П. Н. Крылов не принимал компромиссов в ботанике. Каждый новый вид должен отличаться четкими морфологическими признаками, прежде всего в строении цветка, плода, но никак уж не линейными размерами. Каждый новый вид должен был отличаться и габитуально, и в деталях. В. В. Сапожников пытался описать три новых вида: остролодочник айгулакский, ирбисский и комейский. Крылов их не принял. Первый вид он отнес к остролодочнику шерстисто-волосистому, описанному ранее Палласом с Алтая. В примечании к этому виду Крылов писал, что «признаки, на основании которых В. В. Сапожников устанавливает указанные виды, являются почти исключительно количественными, и притом непостоянными, колеблющимися у совместно растущих, а иногда и у одного и того же экземпляра; такие небольшие, не выходящие из амплитуды индивидуальных. Колебания признаков являются вполне обычными для большинства видов, особенно если меняется характер местообитания, почему мы и не могли согласиться с автором и не признали видового значения за обследованными им формами».

Остролодочник айгулакский (Oxitropis aigulak Sap.) и о. щетинисто-волосистый (O. setosa (Pall.) DC.) Рисунки сделаны с растений, собранных В. В. Сапожниковым и П. Н. Крыловым

Другой вид — остролодочник ирбисский, названный по маленькому урочищу Ирбис-Ту, Крылов отрицает полностью, так же как и остролодочник комейский.

Остролодочник кемейский (Oxitropis kemey Sap.), и о. волосистоплодный (O. eriocarpa Bunge). Рисунки сделаны с растений, собранных В. В. Сапожниковым и П. Н. Крыловым

Седьмой том «Флоры Западной Сибири», в котором Крылов дает свои комментарии к видам Сапожникова, вышел в 1933 году, а в 1994 году вышел девятый том «Флоры Сибири», где семейство бобовых обработано великолепным сибирским ботаником А. В. Положий. Она восстановила статус остролодочника комейского как эндемика Чуйской степи. Остролодочник айгулакский возвела в ранг подвида. При этом она сделала следующее примечание: «Видимо, молодой, формирующийся подвид в условиях высокогорных степей».

Остается загадкой, был ли П. Н. Крылов предвзятым к новым видам В. В. Сапожникова или понятие объема вида в то время было широким и поглощало мелкие видовые отличительные признаки. О довольно прохладных отношениях между ними свидетельствует несколько других косвенных данных. На 25-летнем юбилее научной работы В.В. Сапожникова Крылов не был, не было также и поздравительного адреса. Много позднее, в августе 1924 года, под некрологом Сапожникова подписи Крылова тоже нет, хотя в это время он не был в экспедиции.

Но были и часы полного взаимопонимания между ними. Чаще всего это случалось глубокой осенью, когда наступала пора разборки гербария. За экспедиционное лето скапливалась не одна тысяча листов гербария, еще не пришитого, имеющего только рабочие этикетки. Первым делом следовало весь гербарий разложить по семействам. А это не очень простая работа, если учесть, что на Алтае встречаются представители 160 семейств. Работа проводилась всегда за большим столом в главном зале Гербария. Крылов и Сапожников развязывали пачки с гербарными листами и вслух произносили название семейства. Студенты и ученики, закрепленные за определенными семействами, раскладывали листы гербария по отдельным стопкам. Среди обычных растений всегда попадались ботанические находки, которые тут же обсуждались и комментировались. Попадали и такие растения, которые были новыми, не известными для науки. И Сапожников, и Крылов в эти минуты испытывали друг к другу самые теплые чувства, обусловленные общностью ботанических стремлений и просто человеческим любопытством. Надо отметить, что эта процедура не претерпела практически никаких изменений и в настоящее время.

Гербарий Томского государственного университета в начале XX века

Новые ботанические находки окрыляли и звали в новые путешествия.

Неутомимый исследователь и смелый путешественник, В. В. Сапожников в 1895–1923 гг. совершил более 20 путешествий в труднодоступные, во многих случаях неизведанные прежде районы Алтая, в Саяны, Семиречье, Западную Монголию (Монгольский Алтай), в Зайсан, Турецкую Армению. В последние годы совместно с Н. В. Никитиной обследовал арктическую флору в низовьях Оби и на Обской губе, в районе Нарыма по Оби.

Исследования в Русском Алтае были начаты в 1895 г. и продолжались в 1897, 1898, 1899, 1911 гг. Маршрут 1895 г. составил 1000 верст вьючного пути и охватил большое число районов. Начав с Телецкого озера и долины Чулышмана, путешественник вышел в долины Чуи и Катуни, поднялся вверх по Катуни до Катанды, прошел через Онгудай в Чергу и дважды пересек Теректинский хребет. Важной частью маршрута был перевал из Н ижнего Кургана в Верхний Курган для посещения Катунского и Берельского ледников. Эти ледники были неизмеримо больше, чем полагал открывший их Геблер. Близ Катунского ледника В. В. Сапожниковым был открыт ледник Черный и несколько малых ледников в истоках Капчала. Затем он вышел к Рахмановским ключам и спустился в долину Бухтармы.

Вид на Телецкое озеро в конце XIX века (с фотографии В.В. Сапожникова)

Путешествие 1897 г. было самым продолжительным и богатым открытиями. В. В. Сапожников работал в двух важнейших центрах оледенения — близ горы Иик-Ту, осуществил большую поездку по Укоку, где установил третий центр оледенения. В 1899 г. исследовал Черный Иртыш, прошел к истокам Кучерлы и крупным ледникам Белухи. В 1911 г. посетил Катунские и Чуйские белки, совершил большое путешествие по основным центрам оледенения Алтая.

Он не замыкался в своих исследованиях, и вскоре к нему стали обращаться за советом путешественники, поставившие целью покорить горные вершины Алтая. Самуэль Тернер в 1904 году в Лондоне опубликовал свои впечатления об Алтае в книге «Сибирь. Записки о путешествии, восхождении и исследовании».

Вид на гору Белуха с Берельского водораздела (с фотографии В.В. Сапожникова)

Перед путешествием Тернер нанес визит профессору Сапожникову. «В доме профессора мне показали огромную гостиную, на стеллажах которой можно увидеть много картин с великолепными горными пейзажами. Сам профессор представлял собой образец гуманности. Он был очень рад меня видеть. Профессор посмеялся над нашей идеей отправиться на исследование Катунских белков зимой. Профессор был удивлен моим твердым решением взобраться на вершину самой высокой горы, которой в то время считалась Белуха. Но тем не менее поделился сведениями о своем путешествии 1899 года. Рассказал о наиболее удобном подходе к горе. Результатом встречи было разрешение профессора «воспользоваться его картами с условием, что я нанесу на нее новые пункты».

В приложении к своей книге Тернер приводит перечень 1200 видов растений, очевидно, любезно переданный В. В. Сапожниковым.

При флористических исследованиях большое внимание уделялось высокогорной растительности, высотному распределению древесных пород, биологическим особенностям альпийских растений и приспособлению их к экстремальным условиям существования.