Но это путешествие не прошло бесследно для здоровья Сергея Ивановича. Во время экспедиции он простудил почки, а в то время хроническое воспаление почек практически ничем не лечилось. Больным предписывался покой и тихая спокойная домашняя жизнь и совершенно бесполезные пилюли.
В 1892 году С. И. Коржинского переводят в Санкт-Петербург на должность главного ботаника Императорского ботанического сада. В этом же году он проводит несколько экскурсий по Средней России.
9 января 1893 года на заседании Общего собрания Академии наук Коржинский избран адъюнктом по ботанике единогласно. А летом он вновь отправляется в большую экспедицию по юго-западным губерниям России, посещает Волынь и Подолию на Украине, Полесье и Беловежскую Пущу в Белоруссии.
В 1894 году он посещает Южный Урал и Зауральские степи.
В 1895 году, ранней весной, он совершает поездку в Туркестан, летом — на Алтай и в Ферганскую долину.
Несмотря на большой объем полевых исследователей, он занимает одно из главных мест в академической ботанике, как позднее выразился П. Н. Крылов, «у кормила русской ботаники». По заданию Академии на заседании отдела русского языка и словесности С. И. Коржинский, будучи адъюнктом физико-математического отделения, делает доклад о выборе народных названий растений и научной ботанической номенклатуры для Словаря русского языка.
Совместно с А. Фамициным он публикует в Академическом издании обзор ботанической деятельности в России за 1892 год, далее он пишет эти обзоры ежегодно. На заседании физико-математического отделения 23 октября 1896 года он делает сообщение об открытом им гибриде между арбузом и дыней, а 7 декабря того же года избирается в экстраординарные академики по ботанике. Несмотря на постоянные боли в почках, Коржинский не оставляет экспедиционных исследований. В начале 1897 года он командируется в Бухару для участия в экспедиции Географического общества. Одним из первых русских ботаников проникает в Рошан и Шугнан и на Памир. В 1898–1899 годах участвует в экспедиции в Крым, Астраханскую губернию и Уральскую область.
В 1898 году в 37 лет Коржинский становится ординарным академиком Российской академии наук.
Его жизнь наполнена каждодневным трудом. С. И. Коржинский назначен директором Ботанического музея, главным ботаником ботанического сада, избран профессором Высших женских курсов, организованных А. Н. Бекетовым.
В 1899 году Коржинский едет в заграничную командировку в Европу и Алжир для ознакомления с ботаническими садами. По воспоминаниям жены, Сергей Иванович все время путешествий посвящает изучению ботанических садов и гербариев. У него не остается свободной минуты для осмотра достопримечательностей посещаемых городов.
По возвращении из заграничной командировки в 1900 году С. И. Коржинский выезжает в Астраханскую губернию, где изучает способы укрепления песков с помощью растительности. После купания в Волге (хотя это ему было запрещено врачами) наступило обострение хронического воспаления почек.
Сергей Иванович направляется в Крым на лечение. Несмотря на болезнь, он продолжает опыты над перекрестным опылением винограда, к осени заканчивает книгу «Ампелография Крыма», 9 ноября возвращается в Петербург. Пребывание в Крыму не улучшило его состояния. 18 ноября 1900 года С. И. Коржинский умер от общего заражения крови. В наше время пиелонефрит можно было вылечить антибиотиками, но до открытия пенициллина Флемингом оставалось еще почти полвека.
Первого декабря П. Н. Крылов на заседании Общества естествоиспытателей и врачей при Томском университете произносит речь, посвященную памяти своего друга С. И. Коржинского.
«Недавно мы получили грустную весть о смерти члена-учредителя нашего Общества Сергея Ивановича Коржинского. У многих из нас, лично знающих покойного, это известие должно было вызвать искреннее сожаление об утрате такого даровитого и глубоко симпатичного человека. Я знал Сергея Ивановича еще с 1881 года, когда он только что поступил в число студентов Казанского университета. Он на моих глазах проходил университетский курс и одновременно с тем начал свою научную деятельность. Мне приходилось нередко делать с ним ботанические экскурсии, одно время мы жили с ним вместе, так что я имел возможность узнать его ближе многих других и полнее оценить его высокие душевные качества и прекраснейший нравственный облик. Это был благородный, искренний, глубоко чувствующий, отзывчивый и вместе с тем скромный человек. В общежитии он был очень уживчив, прост и нетребователен. Обладая разносторонним умом и большим остроумием, он вносил оживление в близком кружке; к большому же обществу он не привык и чувствовал себя в нем не совсем свободно. Мне редко приходилось сталкиваться с людьми так широко одаренными, как Сергей Иванович. Он был чуток к искусству; глубоко чувствовал красоту живописи и скульптуры; музыка производила на него чрезвычайно сильное впечатление. Я помню, как после некоторых классических опер, например «Фауста» (в Казани была в то время хорошая труппа под управлением Медведева), он ходил очарованным несколько дней. Не играя сам ни на каком инструменте и не обладая голосом, он легко запоминал массу трудных мотивов. Поэзию он тоже любил и даже сам имел, по‑видимому, стремление к поэтическому творчеству. Раз, совершенно случайно, я нашел (положенным в книгу) одно такое его произведение; помню оно произвело на меня тогда большое впечатление. Может быть, он и печатал их, но держал это в глубокой тайне. Раскрывая это, я грешу перед ним, но думаю, что мне простят это: я хотел полнее охарактеризовать эту выдающуюся личность.
Но более всего Сергей Иванович тяготел к науке. В ней главным образом сосредоточились его интересы, в ней он находил удовлетворение, она скрашивала ему существование, заслонив от него все мелкие дрязги и злобы повседневной жизни. И он не жалел для нее сил — постоянно работал, и притом работал много и упорно.
Подготовляя себя к научной деятельности, будучи еще гимназистом, а затем студентом, он не терял времени, а старался всеми силами запастись знаниями. Что можно было заполучить в этом отношении от Казанского университета и его профессоров в четырехлетний период — он взял все с лихвой, не ограничивался лишь обязательной для студентов программой, а шел дальше; так, например, предвидя, что ему придется столкнуться с вопросом о почвах, он много работал по агрономической химии. Но более всего он, конечно, занимался ботаникой, как своим излюбленным предметом».
Одна из последних идей, которая занимала С. И. Коржинского, — создание флоры России. К концу XIX века возникла острая потребность в таком труде, который, будучи написан на русском языке, мог бы в равной мере удовлетворить запросы как ученых-ботаников, так и агрономов, сельских учителей, краеведов и т. д.
Но начать такое грандиозное дело можно было, только имея хоть один удачный пилотный проект. Вот как сам Коржинский писал об этом: «Описание флоры всей Российской Империи в одном сочинении было бы в настоящее время слишком затруднительным. При огромном протяжении наших владений, богатстве и разнообразии их флор этот труд принял бы такие размеры, что при своей цели он стал бы доступным весьма немногим, да и пользование им было бы сопряжено с большим неудобством. Гораздо рациональнее поэтому разделить этот труд на 4 части и обработать отдельно: Флору Европейской России, Сибири, Туркестана, Кавказа и Крыма». «При дружном участии всех выдающихся русских ботаников, — пишет далее С. И. Коржинский, — можно в сравнительно короткое время обработать одну часть за другой, поставив на первый план флору окраин, в описании которой чувствуется особенно настоятельная необходимость». Здесь, конечно же, он имеет в виду Сибирь, где неустанным трудом собирается первоклассный гербарий П. Н. Крылова, на основании которого, без всякого сомнения, можно создавать региональную флору. Уже с 1901 года П. Н. Крылов начинает печатать «Флору Алтая и Томской губернии». Он полностью разделял идею С. И. Коржинского о поэтапной подготовке к флоре России и считал, что Сибирь в силу объективных причин может стать моделью для «Флоры России».