Следующая ступень подготовки к профессорскому званию — степень магистра. Для этого будущему магистранту предлагалась тема для будущего экзамена и научной работы. Соискатель, обычно за государственный счет, имел возможность выезда за границу в самые передовые по тому времени лаборатории для работы в них, чтения литературы. Для сдачи экзамена создавалась специальная комиссия, куда входили самые именитые профессора, а также большинство профессоров факультета. Экзамен длился по 3–5 часов. После сдачи экзамена соискатель получал звание магистранта. И только после этого он приступал к написанию диссертации на звание магистра, которую надо было защитить в напряженном диспуте с официальными и неофициальными оппонентами. На диспуте, который проводился под председательством ректора или проректора, присутствовали все преподаватели соответствующего факультета, многие профессора с других факультетов, не университетские специалисты, студенты и другая публика. Диспут длился по пять-семь часов. Это было пиршество ума, новых мыслей, пробивающих «асфальт» ретроградства и скептицизма. Он служил материалом для газетных репортеров и широко обсуждался интеллигенцией.
В настоящее время защита кандидатской диссертации значительно формализована. Чаще всего от диссертанта требуется соблюдение «формы», к которой относится почти обязательное согласование научной работы с оппонентами и членами ученого совета. После этого диссертационному совету остается провести необходимую процедуру защиты. Действительные защиты, с жаркой научной дискуссией, непримиримостью сторон и при этом соблюдением научной корректности и благожелательности к соискателю, случаются редко. Но они и сейчас привлекают внимание, дают пищу для мысли и являются украшением науки.
Получив степень, магистрант мог поступить на службу в любой университет России в качестве приват-доцента и мог вести лекционный курс и семинар в своей области, конкурируя с экстраординарными и ординарными профессорами. Первые имели докторскую степень, а вторые имели не только докторскую степень, но и были назначены на должность профессора министром просвещения по представлению попечителей учебного заведения. У Сапожникова период подготовки магистерской диссертации растянулся на шесть лет. Он женился. Его избранницей стала надежда Владимировна Ловейко. Семейные заботы, рождение дочери Татьяны, отсутствие каких-либо средств создавали иногда непреодолимые препятствия для научной работы. Приходилось не только заниматься в библиотеке и в лаборатории, большая часть времени уходила на поиск приработка. Ему приходилось читать естествознание в коммерческом училище, химию в военном училище, физиологию растений на Лубянских высших женских курсах. По воспоминаниям дочери Сапожникова, количество уроков в то время достигало 38 в неделю. Даже для нашего «потогонного» времени это больше, чем две ставки учителя в средней школе. Наконец, в 1890 году В. В. Сапожников после сдачи необходимого экзамена защитил магистерскую диссертацию на тему «образование углеводов в листьях и передвижение их по растению».
Настали более спокойные времена, он получил должность приват-доцента при московском университете. У него появилась возможность продолжить свои исследования за границей, и в 1891 году он отправляется в Германию для подготовки докторской диссертации, предложенной А. К. Тимирязевым.
В соответствии с традициями он остановился в Берлине у профессора Швенденера, потом переехал в Лейпциг к знаменитому профессору Пфефферу. Но и на этом его путешествие по Германии не закончилось. Из Лейпцига Сапожников направляется в маленький городок на юге Германии Тюбинген, в котором находится знаменитый Тюбингенский университет. Там он обосновался в лаборатории профессора Г. Фехтинга. Немецкий профессор чрезвычайно уважал К. А. Тимирязева и предоставил докторанту полную свободу в выборе темы и ее выполнении.
К этому периоду относится его увлечение горами.
По окончании летнего семестра вместе со своим руководителем профессором Фехтингом он первый раз поднялся на ледник в горах Швейцарии. Впервые он увидел разноцветье альпийского луга, увидел, как зарождаются горные реки. Вблизи ледников цвет воды молочно-белый от мельчайших частичек, смываемых с камней, и только внизу реки становятся хрустально-чистыми. Горы раз и навсегда вошли в сердце молодого приват-доцента. В 1982 году он совершил еще один переход через Альпы из Швейцарии в Италию.
Тропа проходила через ледник, снежники, по высокогорным лугам, преодолевая быстрые горные реки.
Швейцарские Альпы
После возвращения в Москву дела его устроились. Появилась вакансия в недавно открытом Томском университете, где после ухода С. И. Коржинского освободилась кафедра ботаники. С 1 мая 1993 года В. В. Сапожников, будучи приват-доцентом, становится экстраординарным, а через год ординарным профессором Томского университета.
Значительно улучшилось материальное положение. Работая экстраординарным профессором, он получал 3 тысячи рублей, а после повышения заработная плата выросла до 4 тысяч рублей. С выслугой лет она увеличилась до 4,5 тысячи рублей. Профессорская квартира в центре Томска из шести комнат с кухней в год обходилась ему около тысячи рублей. Продукты поражали своей дешевизной: мясо стоило 18–20 копеек за килограмм, сотня яиц — рубль двадцать копеек, хлеб — 3–5 копеек за фунт (450 г). Денег оставалось не только для безбедной жизни, но и для организации экспедиций, поездок в Санкт-Петербург (билет по железной дороге стоил 56 рублей 50 копеек), за границу.
В 1996 году Сапожников защищает докторскую диссертацию «Белки и углеводы зеленых листьев как продукты ассимиляции». Ему первому из биологов удалось доказать, что в зависимости от условий снабжения растений азотом, а также видовых особенностей растений в числе первичных ассимилянтов образуется весьма существенное количество азотистых органических веществ, в том числе аминокислоты и белки.
К. А. Тимирязев с пристрастием просмотрел рукопись и сделал много замечаний. Некоторые из них довольно резкие и нелицеприятные. В том месте, где Сапожников объясняет различие результатов опытов индивидуальными различиями особей испытуемых растений, Тимирязев на полях пишет: «если вы думаете удовлетворить этими отговорками читателя, жаль, если вы сами ими довольны — еще более жаль». Тем не менее руководитель остался доволен работой Сапожникова. Надо сказать, что впоследствии он следил за работами своего ученика.
Защита докторской диссертации давала не только стабильный доход профессора, но и открывала дверь в высшее общество, поскольку доктор мог претендовать на дворянство. Для молодого честолюбивого ученого это тоже было хорошим стимулом.
После защиты докторской диссертации В.В. Сапожников уже никогда больше не возвращался к ее теме. К этому были объективные предпосылки. В Томском университете в то время имелся лишь медицинский факультет, к которому, собственно, и относилась кафедра ботаники. Отсутствие физико-математического факультета с естественным отделением крайне суживало возможности проведения работ по физиологии растений. Не было перспектив создания школы, ограничено число сотрудников кафедры, да и возможность получить оборудование в далекой Сибири была минимальной.
С другой стороны, перед ним открылась перспектива изучения природных богатств Сибири. Алтайские горы, казавшиеся далекими из Тюбингенского университета, сейчас были рядом. Безусловно, ему было знакомо путешествие на Алтай, совершенное Гумбольдтом.