Не стерпя жестоких пыток, некоторые крестьяне - раскольники переходили в православие, но это не избавляло их от тяжких наказаний. Так, в 1684 г. в новгородском духовном приказе производилось следствие о «воре - иконнике» Михайлове. Хотя под пытками он и отказался от исповедания раскола, его все же сожгли¹³. В 1671 г. повесили «умоверженного» самозванца Ивашку Клеопина за то, что он, как сказано в приговоре, «иконы и книги божественные бесчестил».

Для расправы с религиозным движением в 1685 г. был издан указ, известный под именем «12 статей о раскольниках». Этот указ санкционировал массовый террор под видом охраны «чистоты» православия. Творцом указа был фанатик и злейший враг раскольников патриарх Иоаким, считавший делом своей жизни «искоренение злого плевела еретического вконец». Указ предписывал пытать тех, кто не подчинялся официальной церкви и ее служителям, — не ходил, как требовалось, к исповеди, не посещал церковных служб, не пускал в свой дом священников для исполнения треб, кто своим враждебным отношением к церкви «чинил соблазн и мятеж». «Церковных противников» вновь предлагалось сжигать в срубе, а пепел их развеивать по ветру. Раскольников, раскаявшихся под пытками, предписывалось заключать в монастырские тюрьмы и держать пожизненно в строгом заточении. Имущество церковных мятежников — крестьянские дворы, лавки посадских людей, промысла — отбиралось, а поселения «сжигались без остатку»¹⁴.

На основании этого указа епархиальные архиереи организовали массовые облавы на раскольников, подвергая их пыткам и казням. Представителей церкви сопровождали офицеры и стрельцы. По настоянию духовных властей уничтожались деревни и села, где жили раскольники, их скиты и монастыри. В Каргополе инквизиторы сожгли Андрея Семиголова и «ещё Андрея с братом»; на Чаранде сожгли кузнеца Афанасия с Озёрец. Предварительно его пытали в трёх застенках, ломали клещами ребра, выставили на долгое время на мороз и поливали водой¹⁵. По свидетельству иностранцев, только перед пасхой 1685 г. патриархом Иоакимом было сожжено в срубах около девяноста «церковных противников»¹⁶.

Пытки и казни усилили массовое бегство крестьян и посадских жителей. Они оставляли свои деревни и слободы, бежали на Дон, за Урал, за рубеж, где организовывали раскольничьи центры со своей хозяйственной жизнью. В эти центры устремились беглые «сходны», искавшие пристанища и работы. Для сыска беглых посылались карательные отряды во главе с представителями духовенства.

Не везде крестьяне безропотно переносили гонения. Нередко они с оружием в руках защищали своё добро, право молиться, как подсказывала им совесть. Новгородский митрополит Корнилий для сыска раскольников направил в Заонежскую область протопопа Льва Иванова со стрельцами. Этот отряд был крестьянами обстрелян. В Пудожской волости упорное сопротивление отряду стрельцов, посланному епископом Афанасием, оказали крестьяне - раскольники во главе со старцем Иосифом. Не подчинились раскольники и воинскому отряду, посланному по настоянию тобольского епископа Игнатия. Стародубского священника Якова Хончинского в 1677 г. крестьяне вытащили из алтаря и избили. Нападение на церкви и духовенство и «поругание» креста и икон носило массовый характер¹⁷.

Много раскольников было на Дону, куда бежали крестьяне, спасаясь от преследований, от феодального гнёта и закабаления. Репрессии против них были организованы по настоянию патриарха Иоакима. Пойманных раскольников доставляли в патриарший приказ и подвергали пыткам. Стремясь очистить Дон от «еретиков», инквизиторы вырезали им языки «за противные ругательства церкви», вытягивали их клещами, предавали смертной казни, заключали в монастырские тюрьмы¹⁸. Верные Москве зажиточные казаки помогали царю и патриарху под видом борьбы с «церковными противниками» подавлять протест крестьян против гнёта и кабалы. Агентами патриарха в 1688 г. был захвачен организатор выступления против Москвы донской атаман Самойло Лаврентьев. Его пытали в духовном приказе, а затем казнили в Москве вместе с раскольничьим попом Самойлой. В Черкасске сожгли попа - раскольника за то, что тот не молился богу за царя и вёл агитацию среди раскольников против Москвы.

Борясь с расколом казнями и пытками, духовное ведомство прибегало также и к идеологическому воздействию на массы. По поручению московского патриарха Иоакима противников церкви подвергали проклятиям и анафеме. Духовные власти издавали специальную литературу, которая ставила своей целью посрамить врагов царя и церкви, вызвать к ним всеобщую ненависть и презрение. В 1667 г. был издан «Жезл правления», в 1682 г. «Цвет духовный», «Обличение неправды раскольнической», составленное тверским епископом Феофилактом Лопатинским, и др. В этой литературе раскольники назывались невеждами, еретиками, злодеями, их считали заслуживающими анафемы и казни.

Инквизиционные методы борьбы с еретиками в XVIII в. получили дальнейшее развитие. В «Статьях о святительских судах», составленных в 1700 г. при Петре I по инициативе патриарха Адриана, вновь доказывалось право церкви на беспощадное уничтожение ее врагов. Следствие о «церковных мятежниках» вели патриарший приказ и епархиальные церковные суды, упорствующих отсылали в стрелецкий и другие приказы для «градского» наказания¹⁹. Идеологами и организаторами террора по отношению к раскольникам и другим противникам церкви были церковные иерархи. Филофей Лещинский, назначенный в 1702 г. сибирским митрополитом, рекомендовал Петру I истреблять церковных раскольников, а дома их разрушать до основания. Ближайший помощник Петра, нижегородский епископ Питирим в 1706г. подробно разработал программу по борьбе с антицерковным движением. Называя «церковных мятежников» государственными преступниками, которые «благочинию государственному не радуются», «на церковь вси злобою согласны», Питирим предлагал хватать их, наказывать смертью, а деревни уничтожать.

Пётр I одобрил предложенные Питиримом меры борьбы с антицерковным движением. В 1718 г. им был издан указ о строгом преследовании раскольников, об оказании правительственными органами помощи церковным инквизиторам в их «равноапостольском деле», как назвал Пётр кровавую расправу духовенства с врагами церкви. За неоказание такой помощи виновные карались смертью «без всякого милосердия» как враги святой церкви. Раскольнических «заводчиков» и учителей предписывалось подвергать жестокому наказанию и, вырезав ноздри, ссылать на галеры²⁰.

Питирим составил в 1718 г. особое руководство по борьбе с расколом, назвав его «Духовной пращицей». Этой книгой в течение многих лет пользовались представители церкви как незаменимым пособием для борьбы с еретиками и прочими врагами господствующей церкви. Под видом ответов на вопросы раскольников Питирим дал в «Духовной пращице» развёрнутую программу борьбы против раскола. И в «доношении» на имя Петра I и в своей «Пращице» Питирим доказывал право церкви на физическое уничтожение ее врагов. «В новой благодати, — писал он, — подобает наказанию и смерти предавать непокоряющихся восточной церкви». Он ссылался при этом на евангельские тексты и «творения» Иосифа Волоцкого, причём не гнушался и подлогом. Им использовалось, например, «Соборное деяние на еретика - армянина Мартина 1157 г.» для доказательства древности трёхперстного знамения. Со старого пергамента были соскоблены прежние письмена и написаны новые почерком XVIII в. Эту фальшивку показывали раскольникам, хотя подложность ее была установлена ещё в 1722 г. старообрядческим начётчиком Андреем Денисовым.

Питирим не ограничился только теоретическим обоснованием необходимости физического уничтожения врагов церкви. Будучи нижегородским епископом, он организовал крестовый поход против раскольников, добиваясь насилиями и угрозами массового возвращения их в православие. В Нижегородском крае, где особенно чувствовался феодально-крепостнический гнёт, отступников от официальной церкви было очень много — в 1718-1724 гг. их насчитывалось 122 тысячи. Питирим лично вёл допросы раскольников с пристрастием, пытал их в архиерейской тюрьме, подвергал «градскому» наказанию с вырезыванием ноздрей. Таким образом, как хвалился Питирим, в православие было обращено свыше 68 тысяч человек. Спасаясь от гонений этого инквизитора, 12701 человек бежали, 1585 — не выдержали пыток и истязаний и умерли, 598 были сосланы и отправлены на каторгу²¹. По инициативе Питирима раскольничьи поселения, скиты и монастыри разорялись. Даже за рубежом раскольники не чувствовали себя в безопасности от свирепого инквизитора. В 1715 г. по его настоянию был разорён раскольнический центр Ветка, куда бежали из России раскольники, беглые «сходцы», спасаясь от преследований и в поисках работы. Так меч духовный, соединившись с мечом светским, беспощадно расправлялся с противниками официальной церкви. Этого жестокого инквизитора благодарная церковь незадолго до империалистической войны объявила «святым» и с большим торжеством организовала его «прославление», сфабриковав предварительно описание 260 «чудес», якобы совершившихся у его гроба.