной Украинской Православной Церкви. При этом архиеп. Александр стал претендовать и на приходы Брестской области, которыми управлял оставшийся на территории оккупированной Белоруссии епископ Брестский Венедикт.

В сообщении СД от 10 сентября 1941 г. говорится о конфликте, возникшем в связи с попытками украинской стороны в Бресте использовать автокефальную церковь для украинизации других национальных групп. Согласно циркуляру митрополита Дионисия епископам Поликарпу и Александру, в Полесье должен был быть введен в богослужениях вместо церковнославянского украинский язык. Большая часть духовенства с этим не согласилась, желала остаться под управлением епископа Венедикта и опасалась, что вследствие новой пограничной линии Брестская область будет объединена с Луцкой епископией, и таким образом белорусское население будет подвергнуто украинизации. В сообщении отмечалось также, что из-за новой границы связи еп. Венедикта с брестскими священниками очень затруднены, а Луцкий епископ имеет здесь явное преимущество, но с обеих сторон предпринимаются попытки оказать влияние на духовенство и население через циркуляры и воззвания[902].

В последующие месяцы борьба развернулась еще более активно. Согласно сводке СД от 12 января 1942 г.[903] епархиальное управление Полесья, возглавляемое архиепископом Александром, 17 ноября 1941 г. издало распоряжение священникам не поминать за богослужением митр. Пантелеймона и еп. Венедикта, так как они являлись коммунистическими агентами и за богослужением поминали дьявольское коммунистическое правительство. 25 февраля 1942 г. еп. Поликарп, назначенный митр. Дионисием «администратором Святой автокефальной Православной Церкви в освобожденных украинских землях», обратился с личным посланием к епископу Брестскому, извещая о назначении себя администратором и прося передать управляемые еп. Венедиктом приходы архиепископу Александру[904].