14 сентября заговорщики явились на Бударинский форпост и сдали Пугачева с рук на руки сотнику Харчеву. В ночь на 15 сентября Пугачева доставили в Яицкий городок, а через день капитан Маврин начал допрос Пугачева. Оттуда в специальной железной клетке, под охраной воинских частей с артиллерией, Пугачева повезли в Симбирск, куда он был доставлен 1 октября. Через день в Симбирск приехал командовавший войсками, действовавшими против Пугачева, граф Панин. «Как смел ты, ворон, назваться государем?» — с яростью спросил Пугачева его «усмиритель». «Я не ворон, я вороненок, а ворон-то еще летает», — бросил ему в ответ Пугачев. Панин набросился на Пугачева, избил его, и вырвал клок бороды. В ноябре Пугачева привезли в Москву и посадили на цепь в Монетном дворе в Охотном ряду. Начались новые допросы. Здоровье Пугачева уже было подорвано пытками, которым он подвергался в Яицком городке и Симбирске. Опасаясь, что Пугачев умрет до того, как от него «выведают» все, Екатерина II отдала приказ, чтобы во время допросов, проявлял и «возможную осторожность». 31 декабря Пугачев предстал перед судом, а 9 января был вынесен приговор: «Учинить смертную казнь, а именно: четвертовать, голову взоткнуть на кол, части тела разнести по частям города и наложить на колеса, а после на тех же местах сжечь».

Настал день 10 января, холодный, ветреный. На Болотной площади, оцепленной войсками, стоял эшафот. В санях привезли Пугачева и Перфильева, тоже приговоренного к четвертованию. Современники сообщают: «Незаметен был страх на лице Пугачева. С большим присутствием духа сидел он на своей скамейке». Пугачев взошел на эшэфот, перекрестился и, кланяясь во все стороны, стал прощаться с народом: «…прости, народ православный». Палачи набросились на Пугачева, сорвали тулуп, стали рвать кафтан. Пугачев упал навзничь и «вмиг окровавленная голова уже висела в воздухе» (А. С. Пушкин). Не желая создавать Пугачеву ореол мученика, Екатерина II отдала приказ не четвертовать Пугачева, а отсечь ему голову. «Привеликим гулом» и «оханьем» ответил народ на смерть вождя.

Вместе с Пугачевым казнили Перфильева, повесили Шигаева, Подурова и Торнова. Предатели Чумаков, Творогов, Федульев и другие получили «высочайшее помилованье» и были высланы на жительство в Лифляндскую губернию.

В старую крепость Кексгольма сослали семью Пугачева: Софью, Трофима, Аграфену, Христину и вторую жену Устинью Кузнецову. Отсюда они уже не вышли.

На народ обрушились страшные репрессии. Тысячи людей погибли в тюрьмах, под кнутом, тысячи убиты карательными войсками, подвергнуты тяжелым наказаниям, сосланы. Волжское казачество ликвидировали и перевели на Кавказ, разгромили Запорожскую Сечь. Реку Яик переименовали в Урал, яицкое казачество в уральское, станицу Зимовейскую в Потемкинскую.

Дворянская реакция торжествовала.

В исследованиях, посвященных Крестьянской войне 1773–1775 гг., часто ставится вопрос об ошибках Пугачева.

Но правомерна ли сама постановка вопроса в такой плоскости? Не были ли так называемые ошибки Пугачева результатом и объективных условий, в которых развертывалась крестьянская война, и ее особенностей?

Екатерина II и ее окружение считали осаду Оренбурга «счастьем» для себя. Следовательно, для Пугачева осада Оренбурга была «несчастьем»? Но можно ли представить себе яицких казаков, которые удержались бы от соблазна взять ненавистный Оренбург?

Осаду Яицкого городка, также потребовавшую много времени и сил и отвлекшую внимание от Оренбурга, тоже принято считать тактической ошибкой Пугачева. Пугачевский полковник Тимофей Подуров на следствии говорил, что если бы Пугачев «не привязался к Яику, то, конечно, бы взял он Оренбург». Но как иначе могли поступить яицкие казаки, для которых полковник Симонов, укрывавшийся в самом центре яицкого казачества, был воплощением зла?

Пугачев и пугачевцы не умели превращать тактические успехи в стратегические, но в том-то и специфика крестьянской войны, что в силу своей стихийности, неорганизованности или, в лучшем случае, слабой организованности, в силу ограниченности кругозора и рядовых участников, и руководителей восстания крестьянская война не может завершиться победой крестьянства, т. е. стратегической победой до тех пор, пока борьбу крестьян не возглавит пролетариат.

Можно ставить в вину Пугачеву то, что он «привязался» к Оренбургу, «оплошал», уйдя из-под Оренбурга к Яицкому городку, «прообедал» Корфа, прорвавшегося в осажденный Оренбург, но все эти «вины» Пугачева естественны для военачальника крестьянской войны.

Особенности, свойственные крестьянской войне, обусловили колебания Пугачева, отразившиеся на его планах ведения войны. Ближайшей целью Пугачева был Оренбург, но вслед за Оренбургом он намеревался овладеть Казанью, Москвой, Петербургом и, наконец, «всем царством». Яицкие казаки заставили его заняться осадой крепости Яицкого городка.

«Воцариться» Пугачев собирался в Москве, но когда после боев в районе Казани он смог выйти на дорогу к Москве, Пугачев говорил: «Не пришло еще мое время». А как раз в Москве и под Москвой «чернь бедная» ждала пугачевцев! Отказываясь идти на Москву, Пугачев учел и голод, надвигавшийся на Поволжье, и мятежное прошлое родного ему Дона, на который он рассчитывал. Эти колебания понятны и естественны. В последние дни крестьянской войны Пугачев снова стал говорить об уходе. Он собирался уйти то на Эмбу, то в Сибирь, то в Сечь, то к калмыкам, то «за море». И эти метания тоже обусловлены самим ходом крестьянской войны. И именно поэтому, несмотря на «ошибки» и колебания Пугачева, мы воздаем должное прежде всего его заслугам перед трудовым народом России, которому он отдал весь свой самобытный талант, весь жар своего сердца, всю свою яркую жизнь.

Тяжкое бремя руководства крестьянской войной достойно делили с ее вождем — Пугачевым его верные боевые соратники. — бригадиры, полковники, атаманы народного войска.

Среди многочисленных предводителей войска мятежников выделяются руководители Главной армии Пугачева и предводители отдельных отрядов. Прежде всего следует назвать пугачевского атамана и походного войска полковника, яицкого казака из «войсковой», «непослушной стороны» Ивана Никифоровича Зарубина-Чику. Лихой наездник и хороший организатор, чей лагерь в Чесноковке под Уфой копировал пугачевскую Берду, прямой и несгибаемый, беззаветно служивший восставшему народу и его вождю, Зарубин-Чика был «любимцем и первым пособником Пугачева». Он мужественно перенес испытания одиночного заключения, повергнув своих палачей в изумление твердостью и силой духа. Царский полководец П. С. Потемкин писал Екатерине II, что Зарубин сидел в страшной темноте, где ничего не было видно, кроме иконы с горящей лампадой. Три дня увещевал его Потемкин, «но ничего истинного найти не мог».

Во главе восставших башкир сражался мужественный батыр и поэт двадцатилетний Салават Юлаев, чьи песни и память о котором башкирский народ сохранил и по сей день. До последней минуты оставался верен Пугачеву и другой предводитель башкир — образованный, широко известный среди повстанцев «главный полковник» Кинзя Арсланов.

Тяжелую жизнь, полную горя и испытаний, прошел «над заводскими крестьянами полковник», работный человек, не раз бежавший с каторги Афанасий Тимофеевич Соколов-Хлопуша, один из виднейших полководцев крестьянской войны и верный соратник Пугачева.

В одном ряду с Хлопушей стоит Иван Наумович Белобородов, сын заводского крестьянина, затем рабочий, солдат, наконец, мелкий торговец. Человек исключительной выдержки и прекрасный организатор, скромный, честный, отзывчивый, преданный до конца делу восстания и очень популярный в народе, Белобородов был выдающимся атаманом мятежного войска. Он поздно научился грамоте, но это не помешало его письмам и обращениям носить характер образцов народной мудрости, ясной и простой народной речи. «Главный атаман и походный полковник» Белобородов умел сплотить людей, подчинить их одной цели — разгрому классового врага, превратить толпы восставшей «черни» в дисциплинированные отряды.