Правительство Агирре под нажимом Прието из Валенсии и местных коммунистов объявило о намерении отстаивать Бильбао и одновременно развернуло эвакуацию мирных жителей. Зажиточная публика стремилась добраться до Франции, прочие пешком и на подводах уходили на запад — в Сантандер.
Но эвакуация крайне затруднялась господством националистов на море и в воздухе. Корабли адмирала Виерны перешли к ближней блокаде и захватили часть пароходов с беженцами у самого устья Нервиона. Англия же с выходом националистов к Нервиону «временно» отозвала из Бискайского залива свой морской патруль, потому как «зона военных действий стала слишком плотной».
Коммунисты — Горев, Галан, Кристобаль и Сиутат, требуя на секретных совещаниях у Агирре отстаивать город, ссылались на свежий пример Мадрида. Они словно не хотели замечать, что Бильбао взят в тесное полукольцо, Мадрид же в ноябре 1936 года сохранял сообщение с остальной страной. Сторонники сопротивления сверх того напоминали, что на позициях, занятых республиканцами 17 июня, Бильбао выдержал в XIX веке две осады. Однако тогда не существовало дальнобойной артиллерии и воздушных налетов…
Генералы Улибарри и Кабрера на подобных совещаниях угрюмо отмалчивались. Командир баскской артиллерии открыто предложил оставить Бильбао. Агирре согласился с мнением сторонников отстаивания города любой ценой. Но формальное согласие скользкого как угорь президента-предпринимателя мало что значило. Он саботировал оборону, а не укреплял ее.
Обессиленные боями и отступившие в «Синтурон» баскские батальоны чувствовали себя там не в укреплении, а в ловушке. Часть дружинников дезертировала, чего не случалось ранее. В прежние времена баски хладнокровно сражались и гибли. Теперь многие из них с таким же хладнокровием отказывались от продолжения борьбы, которая казалась им безнадежной.
19 июня националисты и итальянцы последовательным нажимом с востока и севера проникли в Бильбао. Повторения «мадридского чуда» не последовало. Часть жителей приветствовала победителей. На балконах многих домов развевались монархические флаги. 20 июня город был занят почти без боя. Остатки республиканских бригад отступали под прикрытием бронемашин. Автономия басков была отменена указом каудильо, а Бискайя объявлена «предательской провинцией».
Националисты Алонсо Веги и Гарсиа Валино продвинулись до западной, самой укрепленной половины Железного пояса и там перешли к обороне. Преследование противника, на котором настаивал Кинделан, было запрещено осторожным и расчетливым каудильо.
Потери обеих сторон были значительными: за три месяца националисты лишились почти 30 000 раненых и убитых, урон республиканцев составил свыше 50 000 человек (не считая потерь среди мирного населения). При отходе из Бильбао погиб доблестный полевой командир республиканцев — герой Гвадалахарской битвы итальянец Нино Нинетти.
В трудной борьбе националисты одержали победу стратегического значения, взяв реванш за Гвадалахару и Пособланко. В их руки перешла индустриальная Бискайя — ключ ко всему Северному фронту. На очереди был Сантандер, в нем обосновалось правительство Агирре, ставшее, по сути, правительством в изгнании.
Тогда же республиканцы пережили новую утрату. 17 июня на стоявшем в Картахене линкоре «Король Хайме I» произошел внутренний взрыв. Корабль сел на дно. Над водой остались мачты, трубы и часть артиллерии. Погибло около 100 человек, ранено было в несколько раз больше. Республика лишилась крупнейшего корабля.
Катастрофу «Хайме I» расследовали. Буиса и Прието по горячим следам пришли к выводу, что в пороховом погребе линкора сработала заложенная «пятой колонной» адская машина. Вещественных доказательств тому обнаружить не удалось. Старший военно-морской советник Н.Г. Кузнецов подозревал, что причиной гибели корабля было беззаботное курение матросов во всех его помещениях, в том числе в пороховом погребе.
Современные зарубежные историки полагают иначе: корабль был сознательно и преднамеренно взорван, но не сторонниками националистов, а их врагами — матросами-анархистами. Они мстили командованию флота и Республике за подавление майского восстания в Каталонии и за использование линкора при доставке карателей в Барселону. Такая версия кажется наиболее близкой к истине, несмотря на то, что документальных доказательств ни одной из трех версий не обнаружено.
Гибель «Эспаньи» и «Хайме I» за короткое время подтвердила низкую конструктивную живучесть испанских дредноутов. В дальнейшем Испания уже не строила линейных кораблей и не заказывала их за границей.
Бильбао пал, когда основное внимание руководства Республики было поглощено борьбой с ПОУМом. Именно в эти дни правительство Негрина по настоянию советского посла распустило «марксистско-ленинскую рабочую партию» и провело массовые аресты ее активистов. Арестовали почти весь ЦК партии — около 40 функционеров, не предъявив им обвинений по статье закона. Штаб-квартиру ПОУМа в Барселоне служба безопасности превратила в место заключения. Операция проходила под верховным руководством уполномоченного НКВД в Испании Орлова-Фельдбина и генерального консула СССР в Каталонии Антонова-Овсеенко.
Тогда же таинственно исчез уже задержанный службой безопасности лидер партии Андрес Нин, что вызвало политический скандал. Работа правительства и министерств в течение нескольких суток была дезорганизована. Часть министров обвинила в исчезновении Нина компартию, коммунисты же утверждали, что ничего не знают о случившемся. Руководство МВД жаловалось, что его юрисдикцию ограничивают советские «помощники». Между Негрином, Прието и министрами-коммунистами происходили бурные сцены. Премьер-министр напрямик спрашивал Эрнандеса, что произошло с Нином. В городах ночью появлялись настенные надписи: «А где Нин?» и подписи: «Адрес — Саламанка или Берлин».
Впрочем, были и другие варианты. Эрнест Хемингуэй позже вспоминал разговор с корреспондентом «Правды» Кольцовым, формально не причастным к разгрому ПОУМа, но фактически замешанным в деле. На вопрос американца о Нине: «Где же он сейчас?» — человек из «Правды» не без загадочности ответил: «В Париже. Мы говорим, что он в Париже».
Ответ содержал мрачный подтекст, понятный только знатокам эзопова языка. Выражение «мы говорим» означало, что дело необязательно обстоит именно так. Кроме того, одно из известнейших мест Парижа — это Елисейские поля (Элизиум). А на языке античности «попасть в Элизиум» значило «быть на том свете»…
Описание этой сцены мы встречаем в романе «По ком звонит колокол». Только Кольцов в книге назван Карковым, а Хемингуэй выведен под маской американского добровольца Роберта Джордана. Скорее всего, разговор происходил, когда Кольцов уже имел точные сведения о судьбе Нина.
По данным современных авторов, подвергавший критике СССР и Коминтерн Андрес Нин находился в июне 1937 года в тайной тюрьме НКВД в мадридском пригороде Алькала-де-Энарес. Он не дал показаний против себя и остальных и разделил участь многих испанцев, погибших от рук «бесконтрольных». Нина ночью вывезли из тюрьмы, убили и выбросили тело на обочину проселка. Ответственность за его судьбу нес тогдашний руководитель службы безопасности Мадрида коммунист Даниэль Ортега.
Документальных доказательств версии не обнаружено. Ясно только одно — после задержания Андреса Нина республиканскими службами безопасности его следы теряются.
Не без опоздания правительство Негрина развернуло приготовления к новой крупной наступательной операции. Основной ее задачей была выручка Севера, второстепенной — освобождение наполовину окруженного Мадрида. Местом ее проведения был избран Центральный фронт.
В отличие от фронтального апрельского наступления в Мадриде генштаб (Рохо) и штаб фронта (Матальяна) теперь спланировали фланговый удар. Основные силы должны были наступать параллельно западной окраине Мадрида в направлении с севера на юг (Эскориал — Брунете). По достижении Брунете им следовало повернуть на юго-восток. Навстречу ударной группировке из долины Харамы должна была выступить вспомогательная. Встреча группировок планировалась южнее Брунете, в районе Хетафе и горы Ангелов. Обеим группировкам следовало окружить и разбить националистическую Армию Центра или хотя бы отбросить ее от столицы.